एक समय की बात है, कुछ योगियों की तपस्या में विघ्न डालने की इच्छा से एक अद्भुत घटना घटी। एक दिव्य कन्या, जिसकी सुंदरता और गुण कमल-नयनी के समान थे, वहाँ प्रकट हुई। ब्रह्मा जी, जो स्वयं कमलासन पर विराजमान हैं, उस कन्या को देखकर उसे स्पर्श करने की इच्छा करने लगे। वे प्रजापति भाव से उसकी परिक्रमा करने लगे। किन्तु वह युवती, सब जानकर, एक पक्षी का रूप धारण कर आकाश में उड़ गई। उड़ते-उड़ते वह शॊण पर्वत पर आकर शरण लेने लगी। उसने पुकारा, "हे अरुणाद्रि के स्वामी, शरणागतों की शरण देने वाले प्रभु, मुझे रक्षा प्रदान करें।" तभी पर्वत पर स्थित लिंग से एक धनुषधारी शिकारी प्रकट हुआ। जैसे ही ब्रह्मा जी ने उस शिकारी को देखा, उनकी मोह-माया का नाश हो गया। उन्होंने शॊण पर्वत के स्वामी, शरणदाता प्रभु को साष्टांग प्रणाम किया। वे अरुणाचल स्वरूप, भक्तों द्वारा पूजित शम्भु को नमन करने लगे और बोले, "हे प्रभु, आपके अतिरिक्त और कौन ऐसा है जो देहधारी प्राणियों के लिए असंभव कार्य भी कर सके? यदि संभव हो तो, हे विश्वात्मन्, सृष्टि के लिए कोई अन्य ब्रह्मा उत्पन्न कीजिए।" तब करुणा के सागर, चन्द्रशेखर भगवान बोले, "जो प्रभु स्वयं में स्थित है, उसे रागादि दोष कैसे स्पर्श कर सकते हैं? समस्त दोषों के निवारण के लिए अग्निलिंग की उपासना करो। अरुणाचल के दर्शन से सब कुछ क्षण में नष्ट हो जाता है। यह अरुणाद्रि पुरुषों के सभी पापों का नाशक है। वास्तव में मैं स्वयं यह अरुणाद्रि हूँ, जिसे कुछ ही लोग देख पाते हैं। यहां स्नान करने और परिक्रमा करने से सारे महापाप नष्ट होते हैं और ज्ञानचक्षु की प्राप्ति होती है।" "हे ब्रह्मन्, पूर्वकाल में यहाँ स्नान करने से स्वयं ब्रह्मा जी की मोह-माया दूर हो गई थी। अब आप मौन भाव से इसकी परिक्रमा करें और समस्त संतापों से मुक्त हो जाएँ।" इन वचनों के उपरान्त उन्होंने वहाँ महेश्वर को, अरुणाचल पर्वत के रूप में स्थित देखा। यह अरुणगिरि के स्वामी, सृष्टिकर्ता, संयम और नियम से शुद्धचित्त होकर हृदय में अनुभव किए जा सकते हैं। इधर, क्षीरसागर में शेषनाग की शय्या पर भगवान विष्णु विश्राम कर रहे थे और कुछ समय तक जागे नहीं। सम्पूर्ण ब्रह्माण्ड अंधकार से आच्छादित हो गया था, सब कुछ अस्पष्ट और अनजाना-सा हो गया। देवताओं को यह स्थिति अत्यंत दुःखद प्रतीत हुई—अंधकार ने सारी सृष्टि को मोहित कर दिया था। यहाँ तक कि देवता भी उस पूर्ण प्रकाशमय पुरुष रूप को देख नहीं पा रहे थे। तब सभी देवता मन में निश्चय कर, उमा के पति, देवाधिदेव महेश्वर के पास पहुँचे। तब महेश्वर, जो स्वयं तेजस्वी हैं, प्रसन्न हुए। उनके तेज से अग्निकण और किरणें प्रकट हुईं। सभी देवताओं के आह्वान से लक्ष्मीपति विष्णु जाग उठे। उन्होंने कहा, "अत्यधिक अंधकार के कारण मैंने अनुचित समय पर विश्राम किया। अब मैं स्वयं सृष्टि के कार्यों को करने का संकल्प करता हूँ।" यह अरुणाचल-लिंग समस्त दोषों का नाश करता है और सभी मनोरथों की सिद्धि देता है। भगवान विष्णु ने अपने हृदय में सदाशिव के ज्योतिर्लिंग का ध्यान किया और ईशान, सृष्टिकर्ता, पापनाशक की स्तुति की। महेश्वर ने कृपादृष्टि से उन्हें उठने को कहा और विष्णु ने तीनों लोकों के स्वामी, त्रिगुणस्वरूप प्रभु को प्रणाम किया। अंत में उन्होंने कहा, "आप ही अपने अंशों से देवताओं के रूप में प्रकट होकर समस्त लोकों के स्वामी हैं।" इस प्रकार यह दिव्य कथा प्रकट होती है, जिसमें अरुणाचल महात्म्य, भगवान के अद्भुत लीलाओं और उपदेशों का विस्तार से वर्णन हुआ है।