एक बार, शास्त्रों में एक गहन चर्चा आरंभ हुई—आत्मा और उसके गुणों, अवस्थाओं, और कार्यों के विषय में। किसी ने तर्क दिया, "आत्मा की अवस्थाओं में भिन्नता है, इसलिए वह अलग है।" लेकिन शास्त्र स्पष्ट करते हैं कि ऐसा नहीं है, क्योंकि आत्मा का स्वीकृति हृदय में ही होती है; उसकी वास्तविकता हृदय में ही अनुभव होती है। फिर, कोई कहता है, "गुणों के कारण भेद है, जैसे संसार में होता है।" शास्त्र समझाते हैं कि यह भेद सुगंध की भांति है—जैसे फूल में सुगंध होती है, वैसे ही आत्मा में गुणों की भिन्नता दिखाई देती है। यह भेद अलग-अलग उपदेशों और निर्देशों के कारण भी है। लेकिन आत्मा के गुणों के सार के कारण, उसका नामकरण वैसे ही होता है जैसे ज्ञानी जनों का नामकरण उनके गुणों के अनुसार होता है। और जब तक आत्मा में ये गुण विद्यमान हैं, तब तक कोई दोष नहीं है, क्योंकि यह देखा जाता है। जैसे पुरुषत्व आदि की पहचान होती है, वैसे ही इस जीवित आत्मा की पहचान होती है, क्योंकि उसका संबंध प्रकट होने से है। निरंतर दर्शन या अदर्शन के परिणामस्वरूप, या केवल एक में सीमित रहने से, अन्यथा नहीं। शास्त्र कहते हैं, "कर्मकर्ता वही है," क्योंकि शास्त्र का अर्थ यही है। और आत्मा के लेने और छोड़ने की भी चर्चा होती है। कर्म में भी उसका नामकरण होता है; यदि ऐसा न हो, तो उपदेश उल्टा हो जाएगा। जैसे प्रत्यक्ष में कोई बाधा नहीं है, वैसे ही यहाँ भी कोई प्रतिबंध नहीं है। शक्ति के भ्रमित समझ की संभावना के कारण भी यह भेद है। और आत्मा में कोई पूर्ण विलयन नहीं होता। जैसे बढ़ई अपने कार्यों में दोनों प्रकार से कार्य करता है, वैसे ही आत्मा भी दोनों प्रकार से कार्य करती है। लेकिन परमात्मा से सब कुछ उत्पन्न होता है, क्योंकि शास्त्र ऐसा कहते हैं। परंतु, केवल प्रयास करने पर ही फल मिलता है; यदि ऐसा न हो, तो विधि और निषेध के कर्म अर्थहीन हो जाएंगे। आत्मा एक अंश है, क्योंकि उसके विभिन्न नामकरण हैं; कुछ शिक्षक उसे सेवक या जुआरी की तरह भी समझाते हैं। मंत्रों के शब्दों से भी यही सिद्ध होता है। और परंपरा में भी इसका स्मरण है। लेकिन परमात्मा के लिए ऐसा नहीं है, जैसे प्रकाश आदि के लिए नहीं होता। ज्ञानी जन भी इसे स्मरण करते हैं। अनुमति और निषेध शरीर के संबंध के कारण उत्पन्न होते हैं, जैसे प्रकाश आदि के साथ होता है। और जो निरंतर नहीं है, उसमें कोई मिश्रण नहीं होता। यह केवल एक प्रतीति है। अदृश्य के विषय में कोई निश्चित नियम नहीं है। और अभिप्राय आदि के मामलों में भी यही बात लागू होती है। यदि कोई कहे, "स्थान के भेद के कारण आत्मा अलग है," तो शास्त्र कहते हैं, ऐसा नहीं है, क्योंकि वह भीतर ही समाहित है। इसी प्रकार प्राणों के विषय में भी यही सिद्धांत लागू होता है। क्योंकि उनका मुख्य अर्थ संभव नहीं है, और शास्त्र पहले ही ऐसा कह चुके हैं। वाणी के प्रकट होने से पहले प्राण होते हैं। और उनका मार्ग सात प्रकार से बताया गया है। लेकिन जब तक शरीर रहता है, हाथ आदि अंगों की बात अलग है; वे वैसे नहीं हैं। प्राण सूक्ष्म हैं। वे श्रेष्ठ हैं। वे वायु से उत्पन्न नहीं होते, क्योंकि शास्त्र उन्हें अलग-अलग बताते हैं। लेकिन वे आँख आदि की तरह हैं, क्योंकि उनके सह-अस्तित्व और अन्य गुणों का शास्त्र में उल्लेख है। और क्योंकि वे इंद्रियाँ नहीं हैं, इसमें कोई दोष नहीं है; शास्त्र यही दर्शाते हैं। उनके पाँच कार्य बताए गए हैं, जैसे मन के पाँच कार्य होते हैं। और वे भी सूक्ष्म हैं। इस प्रकार, शास्त्रों ने आत्मा, उसके गुणों, प्राणों, और उनके कार्यों को विस्तार से समझाया, जिससे साधक को आत्मा और परमात्मा के भेद, संबंध और कार्यों का साक्षात् ज्ञान प्राप्त हो सके।