ശിവപുരാണത്തിൽ വിവരിക്കുന്നതുപോലെ, ശിവലിംഗത്തിന്റെ പൂജാ ക്രമം വളരെ വിശുദ്ധവും പ്രത്യേകം നിർദേശിച്ചിരിക്കുന്നതുമാണ്. ഒരു നദീതീരത്ത്, ഒരു കുളത്തിൽ, ഒരു മലയിൽ, ഒരു കാടിൽ, അല്ലെങ്കിൽ ശിവക്ഷേത്രത്തിൽ, ശുദ്ധമായ സ്ഥലങ്ങളിൽ, മണ്ണിൽ നിന്നുള്ള ശിവലിംഗത്തിന്റെ പൂജയാണ് നിർദേശിച്ചിരിക്കുന്നത്. ശുദ്ധമായ സ്ഥലത്ത് നിന്ന് മണ്ണ് സൂക്ഷ്മമായി ശേഖരിച്ച്, ദ്വിജന്മാർ അതീവ ശ്രദ്ധയോടെ ശിവലിംഗം നിർമ്മിക്കണം. ബ്രാഹ്മണർക്ക് വെള്ള, ക്ഷത്രിയർക്ക് ചുവപ്പ്, വൈശ്യര്ക്ക് കൈകൾക്ക് മഞ്ഞ, ശൂദ്രർക്ക് കാലുകൾക്ക് കറുപ്പ്, അല്ലെങ്കിൽ ലഭ്യമായ നിറം ഉപയോഗിച്ച് ലിംഗം നിർമ്മിക്കാം. മണ്ണ് ശേഖരിച്ച് അതിനെ വളരെ വിശുദ്ധമായ സ്ഥലത്ത് വയ്ക്കണം. ശുദ്ധീകരിച്ച മണ്ണ് സൗമ്യമായി ഒട്ടിച്ചു, വേദപഥം അനുസരിച്ച് ശിവലിംഗം രൂപപ്പെടുത്തണം. ശിവലിംഗം ഒരുക്കിയ ശേഷം, ഭക്തിയോടെ, ഭോഗവും മോക്ഷവും ലഭിക്കാനായി അതിനെ പൂജിക്കണം. അതിന്റെ പൂജാവിധി ഇങ്ങനെയാണ്: 'ശിവായ നമഃ' എന്ന മന്ത്രത്തോടെ പൂജാസാമഗ്രികൾ ഛിത്രികണം; 'ഭൂമിഃ ആസീത' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് സ്ഥലത്തിന്റെ വിശുദ്ധത സ്ഥാപിക്കണം. 'ത്വം വാരീ' എന്ന മന്ത്രം കൊണ്ട് ജലശുദ്ധി നടത്തണം; 'നമഃ രുദ്രായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ക്രിസ്റ്റൽ ബന്ധനം നിർദേശിച്ചിരിക്കുന്നു. 'ശംഭവേ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് സ്ഥലം ശുദ്ധീകരിക്കണം; മുൻപ് പറഞ്ഞ നമസ്കാരമന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് അഞ്ചു അമൃതങ്ങൾ ചിതറിക്കണം. 'നീലകണ്ഠായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച്, മുൻ നമസ്കാരമന്ത്രം ചേർത്ത്, ശങ്കരലിംഗം ഭക്തിയോടെ സ്ഥാപിക്കണം. പിന്നീട്, 'തസ്മൈ രുദ്രായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് മനോഹരമായ ആസനം നൽകണം, വേദാനുസരണത്തോടൊപ്പം. 'ത്വം മഹത്വേന' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ആവാഹനം ചെയ്യണം; 'ഹേ രുദ്ര, ആഗച്ഛ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ആസനം നൽകണം. 'അഹം ശരേന' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ശിവനു ന്യാസം ചെയ്യണം; 'സ പ്രാവദ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് സ്നേഹത്തോടെ പ്രതിഷ്ഠ ചെയ്യണം. 'പ്രാണേന' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ദേവതകളുടെ പ്രതിഷ്ഠ, 'യഃ ചലതി' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് വിഘ്നനിർമ്മാർജനം നടത്തണം. രുദ്രഗായത്രി മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് അർഘ്യവും, 'ത്രയമ്പക' മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ആചമനം ചെയ്യണം. 'ക്ഷീരം ഭൂമിഃ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് പാൽസ്നാനവും, 'ദധിക്രാവൺ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് തൈര്സ്നാനവും നടത്തണം. തേനും പഞ്ചസാരയും ചേർത്ത് സ്നാനം ചെയ്യണം; ഇതാണ് പഞ്ചാമൃതം. അല്ലെങ്കിൽ, പാദ്യമന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് പഞ്ചാമൃതസ്നാനം ചെയ്യാം. 'മനഃ ബാലേ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് കച്ച കെട്ടണം; അല്ലെങ്കിൽ, 'വീരായ നമഃ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ഉപ്പരിപുടവിടണം. 'തവായുധം' എന്ന മന്ത്രം സ്നേഹത്തോടെ ചൊല്ലി, നാലു ഋക്സ് ചേർത്ത്, വേദാനുസരണമായി ശിവനു വസ്ത്രം അർപ്പിക്കണം. 'ശ്വാനേഭ്യോ നമഃ' എന്ന മന്ത്രം സ്നേഹത്തോടെ ചൊല്ലി, സുഗന്ധം അർപ്പിക്കണം. 'പാര്യായ നമഃ' അല്ലെങ്കിൽ പൂമന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് പൂക്കൾ അർപ്പിക്കണം; 'പർണ്യായ നമഃ' അല്ലെങ്കിൽ, ബില്വപത്രം അർപ്പിക്കണം. 'കപർദിനേ നമഃ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ധൂപം അർപ്പിക്കണം; 'ആശവായ നമഃ' എന്ന ഋക് ചൊല്ലി ദീപം അർപ്പിക്കണം. 'നമോ ജ്യേഷ്ഠായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ഉത്തമഭക്ഷണങ്ങൾ അർപ്പിക്കണം; 'ത്രയമ്പക' മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് വീണ്ടും ആചമനം ചെയ്യണം. 'ഇമാ രുദ്രായ' എന്ന വാക്യത്തോടെ ഫലം അർപ്പിക്കണം; 'നമോ വ്രജ്യായ' എന്ന വാക്യത്തോടെ എല്ലാ സമ്പത്ത് ശംഭുവിന് സമർപ്പിക്കണം. 'മനോ മഹാന്തം' 'മാനസ്തോക്കെ' എന്നീ രണ്ട് മന്ത്രങ്ങളും പതിനൊന്ന് അക്ഷരങ്ങളും ചേർത്ത് രുദ്രന്മാരെ പൂജിക്കണം. 'ഹിരണ്യഗർഭ' എന്ന വാക്യത്തിൽ തുടങ്ങുന്ന മൂന്ന് വാക്യങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ദക്ഷിണ അർപ്പിക്കണം; 'ദേവസ്യത്വേ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് അഭിഷേകം നടത്തണം. ശംഭുവിന് ദീപമന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് നിരാജനം ചെയ്യണം; ഭക്തിയോടെ, 'ഇമാ രുദ്രായ' എന്ന മൂന്ന് വാക്യങ്ങൾ ചേർത്ത് പൂക്കൾ അർപ്പിക്കണം. 'മനോ മഹാന്തം' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് പ്രദക്ഷിണം ചെയ്യണം; 'മാനസ്തോക്കെ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് സമ്പൂർണ നമസ്കാരം നടത്തണം. 'യതോയത' എന്ന മന്ത്രം നിർഭയതയുടെ മുദ്രയും, 'ത്രയമ്പക' എന്നത് ജ്ഞാനമുദ്രയും സൂചിപ്പിക്കുന്നു. 'നമഃ സെനേതി' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് മഹാമുദ്ര കാണിക്കണം; പശുമുദ്രയും, 'നമോ ഗേ' എന്ന വാക്യത്തോടെ മുദ്രയും കാണിക്കണം. അഞ്ചു മുദ്രകൾ കാണിച്ച ശേഷം, ശിവമന്ത്രം ജപിക്കണം; വേദജ്ഞൻ ശതരുദ്രീയം ജപിക്കണം. പിന്നീട്, വേദജ്ഞൻ അഞ്ചു അംഗങ്ങളുടെ ജപം ചെയ്യണം; 'ദേവാഗാത്' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ശംഭുവിന്റെ ഉന്മാര്ജനം നടത്തണം. ഇങ്ങനെ, ശിവപൂജയുടെ വേദാനുസരണമായ ക്രമം വ്യാസൻ വിശദമായി വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു. അതിന്റെ സംഗ്രഹം ഇങ്ങനെ: 'സദ്യോജാത' എന്ന വാക്യത്തോടെ മണ്ണ് എടുക്കണം; 'വാമദേവായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് വെള്ളം ഛിത്രികണം. 'അഘോരേണ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ലിംഗം നിർമ്മിക്കണം; 'തത്പുരുഷായ' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ആവാഹനം ചെയ്യണം. 'ഈശാന' എന്ന മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച് ഹരനെ ആൽത്താറിൽ ചേർക്കണം; മറ്റു ക്രമങ്ങൾ ചുരുക്കത്തിൽ നിർവഹിക്കണം. ഗുരുവിൽ നിന്ന് ലഭിച്ച പഞ്ചാക്ഷരമന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച്, നിർദേശിച്ച രീതിയിൽ പതിനാറു ഉപചാരങ്ങൾ അർപ്പിച്ച് പൂജ നടത്തണം. ഭവ, സൃഷ്ടിയുടെ നാശകർത്താവായ മഹാദേവൻ, ഉഗ്രതയുടെ നാശകർത്താവും, ശർവൻ, ചന്ദ്രമуді—ഇവരെ ധ്യാനിക്കണം. ഈ മന്ത്രം ഉപയോഗിച്ച്, അല്ലെങ്കിൽ മറ്റെന്തെങ്കിലും, ശംകരനെ ഭക്തിയോടെ, പാപങ്ങൾ ഉപേക്ഷിച്ച്, ശുദ്ധമായ ഭക്തിയോടെ പൂജിക്കണം; ശിവൻ ഭക്തിയിലൂടെ മാത്രം ഫലം നൽകുന്നു. ഇങ്ങനെ, വേദാനുസരണമായ പൂജാക്രമം വിശദീകരിച്ചു; ഇപ്പോൾ, ദ്വിജന്മാർക്കായി പൊതുവായ പൂജാവിധിയും വിശദമായി പറഞ്ഞിരിക്കുന്നു.