प्रश्न उपनिषद् की कथा आगे बढ़ती है। एक जिज्ञासु ने आचार्य से प्रश्न किया, और आचार्य ने उत्तर दिया, "तुम सामान्य से परे प्रश्न पूछते हो और ब्रह्म के प्रति समर्पित हो, इसलिए मैं तुम्हें बताऊँगा।" उन्होंने समझाया कि यह प्राण आत्मा से उत्पन्न होता है। जैसे मनुष्य की छाया उसके साथ रहती है, वैसे ही यह प्राण आत्मा में व्याप्त होता है। मन के संकल्प से यह शरीर में प्रवेश करता है। जैसे कोई राजा अपने सेवकों को अलग-अलग ग्रामों का कार्य सौंपता है, वैसे ही प्राण अन्य प्राणों को उनके-उनके कार्य सौंपता है। अपान को मल-मूत्र के स्थानों में, प्राण को आँख, कान, मुख और नासिका में, और समान को मध्य में स्थापित करता है। समान भोजन को समान रूप से बाँटता है, इसलिए इन्हें सात ज्वालाएँ कहा गया है। आत्मा वास्तव में हृदय में स्थित है। वहाँ से सौ एक नाड़ियाँ निकलती हैं, प्रत्येक में सौ शाखाएँ हैं, और प्रत्येक शाखा में बहत्तर हजार उपशाखाएँ हैं। इन सबमें व्यान विचरण करता है। इन नाड़ियों में से एक से उदान ऊपर उठता है—पुण्य के कारण पुण्य लोक में, पाप के कारण पाप लोक में, और दोनों के कारण मनुष्य लोक में ले जाता है। बाह्य प्राण सूर्य है; वह उदित होकर आँखों के प्राण को संभालता है। पृथ्वी का देवता मनुष्य के अपान को संभालता है। इनके बीच का स्थान समान है, और वायु ही व्यान है। जो ऊर्जा ऊपर उठती है, वही तेज है; जब यह तेज शांत हो जाता है, तो इंद्रियाँ मन में लीन होकर पुनः जन्म में लौट आती हैं। मनुष्य जिस भाव से शरीर छोड़ता है, उसी भाव से वह प्राण में जाता है; प्राण, तेज से युक्त होकर और आत्मा के साथ, उसे उसकी इच्छा के अनुसार लोक में ले जाता है। जो इस प्रकार प्राण को जानता है, उसकी संतान नष्ट नहीं होती; वह अमरता को प्राप्त करता है। एक श्लोक भी है—जो प्राण की उत्पत्ति, प्रवेश, स्थान, व्यापकता और पंचस्वरूपता को जानता है, वह अमरता को प्राप्त करता है। तीसरा प्रश्न यहीं समाप्त होता है। फिर सौर्यायणी गार्ग्य ने पूछा, "भगवन्! इस पुरुष में कौन-कौन सोते हैं, कौन जागते हैं, स्वप्न कौन देखता है, सुख किसका है, और ये सब किसमें स्थित हैं?" आचार्य ने उत्तर दिया, "गार्ग्य! जैसे सूर्य के अस्त होने पर उसकी किरणें उसके प्रकाशमंडल में लीन हो जाती हैं और उदय होने पर पुनः फैल जाती हैं, वैसे ही सब कुछ परम देवता मन में लीन हो जाता है। उस समय मनुष्य न सुनता है, न देखता है, न सूंघता है, न स्वाद लेता है, न स्पर्श करता है, न बोलता है, न पकड़ता है, न भोगता है, न त्यागता है, न चलता है—उसे 'वह सोता है' कहते हैं।" उस समय केवल मुख्य प्राण इस नगर में जागता रहता है। अपान गृहस्थाग्नि के समान है, व्यान पाचन की अग्नि के समान है, और गृह्याग्नि से आहवनीयाग्नि प्रज्वलित होती है, जो उदान है। समान श्वास-प्रश्वास, इन दोनों आहुतियों को एकत्र करता है। मन ही यजमान है, और उदान यज्ञ का फल है। यह प्रतिदिन यजमान को ब्रह्म की ओर ले जाता है। स्वप्न में यह देवता अपनी महिमा का अनुभव करता है। जो देखा है, वही फिर देखता है; जो सुना है, वही फिर सुनता है; जो भोगा है, वही फिर भोगता है। जो देखा, अनदेखा, सुना, अनसुना, भोगा, अभोगा, सत्य-असत्य—सब कुछ देखता और अनुभव करता है। जब यह तेज से अभिभूत होता है, तब यह देवता स्वप्न नहीं देखता; उस समय शरीर में सुख का अनुभव करता है। जैसे पक्षी वृक्ष पर आकर बैठते हैं, वैसे ही ये सब परमात्मा में विश्राम पाते हैं। पृथ्वी और उसकी तत्त्वता, जल और उसकी तत्त्वता, अग्नि और उसकी तत्त्वता, वायु और उसकी तत्त्वता, आकाश और उसकी तत्त्वता; नेत्र और दृश्य, कान और श्रव्य, नासिका और गंध, रसना और स्वाद, त्वचा और स्पर्श, वाणी और वाच्य, हाथ और ग्राह्य, जननेंद्रिय और भोग्य, गुदा और त्याज्य, पाँव और गमन, मन और संकल्प, बुद्धि और निर्णायक, अहंकार और अभिमान्य, चित्त और चिंतन, तेज और प्रकाशित, प्राण और धार्य वस्तु—ये सभी उसमें स्थित हैं। वह दृष्टा, स्प्रष्टा, श्रोता, घ्राता, रसज्ञ, विचारक, ज्ञाता, कर्ता—ज्ञानमय आत्मा, पुरुष, उसी परम, अविनाशी आत्मा में विश्राम करता है। जो उस छायारहित, देहरहित, वर्णरहित, शुद्ध, अविनाशी को जानता है, वह परम पद को प्राप्त करता है, सर्वज्ञ बन जाता है। एक श्लोक भी है— ज्ञानमय आत्मा, समस्त देवताओं, प्राणों और प्राणियों के साथ, जहाँ उस अविनाशी को जानता है, वहीं स्थित होता है। वह सर्वज्ञ बनकर सबमें प्रवेश करता है। चौथा प्रश्न यहीं समाप्त होता है। फिर शैब्य सत्यकाम ने पूछा, "भगवन्! यदि कोई मृत्यु के समय ओंकार का ध्यान करता है, तो वह किस लोक को प्राप्त करता है?" आचार्य ने उत्तर दिया— "सत्यकाम! ओंकार ही उच्च और निम्न ब्रह्म है। जो इसे जानता है, वह इनमें से किसी एक को प्राप्त कर लेता है। यदि कोई ओंकार के एक मात्र का ही ध्यान करता है, तो वह शीघ्र ही पृथ्वी पर पुनर्जन्म लेता है। ऋचाएँ उसे मनुष्य लोक में ले जाती हैं, वहाँ तप, ब्रह्मचर्य और श्रद्धा से वह महानता प्राप्त करता है। यदि दो मात्राओं के द्वारा ओंकार का ध्यान मन में लीन हो जाए, तो यजुर्वेद द्वारा वह चंद्रलोक को प्राप्त करता है; वहाँ महानता का अनुभव कर पुनः लौट आता है। परंतु जो ओंकार के तीनों मात्राओं से उस परम पुरुष का ध्यान करता है, वह सूर्य के तेज में एकाकार हो जाता है। जैसे सर्प अपने छिद्र से केंचुल छोड़ता है, वैसे ही वह पापों से मुक्त होता है। सामवेद उसे ब्रह्मलोक तक ले जाता है, जहाँ से वह परम पुरुष का साक्षात्कार करता है। इसके विषय में श्लोक है— तीनों मात्राएँ, जब देहधारी में लगाई जाती हैं, तो परस्पर जुड़ी रहती हैं, कभी पृथक नहीं होतीं; बाह्य, आंतरिक और मध्य क्रियाओं में, जो जानता है वह विचलित नहीं होता। ऋग्वेद से यह प्राप्त होता है; यजुर्वेद से मध्य स्थान, सामवेद से वह जिसे ज्ञानी जानते हैं; ओंकार के द्वारा ही ज्ञानी उस शांति, अजरता, अमरता, अभय और परम पद को प्राप्त करता है।" पाँचवाँ प्रश्न यहीं समाप्त होता है। फिर सुकेश भारद्वाज ने पूछा, "भगवन्! कोसल के राजकुमार हिरण्यनाभ ने मुझसे पूछा—'हे भारद्वाज, क्या तुम सोलह कलाओं वाले पुरुष को जानते हो?' मैंने कहा, 'मैं नहीं जानता।' यदि मुझे पता होता, तो मैं कैसे न बताता? असत्य बोलने वाले की जड़ सूख जाती है; इसलिए मैं असत्य नहीं बोल सकता। वह चुपचाप रथ पर चढ़कर चला गया। अब मैं आपसे पूछता हूँ—वह पुरुष कहाँ है?" आचार्य ने उत्तर दिया, "यहीं, इसी शरीर में, वह पुरुष है, जिसमें ये सोलह कलाएँ उत्पन्न होती हैं। उसने विचार किया—'किसके प्रस्थान से मैं प्रस्थान करूँगा? किसके रहते मैं रहूँगा?' उसने प्राण की रचना की; प्राण से श्रद्धा, आकाश, वायु, अग्नि, जल, पृथ्वी, इंद्रियाँ और मन; फिर अन्न, अन्न से वीर्य, तप, वेद, कर्म, लोक, और लोकों में नाम बनाए। जैसे बहती नदियाँ समुद्र की ओर जाती हैं और पहुँचकर उसमें लीन हो जाती हैं, नाम-रूप खो देती हैं और केवल समुद्र कहलाती हैं, वैसे ही ये सोलह कलाएँ पुरुष में लीन हो जाती हैं, नाम-रूप मिट जाते हैं और केवल पुरुष ही रह जाता है। वह निरुपाधि और अमर हो जाता है। इसके विषय में श्लोक है— जैसे चक्र की धुरी में तीलियाँ स्थित होती हैं, वैसे ही ये कलाएँ उसमें स्थित हैं; उस पुरुष को जानो, ताकि मृत्यु तुम्हें न सताए।" आचार्य ने कहा, "मैंने अभी तक बस इतना ही परम ब्रह्म जाना है; इससे ऊपर कुछ नहीं।" शिष्यगण बोले, "आप ही हमारे पिता हैं, जो हमें अज्ञान से पार कर परम पद तक ले गए। महर्षियों को प्रणाम, महर्षियों को प्रणाम!" इस प्रकार प्रश्न उपनिषद् के ये प्रश्न और उत्तर पूर्ण हुए।