यह कथा प्राण की महिमा और उसके रहस्यों की है, जैसा कि प्रश्नोपनिषद् के विभिन्न प्रश्नों में प्रकट होती है। प्राण ही अग्नि है जो जलता है, वही सूर्य है, वही पर्जन्य है जो वर्षा करता है, वही वायु है, वही पृथ्वी है, वही धन का स्वामी है, वही सत्य और असत्य है, और वही अमर तत्व है। जैसे पहिए की सारी तीलियाँ उसके केंद्र में जुड़ी होती हैं, वैसे ही सब कुछ—ऋग, यजुर और साम वेद, यज्ञ, राजत्व और पुरोहितत्व—प्राण में ही स्थित है। हे प्राण, तुम गर्भ में प्रजापति के रूप में प्रवेश करते हो और बार-बार जन्म लेते हो। सभी जीव तुम्हें अर्पण करते हैं, क्योंकि तुम सबके प्राणों में स्थित हो। देवताओं में तुम सबसे तेजस्वी हो; पितरों में प्रथम अर्पण हो; ऋषियों में उनके आचरण की सत्यता हो; तुम ही अथर्वन और अंगिरस हो। अपनी तेजस्विता से तुम इन्द्र हो; रक्षणकर्ता के रूप में रुद्र हो; मध्य क्षेत्र में विचरण करते हो; और सूर्य के रूप में प्रकाश के स्वामी हो। जब तुम वर्षा करते हो, प्राण, तब जीव प्रसन्न होते हैं, सोचते हैं—अब हमारी इच्छा के अनुसार अन्न आएगा। तुम ही एकमात्र रथी हो, सबका स्वामी हो; हम तुम्हें प्रथम भाग अर्पित करते हैं; तुम हमारे पिता हो, हे मातरिश्वन। तुम्हारा जो स्वरूप वाणी, श्रवण, दृष्टि और मन में फैला है, वह हमारे लिए शुभ हो; वह हमसे दूर न जाए। जो कुछ तीनों लोकों में स्थित है, वह सब प्राण के अधीन है। जैसे माता अपने बच्चों की रक्षा करती है, वैसे ही हमारी रक्षा करो; हमें समृद्धि और विद्या दो। इस प्रकार प्रश्नोपनिषद् का दूसरा प्रश्न समाप्त हुआ। तब कौशल्य, अश्वलायन के पुत्र, ने पूछा—"आदरणीय, यह प्राण कहाँ से उत्पन्न होता है? शरीर में कैसे प्रवेश करता है? स्वयं को कैसे विभाजित करता है और स्थापित करता है? किसके द्वारा बाहर जाता है? बाहर और भीतर को कैसे संभालता है?" उत्तर मिला—"तुम सामान्य से आगे के प्रश्न पूछते हो और ब्रह्मनिष्ठ हो, इसलिए मैं तुम्हें बताता हूँ।" प्राण आत्मा से उत्पन्न होता है। जैसे व्यक्ति की छाया उसके साथ फैलती है, वैसे ही यह उसमें फैला रहता है। मन के कार्य से यह शरीर में प्रवेश करता है। जैसे राजा अपने अधिकारियों को गाँवों पर शासन करने के लिए नियुक्त करता है, वैसे ही प्राण अन्य प्राणों को अलग-अलग कार्य सौंपता है—अपान को मल-मूत्र और जनन अंगों में, प्राण को आँख, कान, मुख और नासिका में, समान को मध्य में, जो अर्पित भोजन को बराबर बाँटता है। इसलिए ये सात ज्वालाएँ हैं। आत्मा ह्रदय में स्थित है। वहाँ से १०१ नाड़ियाँ निकलती हैं; प्रत्येक में १०० शाखाएँ, और हर शाखा में ७२,००० उपशाखाएँ हैं। इनमें व्यान चलता है। एक नाड़ी से उदान ऊपर उठता है—पुण्य से पुण्य लोक, पाप से पाप लोक, और दोनों के मिश्रण से मनुष्य लोक में जाता है। सूर्य बाह्य प्राण है; वह उदय होकर आँखों से संबंधित प्राण को संभालता है। पृथ्वी पर देवता व्यक्ति के अपान को संभालते हैं। मध्य क्षेत्र में समान है; वायु में व्यान है। ऊपर उठने वाली ऊर्जा तेज है; जब यह शांत हो जाती है, इंद्रियाँ मन में लीन होकर फिर जन्म में लौटती हैं। जिस मन से कोई प्रस्थान करता है, उसी से वह प्राण में जाता है; प्राण तेज के साथ आत्मा को इच्छानुसार लोक में ले जाता है। जो प्राण को इस प्रकार जानता है, उसकी संतान नष्ट नहीं होती; वह अमर हो जाता है। एक मंत्र कहता है—जो प्राण की उत्पत्ति, प्रवेश, स्थिति, विस्तार और पांच रूपों को भीतर जानता है, वह अमरत्व को प्राप्त करता है। इस प्रकार तीसरा प्रश्न समाप्त हुआ। फिर सौर्यायणी गर्ग्य ने पूछा—"इस व्यक्ति में कौन सोते हैं, कौन जागते हैं, स्वप्न कौन देखता है, सुख किसका है, और सब किसमें स्थित हैं?" उत्तर मिला—"गर्ग्य, जैसे सूर्य की किरणें अस्त होने पर उसकी प्रकाशमंडल में एकत्र हो जाती हैं, वैसे ही सब कुछ परम देवता, मन में लीन हो जाता है। उस समय व्यक्ति न सुनता है, न देखता है, न सूंघता है, न स्वाद लेता है, न स्पर्श करता है, न बोलता है, न पकड़ता है, न आनंद लेता है, न त्यागता है, न चलता है; तब कहते हैं—'वह सोता है।'" केवल प्रधान प्राण जाग्रत रहता है। अपान गृहस्थ अग्नि के समान है, व्यान पकाने वाले अग्नि के समान है, और गृहस्थ अग्नि से यज्ञीय अग्नि प्रज्वलित होती है, जो उदान है। समान श्वास-प्रश्वास दोनों अर्पणों को जोड़ता है। मन यज्ञकर्ता है; उदान यज्ञ का फल है, जो यज्ञकर्ता को ब्रह्म की ओर ले जाता है। स्वप्न में यह देवता अपनी महानता का अनुभव करता है; जो देखा, वही फिर देखता है; जो सुना, वही फिर सुनता है; जो अलग-अलग स्थानों और दिशाओं में अनुभव किया, वही बार-बार अनुभव करता है। वह देखे-अदृश्य, सुने-असुने, अनुभव किए-अनुभव न किए, सत्य-असत्य—सब देखता है, सब जानता है। जब वह तेज से अभिभूत होता है, तब स्वप्न नहीं देखता; तब शरीर में सुख का अनुभव करता है। जैसे पक्षी वृक्ष पर एकत्र होते हैं, वैसे ही सब कुछ परम आत्मा में स्थित होता है। पृथ्वी और उसका सार, जल और उसका सार, अग्नि और उसका सार, वायु और उसका सार, आकाश और उसका सार; नेत्र और दृश्य, कान और श्रव्य, नाक और गंध, स्वाद और रस, त्वचा और स्पर्श, वाणी और बोलने योग्य, हाथ और पकड़ने योग्य, जनन अंग और आनंद, गुदा और त्याज्य, पैर और चलने योग्य, मन और विचार, बुद्धि और समझ, अहंकार और अभिव्यक्ति, चैतन्य और ध्यान, तेज और प्रकाश, प्राण और पोषण— वह देखने वाला, छूने वाला, सुनने वाला, सूंघने वाला, स्वाद लेने वाला, सोचने वाला, जानने वाला, करने वाला—ज्ञान का आत्मा, पुरुष—परम, अविनाशी आत्मा में विश्राम करता है। जो उस छाया रहित, देह रहित, रंग रहित, शुद्ध, अविनाशी को जानता है, वह परम को प्राप्त करता है, सर्वज्ञ और सर्व बन जाता है। एक मंत्र कहता है—ज्ञानात्मा, सभी देवताओं, प्राणों और जीवों के साथ, जहाँ उस अविनाशी को जाना जाता है, वहाँ स्थित है। वह सर्वज्ञ बनकर सबमें प्रवेश करता है। इस प्रकार चौथा प्रश्न समाप्त हुआ। फिर शैब्य सत्यकाम ने पूछा—"आदरणीय, यदि कोई मनुष्य मृत्यु के समय ओंकार का ध्यान करता है, तो वह कौन सा लोक जीतता है?" उत्तर मिला—"सत्यकाम, ओंकार ही उच्च और निम्न ब्रह्म है। इसलिए जानने वाला इससे दोनों में से एक को प्राप्त करता है।" यदि कोई केवल एक मात्रा का ध्यान करता है, तो वह शीघ्र पृथ्वी पर पुनर्जन्म लेता है; वेद उसे मनुष्यों के लोक में ले जाते हैं, जहाँ तप, ब्रह्मचर्य और श्रद्धा से वह महानता का अनुभव करता है। यदि दो मात्राओं के साथ मन में विलीन करता है, तो यजुर्वेद के द्वारा वह चंद्रलोक में जाता है; वहाँ महानता का अनुभव करके फिर लौटता है। परंतु जो उस परम पुरुष का तीन मात्राओं वाले ओंकार से ध्यान करता है, वह सूर्य के तेज से एक हो जाता है; जैसे सर्प अपने शरीर के छिद्र से केंचुल छोड़ता है, वैसे ही वह पाप से मुक्त हो जाता है; सामवेद के द्वारा ब्रह्मलोक में जाता है, और वहाँ जीवों के समूह से परम पुरुष को देखता है, जो सर्वोच्च है। इस विषय में मंत्र कहते हैं—तीनों मात्राएँ जब मृत्युलोक में लागू होती हैं, वे आपस में जुड़ी रहती हैं; बाह्य, आंतरिक और मध्य कर्मों में जब सही ढंग से लागू होती हैं, तब जानने वाला विचलित नहीं होता। ऋग्वेद से यह प्राप्त होता है; यजुर्वेद से मध्य क्षेत्र; सामवेद से वह जिसे ज्ञानी जानते हैं; ओंकार ही साधन है, जिससे जानने वाला शांति, कालातीत, अमर, निर्भय और परम को प्राप्त करता है। इस प्रकार पाँचवाँ प्रश्न समाप्त हुआ। फिर सुकेश भारद्वाज ने पूछा—"आदरणीय, कोसल के राजकुमार हिरण्यनाभ ने मुझसे पूछा—'हे भारद्वाज, क्या तुम सोलह कलाओं वाले पुरुष को जानते हो?' मैंने कहा—'मैं नहीं जानता।' यदि जानता, तो कैसे न बताता? जो असत्य बोलता है, उसकी जड़ सूख जाती है, इसलिए मैं असत्य नहीं बोलूंगा। वह मौन होकर रथ पर चढ़ गया और चला गया। अब मैं आपसे पूछता हूँ—वह पुरुष कहाँ है?" उत्तर मिला—"यहीं, शरीर में ही, हे श्रेष्ठ, वह पुरुष है जिसमें ये सोलह कलाएँ उत्पन्न होती हैं।" इस प्रकार प्रश्नोपनिषद् की प्रश्नों की कथा प्राण और आत्मा के गूढ़ रहस्यों के साथ आगे बढ़ती है, और साधक को सत्य, अमरत्व और ब्रह्म की ओर ले जाती है।