एक भक्त अपने मन में उस दिव्य देवी का ध्यान करता है, जिनके हाथों में कमल, चक्र और अंकुश की शोभा है, और जिनकी तीन आँखें हैं। वह ‘त’ अक्षर से आरंभ करके, देवी के मंत्र का अंतिम भाग जोड़ते हुए, उनका ध्यान करता है। फिर हृदय आदि चार स्थानों में उन अक्षरों को स्थापित करता है। जब वह अपने आराध्य देवता का ध्यान करता है, जिनके शरीर पर दिव्य आभूषण और अस्त्र-शस्त्र सुशोभित हैं, तब वह उस रूप पर षडंग यानी छह अंगों की स्थापना करता है और पूजा का आरंभ करता है। इसके बाद, वह बाईं ओर त्रिकोण या वर्ग बनाता है। वहां या तो अग्नि-मंडल स्थापित करता है या एक पात्र रखता है, जिसे भली-भाँति धोता है। फिर ‘क्लीं’ बीज मंत्र और अन्य अक्षरों का उच्चारण करके उस पात्र को शुद्ध जल से भरता है। वह जल ऐसा बनाता है, मानो गोमूत्र और अमृत के समान पवित्र हो, और उसे कवच से ढँक देता है। यह सामान्य अर्घ्य कहा गया है, जो मनुष्यों को सभी सिद्धियाँ प्रदान करता है। उसी जल से वह स्वयं और यज्ञ की वस्तुओं को अलग-अलग छिड़कता है। वह वर्गाकार घेरे में अर्घ्य जल से धोता है, और दक्षिण-पूर्व से आरंभ करते हुए कोनों में हृदय आदि चार अंगों की स्थापना करता है। तीन मूल भागों के साथ, वह मध्य में आधार शक्ति की स्थापना करता है। फिर त्रिपाद स्वरूप की स्थापना करके, नियत मंत्र से उसकी पूजा करता है। पात्र के अंत में, शुद्ध हृदय से, ‘यह अमुक का अर्घ्य है’ ऐसा कहता है। अपने मंत्र से बाण को शुद्ध करके, वह उसे वहीं स्थापित करता है और उसकी पूजा करता है। कवच के लिए ‘फट्’ मंत्र है, हृदय का संबंध पाञ्चजन्य से है, और हृदय मंत्र को समर्पित है। पात्र के अंत में, तीन अक्षर वाले मंत्र के साथ, ‘यह अमुक का अर्घ्य है’ कहकर वह श्रद्धा से नमन करता है। तत्पश्चात, शुद्ध जल लेकर, उल्टे क्रम में अक्षरों का उच्चारण करते हुए, वह मूल को शुद्ध करता है। ‘ॐ सोम मंडलाय’ और सोलह कलाओं वाले चंद्रमा के रूप का स्मरण करता है। वहां चंद्रमा की सोलह कलाओं की पूजा करनी चाहिए। वह गोमुद्रा को अमृत के समान बनाकर, मत्स्य-मुद्रा से ढँकता है। इच्छित देवता का ध्यान कर, फिर उचित मुद्राएँ दिखाता है। ज्ञानीजन महा-मुद्रा और योनि-मुद्रा क्रम से दिखाते हैं। वहां, स्मरण करते हुए, सुगंध, फूल आदि से देवता की पूजा की जाती है। शंख के दक्षिण भाग में छिड़काव के लिए विशेष पात्र निर्धारित करता है। ‘ह्रीं’ के साथ आत्मा के तत्व को और ज्ञान के तत्व को नमस्कार करता है। ज्ञानीजन मंडल को फूलों और अक्षत (चावल) से, विधिपूर्वक छिड़कते हैं। पाद्य, अर्घ्य, आचमन और मधुपर्क के लिए भी यही जल प्रयुक्त होता है। पाद्य को श्यामाका, दूर्वा, कमल और विष्णुक्रांत के साथ जल माना गया है। अर्घ्य में सुगंध और दूर्वा का मिश्रण होता है, फिर आचमन का जल आता है। मधुपर्क में शहद, घी और दही का सम्मिलन बताया गया है। शंकर और सूर्य की पूजा के लिए विशेष रूप से शंख पात्र का विधान है। आसन शक्तियों का ध्यान लाल वस्त्रधारी और अभय मुद्रा धारण करने वाले के रूप में किया जाता है। जिस मूर्ति की स्थापना विधिपूर्वक की गई हो, उसकी पूजा करनी चाहिए। घर में शुभ मुहूर्त में बनाई गई मूर्ति की नित्य पूजा करना उचित है। जो मूर्ति अस्पष्ट या दोषयुक्त हो, उसकी पूजा नहीं करनी चाहिए। मूल मंत्र के साथ रूप का ध्यान कर, वर्णित विधि से देवता का ध्यान करना चाहिए। जब शालग्राम में मूर्ति की स्थापना हो, तब देवता की आवाहन और विसर्जन की क्रिया संपन्न करनी चाहिए।