एक बार, जब साधक ने संक्षिप्त विधि से अपने शरीर और आत्मा की शुद्धि कर ली, और शिवतत्त्व की अवस्था को प्राप्त कर लिया, तब उसे चाहिए कि वह परमेश्वर शिव की पूजा करे। कभी-कभी समय की कमी हो, या मन अशांत हो, तो भी उसे विधानानुसार विस्तार से न्यास की प्रक्रिया करनी चाहिए। इस विधि में सबसे पहले अक्षरों का न्यास किया जाता है, फिर ब्रह्म का, उसके बाद प्रणव (ॐ) का, और फिर हंस बीज का न्यास किया जाता है। पाँचवाँ न्यास, जिसे विद्वानों ने बताया है, पंचाक्षरी मंत्र का न्यास है। इनमें से कोई एक या अनेक न्यास पूजा आदि में किए जा सकते हैं। अब अक्षरों के न्यास की विधि इस प्रकार है—‘अ’ का न्यास सिर पर, ‘आ’ का ललाट पर, ‘इ’ और ‘ई’ दोनों नेत्रों पर, ‘उ’ और ‘ऊ’ दोनों कानों पर, ‘ऋ’ और ‘ॠ’ दोनों गालों पर, ‘ऌ’ और ‘ॡ’ दोनों नासिकाओं पर, ‘ए’ और ‘ऐ’ दोनों ओष्ठों पर, ‘ओ’ और ‘औ’ दोनों दंतपंक्तियों पर किया जाता है। ‘अं’ जिह्वा पर और फिर तालु पर न्यस्त किया जाता है। ‘क’ वर्ग के अक्षर दाहिने हाथ के पाँच संधियों पर, ‘च’ वर्ग के अक्षर बाएँ हाथ के संधियों पर, ‘ट’ और ‘त’ वर्ग के अक्षर दोनों पैरों के संधियों पर स्थापित होते हैं। ‘प’ और ‘फ’ शरीर के दोनों पार्श्वों और पीठ पर, ‘ब’ और ‘भ’ नाभि पर, ‘म’ हृदय पर और इसी प्रकार क्रमशः त्वचा और अन्य स्थानों पर अक्षरों का न्यास होता है। ‘य’ से ‘स’ तक के अक्षर शरीर की सात धातुओं में स्थापित किए जाते हैं; ‘हं’ हृदय में, और ‘क्ष’ भ्रूमध्य में न्यस्त होता है। इस प्रकार पचास रुद्रों के पथ के अनुसार अक्षरों का न्यास पूर्ण कर, साधक को चाहिए कि पाँच ब्रह्मों का न्यास अंग, मुख और उनके विभागों में करे। हाथ आदि अंगों में ब्रह्म न्यास के बाद, उन्हें सिर, मुख, हृदय, गुप्तांग और पैरों में स्थापित करना चाहिए। इसके बाद, ऊपर की ओर मुख वाले और पश्चिमाभिमुख मुखों को क्रमशः स्थापित करें; ईशान की पाँच शक्तियों को पाँच श्वेत प्रदेशों में स्थापित करें। फिर, चार दिशाओं में, चार पुरुष शक्तियों का न्यास करें। हृदय, कंठ, दोनों कंधे, नाभि, पेट, पीठ, वक्ष, पैर और हाथ—इन आठ स्थानों में अघोर की आठ शक्तियों का न्यास करें। फिर, दोनों पार्श्व, गुदा, जननेंद्रिय, घुटने, पिंडली, कटी, कटि प्रदेश—इन दस स्थानों में वामदेव की शक्तियों का ध्यान करें। नासिका, शिर, भुजाओं आदि में भी शक्तियों का न्यास करना चाहिए। इस प्रकार, जानने वाला साधक अड़तीस शक्तियों का क्रम से न्यास करता है। इसके पश्चात, प्रणव न्यास की विधि जानने वाला साधक दोनों भुजाओं, कोहनियों और कलाई में प्रणव न्यास करता है। पार्श्व, पेट, जंघा, पिंडली, पैरों के पिछले भाग में भी प्रणव का न्यास करता है। तत्पश्चात, शास्त्रानुसार हंस बीज का न्यास दोनों नेत्रों और नासिकाओं में करता है, फिर भुजाओं, नेत्रों, मुख, ललाट, नासिका, कांख, कंधे, पार्श्व और वक्ष पर भी हंस बीज का विभाजन करता है। कटी, हाथ और टखनों में, या पाँच अंगों की विधि से, हंस न्यास कर लेने के बाद पंचाक्षरी मंत्र का न्यास करना चाहिए। इन सब न्यासों की विधि से, जिससे शिवत्व की प्राप्ति होती है, वही शिव की साधना या पूजा करे। जो शिव नहीं है, वह शिव का ध्यान या पूजा न करे, क्योंकि वह शिवत्व को प्राप्त नहीं कर सकता। इसलिए, साधक को चाहिए कि शैव शरीर धारण कर, बंधन की भावना को त्याग दे, और 'मैं शिव हूँ' का चिंतन करते हुए शैव कर्म करे। फिर उसे पाँच यज्ञ करने चाहिए—कर्मयज्ञ, तपयज्ञ, जपयज्ञ, ध्यानयज्ञ और ज्ञानयज्ञ। कुछ साधक कर्मयज्ञ में, कुछ तपयज्ञ में, कुछ जपयज्ञ में, कुछ ध्यानयज्ञ में और कुछ ज्ञानयज्ञ में प्रवृत्त रहते हैं। इन यज्ञों में, ज्ञानयज्ञ सबसे श्रेष्ठ है; क्रम के अनुसार इनका फल भी श्रेष्ठ होता जाता है। यज्ञ भी दो प्रकार के होते हैं—इच्छा से और अनिच्छा से। इच्छुक साधक इच्छाओं का भोग कर पुनः उनमें आसक्त हो जाता है, और अनिच्छुक साधक रुद्र के लोक में सुख भोगकर वहाँ से आगे चला जाता है। तपयज्ञ में प्रवृत्त साधक फिर से जन्म लेता है, इसमें कोई संशय नहीं। तपस्वी वहाँ पुनः सुख भोगकर आगे बढ़ जाता है। जप और ध्यान में प्रवृत्त साधक पृथ्वी पर मनुष्य जन्म पाता है; जप और ध्यान में प्रवृत्त मनुष्य, उस भेद के कारण, यहाँ जन्म लेता है। ज्ञान प्राप्त कर वह शीघ्र शिव के साथ एकत्व को प्राप्त करता है। इसलिए, कर्मयज्ञ भी केवल उन मुक्त पुरुषों के लिए है जिन्हें शिव ने आदेश दिया है। यदि वह कामना रहित किया जाए तो मोक्ष देता है; यदि कामना सहित किया जाए तो बंधन ही देता है। इसलिए पाँच यज्ञों में साधक को ध्यान और ज्ञान में विशेष निष्ठा रखनी चाहिए। ध्यान और ज्ञान दोनों से साधक संसार-सागर को पार कर जाता है, और हिंसा आदि दोषों से रहित, शुद्धचित्त होकर साधना करता है। इन यज्ञों में ध्यानयज्ञ सर्वोत्तम है, जो मोक्ष फल देता है; जैसे बाह्य कर्मों में लगे व्यक्ति सीमित फल ही पाते हैं। जैसे राजा के महल में श्रेष्ठता होती है, वैसे ही यहां भी कर्म में लगे साधकों के बीच ध्यान करने वालों का स्वरूप सूक्ष्म और दिव्य होता है, जो प्रत्यक्ष अनुभव किया जाता है। बाह्य कर्मों के स्थूल रूप मिट्टी, लकड़ी आदि से बने होते हैं, लेकिन ध्यानयज्ञ में लगे साधक पत्थर या मिट्टी से बने देवताओं से भी श्रेष्ठ होते हैं। जो शिव के वास्तविक स्वरूप को नहीं जानते, वे परम लक्ष्य को प्राप्त नहीं करते; जो आत्मस्थ शिव को छोड़कर बाहर पूजा करता है, वह जैसे हाथ में रखे फल को छोड़कर अपनी कोहनी चाटने का प्रयत्न करता है—अर्थात व्यर्थ प्रयास करता है। ज्ञान से ध्यान उत्पन्न होता है, और ध्यान से पुनः ज्ञान की वृद्धि होती है। दोनों के संयोग से मोक्ष की प्राप्ति होती है। इसलिए साधक को ध्यान में ही निष्ठा रखनी चाहिए—बारा अंगुल ऊपर, सिर के शिखर पर, ललाट पर, या भ्रूमध्य में, या नासिका के अग्रभाग पर, मुख, ग्रीवा, हृदय या नाभि में—इन शाश्वत स्थानों पर, श्रद्धा से भरे हुए चित्त से ध्यान करना चाहिए।