इन शास्त्रों की श्रृंखला में, ब्रह्मसूत्राचार्य एक गूढ़ विषय को स्पष्ट करते हैं। वे कहते हैं कि जैसे पत्थर आदि में कोई परिवर्तन या विलय संभव नहीं है, वैसे ही आत्मा के विषय में भी यह नहीं हो सकता। यदि कोई आपत्ति उठाए कि संसार में विलय देखा जाता है, तो इसका उत्तर दिया जाता है कि यह दूध के उदाहरण के समान है—दूध में भी विलय होता है, परंतु मूल तत्व नष्ट नहीं होता। देवताओं और अन्य प्राणियों के साथ जैसा व्यवहार होता है, वही संसार में भी देखा जाता है। यदि कोई कहे कि इससे पूरे ब्रह्माण्ड में अनुचित विस्तार हो जाएगा या आत्मा के निरवयवत्व के सिद्धांत से विरोध होगा, तो इसका समाधान शास्त्रों से मिलता है, क्योंकि शास्त्रों का स्रोत शब्द है। आत्मा में विविध गुण भी पाए जाते हैं, और विरोधी मत में दोष भी है। सभी गुणों का अस्तित्व देखा जाता है; यदि कहा जाए कि आत्मा निरंग है, तो इसका उत्तर पहले ही दिया जा चुका है। आत्मा का सृष्टि में उद्देश्य है, और संसार में भी सृष्टि केवल लीला के लिए होती है। कोई यह न कहे कि सृष्टि पक्षपात या क्रूरता से होती है, क्योंकि यह अन्य कारकों पर निर्भर करती है—शास्त्र भी ऐसा ही दिखाते हैं। यदि कहा जाए कि कर्मों का वितरण नहीं होता, तो उत्तर है कि कर्म अनादि हैं, अतः यह उचित है और देखा भी जाता है। सभी गुणों की संभावना स्वीकार की जाती है। आगे, व्यवस्था के अभाव के कारण अनुमान मान्य नहीं है; न ही कोई क्रिया होती है। यदि दूध और पानी के समान मिलन की बात कही जाए, तो वहाँ भी आपत्ति बनी रहती है। पृथक्करण सिद्ध नहीं होता, और कोई निर्भरता भी नहीं है। अन्यत्र यह नहीं पाया जाता, इसलिए घास आदि के समान नहीं है। यदि मनुष्य और पत्थर के उदाहरण दिए जाएँ, तब भी आपत्ति रहती है। मुख्यता का संबंध भी संभव नहीं है। अन्य अनुमान में ज्ञान की शक्ति का अभाव है; और यदि स्वीकार भी किया जाए, तब भी वस्तु का अस्तित्व नहीं है। विरोध के कारण यह असंगत है। या, जैसे बड़ा और लंबा, छोटे और छोटे के साथ, वैसे ही दोनों में कोई क्रिया नहीं होती; इसलिए उसका अभाव है। समानता के कारण संबंध की स्वीकृति में भी कोई अंतिम निष्कर्ष नहीं है। अस्तित्व नित्य है। रूप आदि के कारण विपरीत देखा जाता है। दोनों ही पक्षों में दोष है। पूर्णतः न होने के कारण पूर्ण स्वतंत्रता है। यदि संयोग दोनों से उत्पन्न हो भी जाए, तो उसकी प्राप्ति नहीं होती। यदि परस्पर कारणता के कारण उपयुक्तता मानी जाए, तो भी संयोग का अस्तित्व कारण नहीं है। जब बाद वाला उत्पन्न होता है, तो पहले वाला समाप्त हो जाता है। यदि अस्तित्व नहीं है, तो कथन बाधित होता है; अन्यथा, एकसाथता होती है। विलय की प्राप्ति, भेद के साथ और बिना भेद के, बाधित नहीं होती। दोनों ही मार्गों में दोष है। आकाश में कोई भेद नहीं है। स्मरण के कारण भी यही सिद्ध होता है। जो वस्तु नहीं है, उसका अस्तित्व नहीं है, क्योंकि वह देखा नहीं जाता। और इसी प्रकार, निष्पक्ष लोगों पर भी यही निष्कर्ष लागू होता है। इस प्रकार, शास्त्र के गहन तर्कों द्वारा आत्मा, सृष्टि और ब्रह्म के संबंध में सभी आपत्तियों का समाधान और गूढ़ अर्थ प्रस्तुत किया जाता है, जिससे जिज्ञासु को सत्य का मार्गदर्शन प्राप्त होता है।