शास्त्र के इन सूत्रों के अनुसार, आत्मा और पंचमहाभूतों के संबंध में एक गूढ़ चर्चा प्रस्तुत की जाती है। सबसे पहले यह स्पष्ट किया गया है कि आत्मा और शरीर, या आत्मा और उसके उपाधियों के बीच कोई वास्तविक पृथक्करण नहीं है, अतः किसी सिद्धांत का खंडन नहीं होता, क्योंकि कोई वास्तविक अलगाव नहीं है। यह बात शास्त्र के वचनों से प्रमाणित होती है। फिर यह बताया जाता है कि संसार में जैसे किसी वस्तु के विकार या परिवर्तन के समय तक ही भिन्नता टिकती है, वैसे ही आत्मा और उसके उपाधियों के बीच भी भेद केवल विकार की अवधि तक ही रहता है। इसी प्रकार, वायु के संबंध में भी यही सिद्धांत लागू होता है। इसके आगे चर्चा आती है कि कभी-कभी अस्तित्व का संबंध नहीं बैठता, इसलिए अग्नि, जल और पृथ्वी के संबंध में भी यही क्रम चलता है। यह सब शास्त्र के अन्य वचनों से भी पुष्ट होता है, जो प्रसंग के अनुसार भिन्न-भिन्न रूपों में संकेत करते हैं। यह भी कहा गया है कि ध्यान या उपासना के चिह्न के कारण, केवल उसी के ध्यान से फल प्राप्त होता है। लेकिन यदि क्रम उल्टा हो, तो भी वह ठीक ही है। यदि कोई कहे कि चैतन्य और मन का स्थान बीच में है, तो यह उचित नहीं है, क्योंकि उनमें कोई वास्तविक भिन्नता नहीं है। फिर, यह भी विचार किया जाता है कि चल और अचल के आधार पर नामकरण केवल प्रतीकात्मक है, क्योंकि वह उनकी उपस्थिति या अनुपस्थिति के कारण होता है। आत्मा का उत्पन्न होना संभव नहीं, क्योंकि शास्त्रों ने उसे नित्य और अविनाशी बताया है, जबकि अन्य तत्त्व नाशवान हैं। इसी कारण जानने वाला—ज्ञाता—भी ऐसा ही है। आत्मा के गमन, संचरण और पुनरागमन के विषय में भी यही सिद्धांत लागू होता है। इनमें से उत्तर के दोनों (संचरण और पुनरागमन) आत्मा के स्वभाव से ही होते हैं। यदि यह कहा जाए कि सूक्ष्म शरीर नहीं जाता, क्योंकि शास्त्र में ऐसा कहा गया है, तो वह उचित नहीं, क्योंकि प्रसंग के अनुसार अन्यथा भी कहा गया है। यह भी प्रमाणित किया जाता है कि अपने नाम और माप से भी यह सिद्ध होता है। इसमें कोई विरोध नहीं, जैसे चंदन में सुगंध के साथ होता है। यदि कोई कहे कि भिन्न अवस्था के कारण यह संभव नहीं, तो भी वह उचित नहीं, क्योंकि स्वीकृति नहीं होती; आत्मा तो हृदय में ही स्थित है। या, गुणों के कारण भी, संसार में जैसा होता है, वैसे ही भेद संभव है। सुगंध की तरह ही भिन्नता दिखाई देती है, जैसा शास्त्र में कहा गया है। यह भी अलग-अलग उपदेशों से स्पष्ट होता है। किन्तु, आत्मा के गुणों के स्वभाव के कारण, उसका नामकरण वैसे ही होता है जैसे विद्वानों के लिए होता है। और जब तक आत्मा में वह गुण है, कोई दोष नहीं, क्योंकि ऐसा देखा जाता है। जैसे पुरुषत्व आदि के लिए, परंतु इस सत् (सत्ता) के लिए, अभिव्यक्ति के संबंध के कारण। यदि निरंतर दर्शन या अदर्शन का परिणाम या केवल एक की अनिवार्यता मानी जाए, तो भी अन्यथा ही सिद्ध होता है। आत्मा ही कर्ता है, क्योंकि शास्त्र का तात्पर्य यही है। और, ग्रहण और गमन का भी उल्लेख मिलता है। कर्म में भी आत्मा का नामकरण होता है; यदि ऐसा न हो, तो उपदेश का उल्टा अर्थ निकल जाएगा। जैसे प्रत्यक्ष ज्ञान में कोई बंधन नहीं, वैसे ही यहाँ भी है। शक्ति के भ्रम की संभावना के कारण भी यह सिद्धांत है। और, क्योंकि यहाँ लीनता नहीं होती। जैसे एक बढ़ई दोनों प्रकार से कार्य करता है, वैसे ही आत्मा भी। किन्तु, परमात्मा से ही सब कुछ होता है, क्योंकि शास्त्रों ने ऐसा कहा है। फिर भी, जब तक पुरुषार्थ या प्रयत्न न हो, तब तक विधान और निषेध के कर्म निरर्थक हो जाएंगे। आत्मा का एक अंश माना गया है, क्योंकि विभिन्न नामों से उसका उल्लेख होता है; और कुछ आचार्य उसे मजदूर या जुआरी की तरह बताते हैं। यह बात मंत्र के शब्दों से भी प्रमाणित होती है। और यह परंपरा में भी स्मरण की गई है। इस प्रकार, शास्त्र के इन सूत्रों के माध्यम से आत्मा, उसके गुण, कर्म, और परमात्मा के संबंध में गूढ़ रहस्य उजागर होते हैं, जो साधक के लिए मार्गदर्शक हैं।