आचार्य शंकर और अन्य वेदांत मनीषियों ने ब्रह्मसूत्रों में उपनिषदों के गूढ़ रहस्यों को विस्तार से समझाया है। वे बताते हैं कि ब्रह्म और जीव के संबंध को समझाने के लिए अनेक दृष्टांत दिए गए हैं। जैसे सूर्य और उसकी किरणों का उदाहरण, वैसे ही जीव और ब्रह्म का संबंध है। लेकिन यह उपमा पूरी तरह उपयुक्त नहीं है, क्योंकि सूर्य की किरणें जल को ग्रहण नहीं करतीं, अर्थात् जीव का ब्रह्म से संबंध पूर्णतः वैसा नहीं है जैसा सूर्य और किरणों का। फिर यह भी देखा जाता है कि वृद्धि और क्षय, दोनों ही ब्रह्म और जीव में किसी सीमा तक देखे जाते हैं, और दोनों के बीच सामंजस्य भी पाया जाता है। परंतु यह विषय यहीं तक सीमित है; इससे आगे का विस्तार शास्त्र में निषेध कर दिया गया है। आगे यह भी कहा गया है कि ब्रह्म अव्यक्त है, जिसे प्रत्यक्ष या अनुमान से ही जाना जा सकता है। वह भेदरहित है, जैसे प्रकाश—प्रकाश अपने कार्य में बार-बार प्रकट होता है, वैसे ही ब्रह्म की सत्ता भी सर्वत्र दिखती है। इसलिए ब्रह्म अनंत है, क्योंकि शास्त्रों में यही संकेत मिलता है। जीव और ब्रह्म के संबंध को सर्प और उसकी कुण्डली के उदाहरण से भी समझाया गया है, या जैसे प्रकाश का आधार होता है, क्योंकि दोनों का स्वभाव प्रकाश के समान है। ये उपमाएँ पहले भी दी जा चुकी हैं, और निषेध के कारण भी यही समझना उचित है। यदि कोई विरोधी मत भिन्नता, संबंध या नाम के आधार पर भेद स्थापित करता है, तो वह प्रमाणित नहीं होता, क्योंकि सामान्यता की दृष्टि से देखना चाहिए। यह सब बुद्धि के लिए है, जैसे पाँव का उदाहरण दिया जाता है। विशेष स्थान के कारण भी, जैसे प्रकाश आदि में, यही सिद्धांत लागू होता है, और यह युक्तिसंगत भी है। साथ ही, दूसरे पक्ष में कोई निषेध नहीं है। इसी से आकाश आदि शब्दों के द्वारा सर्वव्यापकता का अनुमान होता है। अतः कारण के अनुसार ही परिणाम भी होता है, और शास्त्रों में भी यही सिखाया गया है। जैमिनि का मत है कि यह सब धर्म ही है, जबकि बादरायण मानते हैं कि कारण का उल्लेख होने के कारण यह धर्म से भी पूर्ववर्ती है। फिर वेदांत के सभी ग्रंथों में, क्योंकि विधि आदि में कोई भेद नहीं है, एक ही निष्कर्ष प्राप्त होता है। यदि कहीं अंतर हो—even एक ही स्थल पर—तो वह नियम लागू नहीं होता। आत्मस्वाध्याय के विषय में भी यही नियम है, क्योंकि अभ्यास के लिए योग्यता और नियम दोनों ही आवश्यक हैं। यह बात भी शास्त्र में स्पष्ट की गई है। अर्थ की अभिन्नता के कारण भी यही निष्कर्ष निकलता है, जैसे परिशिष्ट विधि के मामले में, और जब दोनों समान हों। यदि शब्द के आधार पर भिन्नता मानी जाए, तो भी वह मान्य नहीं, क्योंकि कोई भेद नहीं है। प्रसंग का भेद भी उच्च-निम्नता का कारण नहीं बनता, जैसे कहीं ऊँचा-नीचा कहा गया हो। यदि कहीं ऐसा माना भी जाए, तो वह पहले ही स्पष्ट किया जा चुका है; फिर भी, वह तथ्य वहाँ भी विद्यमान रहता है। सर्वव्यापकता के कारण भी यही युक्तिसंगत है। सभी मामलों में, इस एक को छोड़कर, कोई भेद नहीं है। आनंद आदि सभी प्रधान तत्त्व में ही निहित हैं। 'प्रिय शिरः' आदि की प्राप्ति न होना, तथा वृद्धि-क्षय, ये सब भिन्नता के कारण होते हैं, परंतु अन्य सब सामान्य अर्थ की दृष्टि से होते हैं। ध्यान के लिए कोई पृथक प्रयोजन नहीं है, और 'आत्मा' शब्द के कारण भी यही बात लागू होती है। आत्मा का ग्रहण भी, अन्य मामलों की तरह ही, जो आगे बताया गया है, उसी के अनुसार होता है। इस प्रकार शास्त्रों के इन सूत्रों के माध्यम से, जीव और ब्रह्म के संबंध, उनकी एकता और भिन्नता, तथा ज्ञान की प्राप्ति के रहस्य को विद्वानों ने अत्यंत सूक्ष्मता से समझाया है।