पूजा की विधि का वर्णन करते हुए शास्त्र में बताया गया है कि पाद्य के रूप में जल में श्यामाक, दूर्वा घास, कमल और विष्णुक्रान्ता का मिश्रण करना चाहिए। इसके बाद अर्घ्य दिया जाता है, जिसमें सुगंध और दूर्वा पत्तियों का प्रयोग होता है। फिर आचमन के लिए शुद्ध जल प्रस्तुत किया जाता है। मधुपर्क का विधान है कि उसमें शहद, घी और दही मिलाया जाए। शिव और सूर्य की पूजा के लिए विशेष रूप से शंख के पात्र का उपयोग करने की संस्तुति की गई है। आसन की शक्तियों का ध्यान करते समय उन्हें लाल वस्त्र धारण किए हुए और अभय मुद्रा में कल्पना करनी चाहिए। जिस प्रतिमा की स्थापना विधिपूर्वक की गई हो, उसकी पूजा करनी चाहिए। यदि घर में शुभ विधि से बनाई गई मूर्ति हो, तो उसकी भी नित्य पूजा करनी चाहिए। किसी अस्पष्ट या दोषयुक्त मूर्ति की पूजा नहीं करनी चाहिए। मूल मंत्र के साथ देवता के स्वरूप का ध्यान कर, जैसा शास्त्र में वर्णित है, उसी प्रकार देवता का ध्यान करें। जब शालग्राम में प्रतिमा स्थापित हो, तब आवाहन और विसर्जन के समय हाथ में पुष्प लेकर, ध्यानपूर्वक मंत्र का उच्चारण करें। जैसे वन में हविष्यों का आवाहन होता है, वैसे ही श्रद्धा से मूर्ति में देवता का आवाहन करें। केवल भक्ति के बल से, दीपक की तरह, देवता को उस स्थान में प्रतिष्ठित करें। जो सूर्य में निवास करते हैं, उनके लिए शुद्ध आसन की व्यवस्था करें और उनसे निवेदन करें कि वे भक्तों पर कृपा करने वाले हैं, अतः वहां विराजमान हों। यदि पूजा की विधि में कोई कमी भी रह जाए, तो भी कृपा दृष्टि बनाए रखें। हे महादेव! यज्ञ की पूर्णता तक प्रतिमा में विराजमान रहें। अपनी तेजस्विता से चारों ओर शीघ्र ही व्याप्त हो जाएं। उस परमेश्वर का स्वागत करता हूँ, बार-बार स्वागत करता हूँ। देवताओं के स्वामी पधारे हैं, यह आगमन पुनः-पुनः मंगलमय हो। उस कमल में उत्पन्न परमेश्वर के लिए शुद्ध पाद्य तैयार करता हूँ। हे प्रभु! शुद्धता के लिए आचमन का जल अर्पित करता हूँ। आपको तीन प्रकार के तापों से मुक्त करने के लिए अर्घ्य अर्पित करता हूँ। हे देव! मधुपर्क प्रस्तुत करता हूँ, कृपया प्रसन्न हों। शुद्धता प्राप्त करने के उपरांत पुनः आचमन का जल अर्पित करता हूँ। सभी लोकों में स्थित, शुद्धात्मा को मैं अपनी परम भक्ति अर्पित करता हूँ। चाहे हजार हों या सौ, अपनी सामर्थ्य और श्रद्धा के अनुसार, हे प्रभु! मनुओं की प्रतिमाओं का पुष्पादि से अभिषेक करना चाहिए। आपके लिए वस्त्र की व्यवस्था करता हूँ, क्योंकि आप सर्वज्ञ हैं। आपके लिए उत्तरीय (ऊपरी वस्त्र) भी प्रस्तुत करता हूँ। जो वस्त्र तेल आदि से सने, पुराने, फटे या मैले हों, उन्हें त्याग देना चाहिए। आपके लिए यज्ञोपवीत की भी व्यवस्था करता हूँ। आपके लिए वे आभूषण अर्पित करता हूँ, जिन्हें अमरगण भी पूजते हैं। हे परमेश्वर! दया कर, यह उत्तम सुगंध स्वीकार करें। विष्णु को कभी भी गुड़हल, अखंड चावल, अर्क या धतूरा नहीं चढ़ाना चाहिए। महेश्वर को मालती के फूल नहीं चढ़ाने चाहिए। शक्ति की पूजा में दूर्वा, अर्क और मंदार चढ़ाना चाहिए, पर गणेश को तुलसी नहीं चढ़ानी चाहिए। विष्णुक्रान्ता, नागवेली, दूर्वा, अपामार्ग और अनार— इनके फल-फूल देवताओं को अर्पित करें। केले, बेर, आँवला, इमली और मतुलिंग (संतरा)— इनका भी प्रयोग करें। ज्ञानी पुरुष को चाहिए कि इन्हीं फलों से देवताओं की पूजा करें। इस प्रकार, शास्त्रीय विधि से यथाविधि श्रद्धापूर्वक भगवान की पूजा सम्पन्न करनी चाहिए।