शिष्य जब मंडल को देखता है, वह पुनः भगवान शिव को हाथ जोड़कर प्रणाम करता है। फिर शिवाचार्य, जो मंडल के दक्षिण भाग में बैठा है, शिष्य को अपने बाएँ तरफ कुशासन पर बैठाता है। महादेव की पूजा करके, वह शिवमुद्रा स्थापित करता है। अपनी हथेली में शिव का तेज भरकर, शिवमंत्र का जप करता है और शिवभक्ति से पूर्ण होकर, अपनी हथेली शिष्य के सिर पर रखता है। गुरु पूरे शरीर पर भी उसी प्रकार हस्तमुद्रा करता है; तब शिष्य भूमि पर दंडवत प्रणाम करता है, गुरु को भगवान रूप में मानकर। इसके बाद, गुरु शिवाग्नि में भगवान की विधिवत पूजा करता है, तीन बार आहुति देकर शिष्य को फिर से पूर्ववत बैठाता है और आगे बढ़ता है। कुश की नोक से शिष्य को स्पर्श करके, गुरु ज्ञान के द्वारा शिष्य में प्रवेश करता है; महादेव को प्रणाम करके, वह नाड़ियों का संयोग करता है। शिवशास्त्रों में बताए गए विधि के अनुसार, गुरु श्वास को बाहर निकालकर शिष्य के शरीर में प्रवेश करता है और स्मरण के द्वारा मंत्रों को संतुष्ट करता है। मूलमंत्र की संतुष्टि के लिए दस आहुति देता है, और अंगों के लिए तीन-तीन आहुति, प्रत्येक के अपने-अपने मंत्रों के अनुसार। फिर, प्रायश्चित की पूर्ण आहुति देकर, गुरु जो मंत्रों का ज्ञाता है, मूलमंत्र से फिर दस आहुति देता है। इसके बाद, देवों के देव की पूजा करके और शुद्धि की विधि पूरी करके, गुरु नियम अनुसार आहुति देता है और वैश्य को उसकी जाति में स्थापित करता है। इसी प्रकार क्षत्रियत्व उत्पन्न करता है, और फिर उसी विधि से ब्राह्मणत्व भी उत्पन्न करता है। राजन्य को ब्राह्मण बना देने के बाद, गुरु दोनों में रुद्रत्व उत्पन्न करता है; ब्राह्मण में रुद्र का नाम स्थापित करता है। इसके बाद, शिष्य पर जल छिड़ककर और स्पर्श करके, गुरु अपने भीतर स्मरण करता है कि उसका स्वरूप शिव के समान है, जो चिंगारी की तरह चमकता है। विधि अनुसार, गुरु श्वास को नाड़ी से बाहर निकालकर उसी नाड़ी से शिष्य के हृदय में प्रवेश करता है। वहाँ प्रवेश कर, वह शिष्य की चेतना का ध्यान करता है, उसे नीले बिंदु के समान चमकदार और अपनी तेज से शुद्ध मानता है। उस चेतना को उसी नाड़ी से लेकर, गुरु संहारमुद्रा करता है; उसे श्वास के साथ स्थापित नहीं करता, बल्कि अपनी आत्मा के साथ एकीकरण के लिए रखता है। फिर, नाड़ी में श्वास को रोककर और पुनः बाहर निकालकर, उसे शिष्य के हृदय में स्थापित करता है। शिव से प्राप्त करके, गुरु शिष्य को यज्ञोपवीत देता है और तीन आहुति देकर पूर्ण आहुति देता है। शिष्य को दक्षिण में, देवता के पास उत्तम आसन पर बैठाता है, वह आसन कुश और फूलों से ढका होता है, शिष्य हाथ जोड़कर उत्तर की ओर मुख करके बैठता है। गुरु स्वयं पूर्वमुखी उत्तम आसन पर बैठता है, स्वस्तिक मुद्रा में, और शुभ ध्वनि के साथ मंत्रों का उच्चारण करता है। शुद्ध और भरे हुए कलश को लेकर, शिव का ध्यान करते हुए, गुरु शिष्य का अभिषेक करता है। इसके बाद, स्नान करके, श्वेत वस्त्र पहनकर, शिष्य शुद्धि करता है और स्वयं को सजाता है, हाथ जोड़कर मंडप में प्रवेश करता है। फिर, गुरु शिष्य को कुशासन पर बैठाता है, देवता की मंडल में पूजा करता है और हाथों से विधि अनुसार मुद्राएँ करता है। गुरु देवता का ध्यान करते हुए, मन में भस्म का ध्यान करता है, शिष्य को हाथ से छूता है और 'शिव' उच्चारित करता है। फिर शिवाचार्य भस्मारोपण, स्नान आदि विधियाँ करता है और मातृका न्यास के मार्ग से पूर्ण अनुष्ठान करता है। शिव के आसन का ध्यान कर, गुरु शिष्य के सिर पर शिव का आवाहन करता है और वहाँ मन से विधिवत पूजा करता है। हाथ जोड़कर, गुरु देवता से प्रार्थना करता है—'आप यहाँ सदा स्थित रहें'—और इस प्रकार निवेदन कर, शंभु का तेज स्मरण करता है। शिव की पूजा करके और शैव आज्ञा प्राप्त करके, गुरु धीरे-धीरे शिवमंत्र शिष्य के कान में उच्चारित करता है। शिष्य, हाथ जोड़कर, मंत्र सुनता है और मन को उसमें लगाकर, शिवाचार्य के निर्देश अनुसार धीरे-धीरे उसका जप करता है। मंत्रों का विशेषज्ञ गुरु, शिष्य को शक्तिमंत्र की शिक्षा देकर, उसका उच्चारण करता है और उसे कल्याण का आशीर्वाद देता है। फिर, गुरु मंत्रों के अर्थों को अभिव्यक्ति और व्यक्त के संबंध से विचार करता है, भगवान का स्वरूप बताता है और ध्यान के लिए आसन का निर्देश देता है। इसके पश्चात, गुरु की आज्ञा से, शिष्य शिव, अग्नि और गुरु के सामने, मन में निश्चय करके, दीक्षा के शब्द श्रद्धा से उच्चारित करता है। शिष्य को बताया जाता है कि त्रिनेत्र भगवान की पूजा किए बिना किसी वस्तु का सेवन करना, जीवन त्यागने या सिर कटवाने से भी अधिक त्याग योग्य है। जब तक भ्रम और दोष हैं, शिष्य को अनुशासन के साथ देना चाहिए; तब तक, वह देवता की पूजा में दृढ़ और समर्पित रहकर साधना करता है। इसके बाद, शिव आश्रम में उसे 'समय' अवस्था कहा जाता है; अधिकार प्राप्त करके, वह गुरु की आज्ञा में रहता है और उसके मार्गदर्शन में रहता है। फिर, गुरु अपनी हथेली से भस्म लेकर, शिष्य को देता है, साथ ही मंत्र से अभिमंत्रित रुद्राक्ष भी देता है। यदि संभव हो, देवता की प्रतिमा या छुपा हुआ शरीर, और पूजा, अर्पण, जप, ध्यान के साधन भी देता है। शिष्य, शिवाचार्य से ये सब श्रद्धा से ग्रहण करता है, गुरु की आज्ञा से ही स्वीकार करता है, अन्यथा नहीं। सब कुछ गुरु से प्राप्त करके, शिष्य उसे सिर पर श्रद्धा से रखता है, उसकी रक्षा करता है और शंभु की पूजा मठ में या घर पर करता है। अंत में, गुरु शिष्य को उसकी श्रद्धा, विश्वास और समझ के अनुसार शिवाचार्य का आचार सिखाता है।