एक समर्पित साधक, अपनी साधना के आरंभ में, सर्वप्रथम अपने शरीर पर मंत्रों द्वारा न्यास आदि कर, अस्तित्व और अनस्तित्व से परे, उस साक्षात शिव का ध्यान करता है, जो देहधारी होते हुए भी सर्वातीत हैं। इस प्रकार अंतर्यामी शिव का ध्यान कर लेने के बाद, साधक अपने मन से बाह्य पूजन का आरंभ करता है। फिर, अपने नाभि प्रदेश में, वह अग्नि, समिधा, घृत आदि से युक्त मानसिक होम का साक्षात्कार करता है। इसके पश्चात साधक अपनी भृकुटि के मध्य उस शिव का ध्यान करता है, जो शुद्ध दीपशिखा के समान प्रकाशित हैं—यह ध्यान शरीर के भीतर अथवा बाहर, शुभ संकल्प या योग में किया जा सकता है। जब अग्निहोत्र का समापन होता है, तब भी वही नियम सभी स्थानों पर लागू होते हैं। संपूर्ण मानसिक पूजा के क्रम की पूर्णता के बाद, साधक शिवलिंग, वेदी या अग्नि में भी प्रभु शिव की पूजा करता है। पूजन स्थल को शुद्ध करने के लिए, वह मूल मंत्र के द्वारा उस स्थान पर छिड़काव करता है, और चंदन-सुगंधित जल से वहाँ पुष्प अर्पित करता है। फिर, दिव्य शस्त्र से विघ्नों को दूर कर, कवच से सब ओर आच्छादित करता है; तत्पश्चात, सभी दिशाओं में शस्त्र का संकल्प कर, पूजन स्थल को सिद्ध करता है। वहाँ कुशा घास बिछाकर, छिड़काव एवं अन्य विधियों से स्थल की शुद्धि करता है और सभी पात्रों तथा सामग्रियों को भी शुद्ध करता है। अब वह छिड़काव पात्र, पाद्य पात्र, आचमनी पात्र—इन चारों को यथोचित स्थान पर व्यवस्थित करता है। स्नान, छिड़काव और निरीक्षण के बाद, उन पात्रों में शुभ जल डालता है और जो भी पूजन सामग्री उपलब्ध हो, उन्हें यथास्थान रखता है। रत्न, चाँदी, स्वर्ण, सुगंधित द्रव्य, पुष्प, अक्षत, फल, अंकुर और कुशा के तिनके—इन सबको पवित्र सामग्री के रूप में सजाता है। स्नान के जल और विशेषतः पीने के जल में शीतल, मनोहर वस्तुएँ जैसे पुष्प आदि डालता है। पाद्य के जल में वेटिवर, चंदन, चमेली, कोला, कपूर, बहुमूल और तमाल आदि मिलाता है। आचमनी पात्र में, विशेष रूप से पीसकर, इलायची, कपूर और चंदन सभी पात्रों में डालता है। अर्घ्य पात्र में कुशा, अक्षत, जौ, तिल, घृत, सरसों, पुष्प और भस्म रखता है। छिड़काव पात्र में कुशा के फूल, जौ, बहुमूल, तमाल और भस्म यथाक्रम रखता है। हर स्थान पर मंत्र का संकल्प कर, उसे बाहर से कवच से सुरक्षित करता है, फिर शस्त्र से रक्षा करता है और गोमुद्रा का प्रदर्शन करता है। पूजन की समस्त सामग्री को छिड़काव पात्र के जल से छिड़ककर, मूल मंत्र से शुद्ध करता है और विधिपूर्वक संस्कार करता है। यदि केवल एक ही छिड़काव पात्र उपलब्ध हो, तो श्रेष्ठ साधक उसी से सभी कार्यों हेतु अर्घ्य जल तैयार कर लेता है। इसके बाद, प्रवेश द्वार के दक्षिण भाग में, विधिपूर्वक विनायक की पूजा करता है—उन्हें भोजन एवं नैवेद्य अर्पित करता है। फिर, गर्भगृह के अधिपति नंदी का पूजन करता है, जो समस्त आभूषणों से अलंकृत, सुवर्ण पर्वत के समान दीप्तिमान, सौम्य, चंद्रशेखर, त्रिनेत्रधारी, चार भुजाओं वाले, तेजस्वी त्रिशूल, मृग, तीक्ष्ण दंड धारण किए हुए स्वामी हैं। उनका मुख चंद्रमंडल या हरि के मुख के समान है। प्रवेश द्वार के उत्तर भाग में उनकी पत्नी, पवनकन्या का पूजन करता है। माता सुयशा का पूजन करता है, जो पुण्यवती, व्रतशील, चरणों की सेवा में तत्पर हैं। तब साधक परमेश्वर के गर्भगृह में प्रवेश करता है। वहाँ, उन पवित्र सामग्रियों से लिंग की पूजा कर, प्रयुक्त नैवेद्य हटा देता है, लिंग को धोता है और उसके शिखर पर पुष्प रखकर उसकी शुद्धि करता है। फूल हाथ में लेकर, मंत्र की शुद्धि के लिए सामर्थ्यपूर्ण उच्चारण करता है; उत्तर-पूर्व दिशा में चंड का पूजन करता है और प्रयुक्त नैवेद्य हटवा देता है। इसके बाद, आसन की व्यवस्था करता है और विधिपूर्वक आधार आदि का संकल्प करता है। पृथ्वी के नीचे शुभ, श्यामवर्णी आधारशक्ति का ध्यान करता है। उनके सामने, अंतहीन, श्वेत, पाँच फनों वाली, आकाश को चाटती हुई कुण्डलिनी का ध्यान करता है। उसके ऊपर, शुभ, चार पायों वाले, चौकी सदृश आसन का ध्यान करता है, जिसके चार आधार धर्म, ज्ञान, वैराग्य और ऐश्वर्य हैं। ये आधार क्रमशः श्वेत, लाल, पीले और श्याम वर्ण के हैं, जो दक्षिण-पूर्व से दिशाओं के अनुसार स्थित हैं; अधर्म आदि पूर्व से उत्तर तक क्रमशः स्थित होते हैं। उन आधारों के अंग राजमणि के सदृश हैं; उनके ऊपर शुद्ध श्वेत कमलासन का विस्तार है। कहा गया है कि उसमें आठ पंखुड़ियाँ हैं, जो अणिमा आदि आठ सिद्धियाँ हैं; बाएँ से आरंभ कर उनके रजकण रुद्र और वामशक्तियाँ हैं। बीज भी वही शक्तियाँ हैं, अंत तक उन्मनी तक; भीतर का गर्भगृह परम वैराग्य है, डंडी ज्ञान है, जो शिवस्वरूप है। कंद, जिसकी प्रकृति शिव और धर्म है, वह गर्भगृह के अंत में तीन वृत्तों में स्थित है; उन तीनों के ऊपर आत्मा आदि तीन तत्त्वों का आसन है। इन सब आसनों के ऊपर, विविध वस्त्रों से सुसज्जित, दिव्य, शुद्ध ज्ञानमय, सुखदायक आसन की व्यवस्था करता है। फिर, आह्वान, प्रतिष्ठा, आवरण, निरीक्षण और नमस्कार करता है, तथा पृथक-पृथक मुद्राओं का प्रदर्शन करता है। इसके बाद, पाद्य, आचमनी, अर्घ्य, गंध, पुष्प, धूप, दीप, तांबूल आदि अर्पित करता है और अंत में शिव को शय्या पर विश्राम देता है। या, इस प्रकार आसन और मूर्ति की व्यवस्था कर, उसे मूल मंत्र तथा अन्य ब्रह्मा मंत्रों से पूर्ण कर, साधक शिव का आह्वान करता है—उन भगवंत का, जो परम कारण, देवीसहित, अचल, अविनाशी, शुद्ध स्फटिक के समान दीप्तिमान हैं। वे ही समस्त लोकों के कारण, समस्त लोकों के सार, परम शिव हैं।