प्रश्न उपनिषद् की कथा में, ऋषि और शिष्यों के मध्य गूढ़ संवाद चलता है। वे कहते हैं—पिता, जिसे प्रजापति भी कहा गया है, उसके पाँच चरण हैं और बारह रूप हैं। वह अपने ऊर्ध्वार्द्ध भाग में, इस शरीर रूपी नगर में निवास करता है। ज्ञानीजन कहते हैं कि वह सात चक्कों और छह तीलियों वाले रथ में स्थित है। महीना वास्तव में प्रजापति का ही रूप है—उसका कृष्ण पक्ष पदार्थ है और शुक्ल पक्ष प्राण है। इसी कारण ऋषि लोग शुक्ल पक्ष में ही यज्ञ करते हैं, कृष्ण पक्ष में नहीं। दिन और रात भी प्रजापति हैं—दिन प्राण है, रात पदार्थ। जो लोग दिन में मैथुन करते हैं, वे प्राण का अपव्यय करते हैं; परंतु जो रात्रि में संयम रखते हैं, वे ब्रह्मचर्य का पालन करते हैं। भोजन भी प्रजापति है, और उसी से वीर्य उत्पन्न होता है; वीर्य से ही ये समस्त प्राणी जन्म लेते हैं। जो लोग प्रजापति का व्रत करते हैं, वही संतान उत्पन्न करते हैं। उन्हीं के लिए ब्रह्मलोक है—जिनमें तप, ब्रह्मचर्य और सत्य स्थापित है। जिनके भीतर कपट, असत्य या छल नहीं है, उनके लिए वह शुद्ध, निर्मल ब्रह्मलोक है। प्रथम प्रश्न का यहीं समापन होता है। इसके बाद वैदर्भि के पुत्र भार्गव ने पूछा—“भगवन्, कितने देवता इस सृष्टि को धारित करते हैं? उनमें कौन इसे प्रकाशित करता है, और उनमें सबसे श्रेष्ठ कौन है?” गुरु ने उत्तर दिया—आकाश, वायु, अग्नि, जल, पृथ्वी, वाणी, मन, नेत्र और कर्ण—ये देवता अपनी-अपनी शक्तियों से कहते हैं, “हम इस शरीर को संभालते हैं, अपने बल से इसे थामे हुए हैं।” तब उनमें प्रधान प्राण बोला—“मोह में मत पड़ो! मैं ही, अपने आप को पाँच रूपों में विभाजित कर, इस शरीर को संभालता और धारण करता हूँ।” किंतु अन्य देवताओं ने उस पर विश्वास नहीं किया। अहंकारवश, प्राण ऊपर उठने लगा; उसके साथ ही अन्य सब भी ऊपर उठने लगे। जब वह रुका, सब रुके। जैसे मधुमक्खियाँ अपने राजा के साथ उड़ती और बैठती हैं, वैसे ही वाणी, मन, दृष्टि और श्रवण सब प्राण की स्तुति करने लगे। वह जो जलता है, वही अग्नि है; वही सूर्य है; वही वर्षा देने वाला पर्जन्य है; वही वायु है; वही पृथ्वी, धन के स्वामी, सत्य और असत्य, और वही अमर है। जैसे चक्र की तीलियाँ उसके केंद्र में स्थित होती हैं, वैसे ही सब कुछ प्राण में स्थित है—ऋक्, यजुः, साम, यज्ञ, राजत्व और ब्राह्मणत्व। हे प्राण, तुम गर्भ में प्रजापति के रूप में प्रवेश करते हो; बार-बार जन्म लेते हो। सब प्राणी तुम्हारे लिए आहुति देते हैं, क्योंकि तुम प्राणों में स्थित हो। देवताओं में तुम तेजस्वी हो; पितरों में प्रथम आहुति हो; ऋषियों में उनके आचरण का सत्य हो; तुम ही अथर्वन् और अङ्गिरस हो। हे प्राण, अपनी दीप्ति से तुम इन्द्र हो; रक्षक रूप में रुद्र हो; मध्यलोक में विचरण करते हो; और प्रकाश के स्वामी सूर्य भी हो। जब तुम वर्षा करते हो, प्राण, तब प्राणी हर्षित होते हैं—सोचते हैं, “अब इच्छानुसार अन्न मिलेगा।” हे प्राण, तुम ही एकमात्र रथी, सबका स्वामी, सबमें विचरण करने वाले हो। हम तुम्हारे प्रथम भाग के दाता हैं; तुम हमारे पिता हो, मातरिश्वन हो। तुम्हारा जो रूप वाणी, श्रवण, दृष्टि और मन में स्थित है, वह हमारे लिए कल्याणकारी बने; तुम हमसे दूर न जाओ। जो कुछ भी तीनों लोकों में स्थित है, वह सब प्राण के अधीन है। जैसे माता अपने बच्चों की रक्षा करती है, वैसे ही हमारी रक्षा करो; हमें समृद्धि और ज्ञान दो। यहाँ दूसरा प्रश्न समाप्त होता है। फिर कौशल्य, अश्वलायन के पुत्र, ने पूछा—“भगवन्, यह प्राण कहाँ से उत्पन्न होता है? यह शरीर में कैसे प्रवेश करता है? स्वयं को कैसे विभाजित करता है और कहाँ स्थित होता है? किससे बाहर जाता है? बाहर और भीतर किस प्रकार सबका पोषण करता है?” गुरु ने कहा—“तुमने सामान्य से आगे के प्रश्न पूछे हैं, और तुम ब्रह्मनिष्ठ हो, अतः मैं बताऊँगा।” प्राण आत्मा से उत्पन्न होता है। जैसे मनुष्य की छाया उसके साथ रहती है, वैसे ही प्राण आत्मा में व्याप्त है। मन के माध्यम से वह शरीर में प्रवेश करता है। जैसे राजा अपने अधिकारियों को गाँवों का प्रबंधन सौंपता है, वैसे ही प्राण अन्य प्राणों को उनके-उनके स्थानों पर नियुक्त करता है—अपान मल-मूत्र के स्थानों में, प्राण नेत्र, कर्ण, मुख और नासिका में, समान मध्य में स्थित होकर भोजन का सम वितरण करता है—यही सात ज्वालाएँ हैं। यह आत्मा हृदय में स्थित है, वहाँ से 101 नाड़ियाँ निकलती हैं; प्रत्येक की 100 शाखाएँ हैं, और प्रत्येक शाखा की 72,000 उपशाखाएँ हैं। इन्हीं में व्यान विचरता है। एक नाड़ी से उदान ऊपर उठता है—पुण्य से पुण्यलोक, पाप से पापलोक, और दोनों से मनुष्यलोक को ले जाता है। सूर्य वास्तव में बाहरी प्राण है; वह उदित होकर नेत्र संबंधी प्राण का पोषण करता है। पृथ्वी की देवता व्यक्ति के अपान का पोषण करती है। मध्य में समान है, वायु व्यान है। जो ऊर्ध्वगामी शक्ति है, वही तेज है; जब तेज शांत हो जाता है, इंद्रियाँ मन में लीन होकर फिर जन्म लेती हैं। जिस मन से व्यक्ति शरीर छोड़ता है, उसी के अनुसार प्राण उसे अपने तेज और आत्मा के साथ इच्छित लोक में ले जाता है। जो इस प्रकार प्राण को जानता है, उसकी संतान नष्ट नहीं होती; वह अमर हो जाता है। एक मंत्र है—जो प्राण की उत्पत्ति, प्रवेश, स्थान, व्यापकता और पंचत्व को जानता है, वह अमरता को प्राप्त करता है। यहाँ तीसरा प्रश्न समाप्त होता है। फिर सौर्यायणी गार्ग्य ने पूछा—“भगवन्, इस पुरुष में क्या सोता है, क्या जागता है, कौन स्वप्न देखता है, किसका सुख है, और ये सब किसमें प्रतिष्ठित हैं?” गुरु बोले—“गार्ग्य, जैसे सूर्यास्त के समय उसकी किरणें उसके मंडल में लीन हो जाती हैं और सूर्योदय पर पुनः फैल जाती हैं, वैसे ही सब कुछ परमात्मा, मन में लीन हो जाता है। उस समय यह पुरुष न सुनता है, न देखता, न सूंघता, न स्वाद लेता, न स्पर्श करता, न बोलता, न ग्रहण करता, न भोगता, न त्यागता, न चलता—इसी को ‘सोना’ कहते हैं।” उस समय केवल प्रधान प्राण जागता है। अपान गृह्याग्नि के समान है, व्यान पाकाग्नि के समान है, और गृह्याग्नि से यज्ञाग्नि प्रज्वलित होती है, जो उदान है। समान प्राण श्वास-प्रश्वास—दोनों आहुतियों—को एकत्र करता है। मन ही यजमान है; उदान यज्ञफल है। यह प्रतिदिन यजमान को ब्रह्म की ओर ले जाता है। स्वप्न में यह देवता अपनी महिमा का अनुभव करता है—जो देखा, वही पुनः देखता है; जो सुना, वही फिर सुनता है; जो इधर-उधर अनुभव किया, वही बार-बार अनुभव करता है। वह देखे-अनदेखे, सुने-असुने, अनुभव किए-अनुभव न किए, सत्य-असत्य—सब देखता और जानता है। जब तेज से आच्छादित हो जाता है, तब यह देवता स्वप्न नहीं देखता, उस समय शरीर में ही सुख का अनुभव करता है। जैसे पक्षी वृक्ष पर आकर बैठते हैं, वैसे ही सब कुछ परमात्मा में लीन हो जाता है। पृथ्वी और उसका सार, जल और उसका सार, अग्नि और उसका सार, वायु और उसका सार, आकाश और उसका सार; नेत्र और दृश्य, कर्ण और श्रव्य, नासिका और गंध, जीभ और स्वाद, त्वचा और स्पर्श, वाणी और वाच्य, हाथ और ग्राह्य, जननेंद्रिय और भोग्य, गुदा और त्याज्य, पाँव और गम्य, मन और चिन्त्य, बुद्धि और बोध्य, अहंकार और अभिमन्य, चित्त और विचार्य, तेज और दीप्त्य, प्राण और धारणीय—ये सभी उसमें स्थित हैं। वही द्रष्टा, स्प्रष्टा, श्रोता, घ्राता, रसज्ञ, चिन्तक, ज्ञाता, कर्ता—ज्ञानस्वरूप पुरुष है, और वह परम, अविनाशी आत्मा में स्थित है। जो उस छायारहित, देहरहित, वर्णरहित, शुद्ध, अविनाशी को जानता है, वह परम पद को प्राप्त करता है, सर्वज्ञ और सर्वस्वरूप हो जाता है—ऐसा मंत्र भी है। इस प्रकार प्रश्न उपनिषद् के इन प्रश्नों में आत्मा, प्राण, ब्रह्म और जीवन के रहस्य को गुरु ने शिष्यों को समझाया।