मंत्रों के स्वरूप और उनके रहस्यों को समझाने के लिए शास्त्रों में विस्तार से बताया गया है। कहा गया है कि जिन मंत्रों का अंत दीर्घ स्वर (लंबे स्वर) में होता है, वे स्त्रीलिंग माने जाते हैं, जबकि जिनका अंत 'हूं' या 'फट्' से होता है, वे पुल्लिंग माने जाते हैं। मंत्रों की प्रकृति उनके देवता पर भी निर्भर करती है—यदि मंत्र का देवता पुरुष है, तो उसे 'मंत्र' कहा जाता है, और यदि देवी है, तो वह 'विद्या' कहलाती है। कुछ मंत्र ऐसे होते हैं, जिनका अंत 'तारा', 'रेफ' या 'स्वाहा' से होता है; इन्हें अग्नि तत्व का माना गया है। विद्वानों को यह जानना चाहिए कि मंत्रों का स्वरूप अग्नि और सोम—इन दोनों के जैसा होता है। इनमें से कुछ मंत्र चंद्र ऊर्जा से जाग्रत होते हैं, और कुछ बाईं ओर चलने वाली वायु से जागते हैं। यदि कोई व्यक्ति उनींदा या आलसी होकर मंत्र का जप करता है, तो उसे कोई फल नहीं मिलता। जब श्वास स्वाभाविक रूप से चल रही हो, तब बिंदुयुक्त मंत्रों का प्रयोग करना चाहिए; और जब श्वास में विकार हो, तब सृष्टि से जुड़े मंत्रों का उपयोग करना चाहिए। यदि कोई दोषयुक्त मंत्र भी उचित माला के साथ जपा जाए, तो वह भी सिद्धि दे सकता है। ऐसी माला शांति, ज्ञान, क्रोधरहितता और शांत स्वभाव से युक्त होती है। परंतु, जिन मंत्रों में टूट-फूट या अन्य दोष आ जाते हैं, वे साधक की रक्षा नहीं करते। यदि मंत्र का प्रयोग बिना विधि-विधान, बिना 'नेत्र' (विशेष चिह्न), बंधन या स्थिरता के किया जाए, तो वह भी निष्फल हो जाता है। टूटे, सुप्त, मदहोश, विक्षिप्त या मूर्छित मंत्रों से भी सिद्धि नहीं मिलती। बालक, किशोर, प्रौढ़, वृद्ध और बिना शस्त्र के मंत्र भी निष्क्रिय माने जाते हैं। जिनमें प्राणशक्ति न हो, जिनका स्वर फटा हो, जिनमें बीज न हो, या जो कांपते हों—ऐसे मंत्र भी असिद्ध रहते हैं। जिन मंत्रों के अंग न हों, जो अत्यधिक क्रोधित, अति क्रूर या लज्जित हों, वे भी सिद्धि नहीं देते। बहुत वृद्ध, स्नेहरहित या फिर बार-बार दोषग्रस्त मंत्र भी फलहीन होते हैं। मंत्र चाहे संयुक्त हो, पृथक हो, या त्रैगुण्ययुक्त हो, चाहे उसमें ध्वनि हो—यदि उसमें दोष है, तो वह 'टूटा हुआ' कहलाता है। चार या पाँच प्रकार से भी यदि मंत्र में दोष है, तो वह टूटा हुआ माना जाता है। ऐसा मंत्र, जिसमें अवरोध हो, वह भी बड़ी कठिनाई से ही सिद्धि देता है। जिसमें शक्ति का अभाव हो, वह बहुत समय बाद फल देता है। जो मंत्र साधकों से विमुख हो गया हो, वह भी देर से ही सिद्धि देता है। 'बहरा' मंत्र बहुत कठिनाई से थोड़ा-सा फल देता है। बिना नेत्र के मंत्र तो बहुत प्रयास करने पर भी सिद्धि नहीं देता। मंत्रों में 'हंस', 'इंदु', 'स', 'फ', या कवच आदि चिह्न हो सकते हैं। बीच में, सिर के दोनों ओर, जिन मंत्रों में 'ल' और 'क' नहीं हैं, वे भी विशेष माने जाते हैं। अग्नि और वायु का संयोग मनु के मंत्र के सिर पर होता है। दो, तीन, छह या आठ अक्षरों वाले मंत्रों में 'आंसू' (विदारण या दोष) दिखाई देता है। 'ह' अक्षर शक्ति है; यदि वह न हो, तो मंत्र भयावह हो जाता है—यह सत्य है। जो मंत्र अशुद्ध है, उसे वैसा ही समझना चाहिए; वह भी बड़ी कठिनाई से सिद्धि देता है। यदि मंत्र में विदारण (आंसू) हो, तो उसे गुप्त रूप से ही जपना चाहिए। यदि मंत्र टूटा हुआ हो, तो उसे त्याग देना चाहिए, क्योंकि वह क्लेशकारी फल देता है। चाहे वह विद्या हो या मंत्र, उसमें सत्रह अक्षर हो सकते हैं। यदि मध्य में विदारण हो, तो वह मंत्र मंद माना जाता है। प्रारंभ, मध्य और सिर में, कुल चार स्थानों पर विदारण हो सकता है। बीस अक्षरों वाले, इच्छा से संयुक्त मंत्र का भी उल्लेख मिलता है। सात अक्षरों वाला मंत्र 'बाल-मंत्र' कहलाता है; आठ अक्षरों वाला 'किशोर-मंत्र' है। तीस, चौंसठ और सौ अक्षरों वाले मंत्र भी होते हैं। नौ अक्षरों वाला, 'त' अक्षर से संयुक्त मंत्र 'तीसगुण' कहलाता है। जिसके अंत में शिखा, कवच, नेत्र और विदारण हो, वह भी विशेष माना गया है। प्रारंभ, मध्य और अंत में, मंत्र में छह बार 'फट्' अक्षर दिखाई देता है। इस प्रकार, शास्त्रों में मंत्रों के स्वरूप, उनके दोष, और उनकी सिद्धि के रहस्य अत्यंत विस्तार से समझाए गए हैं, ताकि साधक सही विधि से मंत्रों का चयन और जप कर सकें।