जब शुभ दिन निश्चित हो जाता है, तब आचार्य पुनः शंकर भगवान की विधिपूर्वक पूजा करते हैं और अपने शिष्यों के कल्याण के लिए प्रभु से प्रार्थना करते हैं। वे विनम्र भाव से कहते हैं, “देवों के देव महादेव! आप कृपा करके मेरे शरीर में प्रवेश करें। हे विश्वनाथ, करुणा के सागर, अपनी दया से मेरे शिष्य को मुक्त करें।” इसके बाद, जब आचार्य को अनुमति मिलती है, तो वे उपवास किए हुए या यज्ञीय आहार ग्रहण कर रहे शिष्य को बुलाते हैं। वह शिष्य जो संयमित है, एक बार भोजन करता है, स्नान और प्रातःकालीन कृत्य संपन्न करता है, प्रणव का जप करता है, भगवान का ध्यान करता है और सभी शुभ विधियाँ पूरी कर चुका है—उसे आचार्य उत्तराभिमुख करके कुशासन पर बिठाते हैं, जो मंडल के पश्चिम या दक्षिण द्वार के सामने होता है। आचार्य स्वयं पूर्वाभिमुख होकर, शरीर को सीधा रखते हुए, दोनों हाथ जोड़कर श्रद्धापूर्वक खड़े होते हैं और अस्त्र-मुद्रा द्वारा पवित्र जल से शिष्य के सिर का अभिषेक करते हैं। फिर पुष्प से स्पर्श कर, नये और संस्कारित वस्त्र के आधे भाग से शिष्य की आंखों को बांधते हैं। इसके बाद आचार्य शिष्य का हाथ पकड़कर उसे मंडल के द्वार से भीतर ले जाते हैं। शिष्य, आचार्य के निर्देशानुसार, भगवान शंभु की तीन बार प्रदक्षिणा करता है। फिर शिष्य भगवान को स्वर्ण सहित पुष्प अर्पित करता है और पूर्व या उत्तर दिशा की ओर मुख करके भूमि पर पूर्ण दंडवत प्रणाम करता है। इसके पश्चात, आचार्य फिर से मूलमंत्र और अस्त्र-मुद्रा द्वारा शिष्य के सिर पर जल छिड़कते हैं, पुष्प से स्पर्श करते हैं और आंखों की पट्टी खोल देते हैं। जब शिष्य मंडल को देखता है, तो वह पुनः हाथ जोड़कर भगवान को प्रणाम करता है। अब शिवाचार्य मंडल के दक्षिण भाग में आसन ग्रहण करते हैं और शिष्य को अपने बाईं ओर कुशासन पर बिठाते हैं। वे महादेव का पूजन कर शिव-मुद्रा धारण करते हैं। अपने हाथ में शिव का तेज भरकर, शिवमंत्र का जप करते हुए, गहरी भक्ति से शिष्य के सिर पर हाथ रखते हैं। फिर आचार्य सम्पूर्ण शरीर के स्पर्श की मुद्रा करते हैं और शिष्य, जो अब आचार्य में ही भगवान का स्वरूप देखता है, भूमि पर दंडवत प्रणाम करता है। इसके बाद, आचार्य विधिपूर्वक शिवाग्नि में भगवान का पूजन करते हैं और शिष्य को पहले की भांति तीन बार आहुति देकर आसन पर बिठाते हैं। वे कुश के अग्रभाग से शिष्य का स्पर्श करते हैं और ज्ञान के द्वारा शिष्य में प्रवेश करते हैं। महादेव को प्रणाम कर नाड़ियों का संयोग करते हैं। शिवशास्त्रों में बताए गए विधि के अनुसार, श्वास का त्याग कर उस मार्ग से शिष्य के शरीर में प्रवेश करते हैं और फिर स्मरण द्वारा मंत्रों की तृप्ति करते हैं। मूलमंत्र की तृप्ति के लिए दस आहुति देते हैं, अंगों के लिए तीन-तीन आहुति क्रम से संबंधित मंत्रों के साथ देते हैं। फिर प्रायश्चित्त के लिए पूर्ण आहुति देकर, जानकार आचार्य पुनः दस आहुति मूलमंत्र से देते हैं। फिर, देवाधिदेव का पूजन कर, शुद्धिकरण की विधि के अनुसार आहुति देकर, आचार्य वैश्य को उसकी जाति में प्रतिष्ठित करते हैं। इसी प्रकार क्षत्रियत्व की उत्पत्ति भी कराते हैं और फिर उसी विधि से ब्राह्मणत्व की भी स्थापना करते हैं। इस प्रकार राजन्य को ब्राह्मण बनाकर, आचार्य दोनों में रुद्रत्व की स्थापना करते हैं और ब्राह्मण में रुद्र नाम स्थापित करते हैं। इसके बाद, आचार्य शिष्य पर जल छिड़कते हैं, पुष्प से स्पर्श करते हैं और अपने भीतर यह स्मरण करते हैं कि मेरा स्वरूप शिवमय है, जो ज्यों चिंगारी के समान दीप्त है। निर्धारित विधि से आचार्य श्वास को नाड़ी द्वारा बाहर निकालते हैं और उसी मार्ग से शिष्य के हृदय में प्रवेश करते हैं। वहां वे शिष्य की चैतन्यता का ध्यान करते हैं, जो नीले बिंदु के समान दीप्त, उज्ज्वल और अपनी ही प्रभा से शुद्ध है। उस चैतन्य को उसी मार्ग से लेकर, आचार्य संकोच-मुद्रा द्वारा उसे अपने साथ एकत्व के लिए स्थापित करते हैं, न कि पुनः श्वास के साथ। फिर, कुम्भक और पुनः रेचक द्वारा, पूर्ववत् उस चैतन्य को लेकर शिष्य के हृदय में स्थापित करते हैं। शिव से प्राप्त कर, आचार्य शिष्य को यज्ञोपवीत प्रदान करते हैं और तीन आहुति देकर पूर्ण आहुति अर्पित करते हैं। फिर, शिष्य को देवता के दक्षिण में उत्तम आसन पर, कुश और पुष्प से आच्छादित आसन पर, उत्तराभिमुख और हाथ जोड़कर बिठाते हैं। आचार्य स्वयं पूर्वाभिमुख होकर, उत्तम आसन पर स्वस्तिकासन में बैठकर, शुभ शब्दों में मंत्रों का उच्चारण करते हैं। पूर्ण और शुद्ध पात्र लेकर, शिव का ध्यान करते हुए, वे शिष्य का अभिषेक करते हैं। फिर, स्नान कर, श्वेत वस्त्र धारण कर, शुद्ध होकर, अलंकार पहनकर, शिष्य हाथ जोड़कर मंडप में प्रवेश करता है। उसे पूर्ववत् कुशासन पर बिठाकर, आचार्य मंडल में देवता का पूजन करते हैं और हस्तमुद्राएँ करते हैं। अब आचार्य, अपने मन में भस्म से देवता का ध्यान करते हुए, शिष्य को हाथ से स्पर्श करते हैं और ‘शिव’ उच्चारण करते हैं। तत्पश्चात्, शिवाचार्य दाह, स्नान आदि कृत्य पूर्ण कर, मातृका-न्यास के पथ पर सम्पूर्ण विधि संपन्न करते हैं। फिर, शिवासन का ध्यान कर, आचार्य शिष्य के सिर पर शिव का आह्वान करते हैं और वहाँ विधिपूर्वक मानसिक पूजन करते हैं। दोनों हाथ जोड़कर वे देवता से प्रार्थना करते हैं, “आप यहाँ सदा विराजमान रहें।” ऐसा निवेदन कर वे शंभु की उस ज्योति का स्मरण करते हैं। शिव का पूजन कर, शैव आज्ञा प्राप्त कर, जो शिवस्वरूप है, आचार्य धीरे से शिवमंत्र शिष्य के कान में कहते हैं। शिष्य, हाथ जोड़कर, मंत्र सुनकर, मन को उसमें एकाग्र कर, शिवाचार्य के निर्देशानुसार धीरे-धीरे उसका जप करता है। फिर, मंत्रों के ज्ञाता आचार्य, शिष्य को शक्तिमंत्र का उपदेश देकर उसका उच्चारण कराते हैं और उसे कल्याण का आशीर्वाद देते हैं।