फिर, ज्ञानी साधक 'गुह्य' मंत्र से आहुति अर्पित करता है और इन पवित्र मंत्रों के साथ श्रद्धापूर्वक प्रणाम करता है। वह कहता है—"श्रद्धेय गुरु को नमस्कार, जिनके द्वारा वह परम अवस्था प्रकट हुई है। श्रद्धेय गुरु को नमस्कार, जिन्होंने मेरी आंखें खोल दीं। जिनकी अमृतमयी वाणी से संसार रूपी विष का नाश हो जाता है—ऐसे प्रभु, भगवन्, गुरु रूपी शिव को मैं नमस्कार करता हूँ। जो सदा नवीन हैं, मानव रूप में प्रकट हैं, जिनका स्वरूप ही परम तत्त्व है, जो पूर्णतः स्वतंत्र हैं, जिनका रूप करुणा से बना है, जिनका स्वभाव ही मंगलमय है—ऐसे गुरु को मैं बारंबार प्रणाम करता हूँ।" "जो विवेकशीलों के विवेक हैं, जो चिन्तनशीलों के चिन्तन हैं, आपको आगे, दोनों ओर, पीछे, ऊपर और नीचे—सर्वत्र नमस्कार है। हे प्रभु, आपकी कृपा से मैं हर प्रकार से पूर्ण हुआ हूँ।" इस प्रकार स्तुति करने के बाद साधक अपने सब कुछ गुरु को समर्पित करता है और कहता है—"हे विश्वनाथ, मैं जो कुछ भी करता हूँ, वह सब आपके पूजन के लिए ही हो।" फिर, स्वयं को शुद्ध करके, ज्ञानी साधक अपने को निर्मल और निष्कलंक रूप में ध्यान करता है। फिर वह मूलाधार के नीचे वायु के गोलाकार क्षेत्र का ध्यान करता है। वहीं त्रिकोणाकार अग्नि क्षेत्र है, जिसमें अग्नि का बीज स्थित है। उसी स्थान पर, निद्रित सर्प की भाँति कुण्डलिनी देवी स्वयम्भू लिंग को चारों ओर से लपेटे हुए विराजमान हैं। साधक कुलकुण्डलिनी का ध्यान करता है और मन की नोक से उसे ऊपर उठाता है। गुरु के बताए हुए मार्ग से, ज्ञानी साधक उसे ब्रह्मरंध्र तक ले जाता है। जब वह सम्पूर्ण रूप से कुण्डलिनी के तेज से व्याप्त हो जाता है, तो वह शुद्ध, चैतन्य और परम बन जाता है। इस अनुभूति के बाद, साधक मानसिक द्रव्यों से अर्पण करता है और निर्धारित मंत्र से प्रार्थना करता है। वह कहता है—"प्रभु, प्रातःकाल उठकर, मैं आपके लिए ही संसार का जीवन व्यतीत करता हूँ।" फिर, सभी सिद्धियों की प्राप्ति के लिए, साधक अजपा का अर्पण करता है। जीव सदा उस गायत्री का अजपा जप करता है। उस अजपा का देवता परम हंस है, जो आदि और अंत में बीज और शक्ति से युक्त है। वह निराकार है, धर्मस्वरूप है, और ज्ञानरूप है—फिर से वही तत्व है। सिद्ध साधक उन गुणों से युक्त तत्वों को षडंगों (छह अंगों) में स्थापित करता है। प्रवेश द्वार पर 'स' अक्षर का ध्यान करना बताया गया है। मूलाधार में, 'व' से 'स' तक के बीज के साथ, चार दलों वाले कमल में साधना होती है। वहाँ देवी के हाथों में पाश, अंकुश, अमृतपात्र और मधुर आनंद सुशोभित रहते हैं। स्वाधिष्ठान चक्र में, जो मूंगे के समान दमकता है, 'व' से 'ल' तक के अक्षरों से संयुक्त है। वहाँ देवी के हाथों में चम्मच और माला शोभायमान हैं, हे कमलजन्मा! मणिपूर चक्र में, जो बादल के समान श्याम और बिजली से प्रकाशित पत्तियों से युक्त है, भीतर 'ड' से 'फ' तक के चिह्न हैं। उस सौंदर्य से युक्त रूप में, छः हजार की संख्या में विष्णु को अर्पण किया जाता है। अनाहत चक्र में, श्वेत वर्ण, त्रिशूल, अभयमुद्रा, वरद मुद्रा और घट धारण करने वाले को, रुद्र को जो वृषभ पर सवार हैं, छः हजार अर्पण किए जाते हैं। फिर, महाज्योति, इन्द्रियों के स्वामी की पूजा होती है। आज्ञाचक्र में, 'ह' अक्षर से संयुक्त, दो दलों वाले कमल में, एक हजार अर्पण होते हैं। सहस्रार—हजार दलों वाले महान कमल में, स्वर और बिन्दु के द्वैत से युक्त, पूजन के आरंभ में आचार्य को एक हजार अर्पण किए जाते हैं। और जप की कुल संख्या इक्कीस हजार मानी गई है। इस प्रकार, शास्त्र के अनुसार साधक गुरु की स्तुति, आत्म-शुद्धि, कुण्डलिनी का ध्यान और चक्रों में देवताओं का पूजन करते हुए अपने साधना-पथ पर आगे बढ़ता है।