जब मन में विक्षेप उत्पन्न होता है, तब उसके साथ दुःख, निराशा, शरीर में कंपकंपी, और श्वास-प्रश्वास में अव्यवस्था आ जाती है। इन सबको दूर करने के लिए एक ही तत्व का अभ्यास करना चाहिए। मन की शुद्धि के लिए यह भी आवश्यक है कि हम प्रसन्न लोगों के प्रति मैत्री, दुःखी लोगों के प्रति करुणा, पुण्यात्माओं के प्रति हर्ष, और अपुण्य लोगों के प्रति समभाव का विकास करें। इससे चित्त निर्मल होता है। इन विक्षेपों की निवृत्ति के लिए श्वास के बाहर छोड़ने और रोकने का अभ्यास भी किया जा सकता है, या फिर इंद्रिय विषयक किसी एक वस्तु पर चित्त को स्थिर करने से भी मन शांत होता है। कभी-कभी, जब मन शोक रहित और प्रकाशमान होता है, तब भी शांति आती है। मन को उन महापुरुषों पर भी स्थिर किया जा सकता है, जो इंद्रिय विषयों के प्रति पूर्णतः विरक्त हैं। या फिर स्वप्न या गहरी निद्रा में प्राप्त ज्ञान पर भी मन को टिकाया जा सकता है। अंत में, मन को जिस किसी भी उपयुक्त विषय पर स्थिर करना सहज लगे, उसी का ध्यान करना चाहिए। जब साधक का अभ्यास प्रगाढ़ हो जाता है, तब उसकी सिद्धि सबसे सूक्ष्म परमाणु से लेकर सबसे विशाल वस्तु तक फैल जाती है। जब चित्त की वृत्तियाँ शांत हो जाती हैं, तब मन एक निर्मल रत्न के समान हो जाता है, जो देखने वाले, देखने की क्रिया और देखे जाने वाले की छाया को धारण कर लेता है—यही समाधि की अवस्था है। इस अवस्था में, तर्कयुक्त समाधि में शब्द, अर्थ और ज्ञान की वृत्तियाँ मिश्रित रहती हैं। किंतु जब स्मृति पूर्णतः शुद्ध हो जाती है, तब मन अपनी प्रकृति से रिक्त प्रतीत होता है और केवल ध्यान का विषय ही प्रकाशित होता है—यही निर्विचार समाधि है। इसी प्रकार, सूक्ष्म विषयों पर भी विचारयुक्त और निर्विचार समाधि होती है। इन सूक्ष्म विषयों का अंतिम स्वरूप वह होता है, जिसमें कोई विशेष लक्षण नहीं रह जाता। ये सभी बीजयुक्त समाधि की श्रेणी में आती हैं। जब निर्विचार समाधि में भी सिद्धि हो जाती है, तब अंतःकरण में प्रकाश उत्पन्न होता है। वहाँ ज्ञान सत्य से पूर्ण होता है, और यह ज्ञान प्रत्यक्ष या अनुमान से भिन्न होता है, क्योंकि वह किसी एक विशेष वस्तु का प्रत्यक्ष अनुभव होता है। ऐसी समाधि से उत्पन्न संस्कार अन्य संस्कारों को बाधित कर देता है। जब यह संस्कार भी शांत हो जाता है, और पूर्ण विराम आ जाता है, तब बीजरहित समाधि की प्राप्ति होती है। इसके आगे, तप, स्वाध्याय और ईश्वर-प्रणिधान—ये तीन कर्मयोग के अंग हैं। इनका उद्देश्य समाधि की सिद्धि और क्लेशों की क्षीणता है। अविद्या, अस्मिता, राग, द्वेष और अभिनिवेश—ये पाँच क्लेश हैं। इनमें अविद्या ही अन्य क्लेशों का क्षेत्र है, चाहे वे सुप्त, क्षीण, विच्छिन्न या पूर्ण रूप से सक्रिय हों। अविद्या का अर्थ है अनित्य को नित्य, अशुद्ध को शुद्ध, दुःख को सुख, और अनात्मा को आत्मा समझना। अस्मिता का अर्थ है देखने वाले और देखे जाने वाले के सामर्थ्य का एकत्व मान लेना। राग वह है, जिसमें सुख का अनुभव बार-बार स्मरण किया जाता है। द्वेष वह है, जिसमें दुःख का अनुभव बार-बार स्मरण किया जाता है। अभिनिवेश वह है, जो स्वाभाविक रूप से प्रत्येक प्राणी में, यहाँ तक कि ज्ञानी में भी, जीवन के प्रति गहरा आकर्षण उत्पन्न करता है। इन सूक्ष्म क्लेशों का समाधान उनके कारण में ही लौटाकर किया जाता है। जब ये सक्रिय हों, तो उनका त्याग ध्यान के द्वारा किया जाता है। जो संस्कार क्लेशों में निहित हैं, वे जन्म-जन्मांतर के अनुभव में फलित होते हैं। जब तक उनका मूल बना रहता है, तब तक जन्म, आयु और अनुभव रूप में उनका फल मिलता रहता है। ये संस्कार पुण्य या पाप के अनुसार सुख या दुःख के फल देते हैं। विवेकी पुरुष के लिए संसार का संपूर्ण अनुभव दुःखमय ही प्रतीत होता है, क्योंकि उसमें परिवर्तन का कष्ट, चित्त की व्याकुलता, संस्कारों का दबाव और गुणों का विरोध बना रहता है। जो दुःख अभी नहीं आया, उसे टालना ही श्रेयस्कर है। इस दुःख का कारण द्रष्टा और दृश्य का संयोग है। दृश्य वस्तु प्रकाश, क्रिया और जड़ता के स्वरूप वाली है, वह पंचमहाभूतों और इंद्रियों से बनी है, और अनुभव तथा मुक्ति के लिए ही विद्यमान है। गुणों की अवस्थाएँ—विशेष, सामान्य, लक्षणयुक्त और अलक्षण—इन चार प्रकार की होती हैं। इस प्रकार, योग का यह मार्ग साधक को चित्त की शुद्धि, क्लेशों की निवृत्ति और परम समाधि की ओर ले जाता है।