জ্ঞানী ঋষিগণ মন্ত্রের প্রকৃতি বিশ্লেষণ করে বলেন, যেসব মন্ত্র দীর্ঘ স্বরে (দীর্ঘ স্বরবর্ণে) শেষ হয়, সেগুলি স্ত্রীলিঙ্গ; আর যেসব মন্ত্র ‘হুঁ’ বা ‘ফট্’ শব্দে শেষ হয়, তারা পুরুষলিঙ্গ। যেসব মন্ত্রের দেবতা পুরুষ, তাদের বলা হয় মন্ত্র; আর যেসবের দেবতা স্ত্রীলিঙ্গ, তাদের বলা হয় বিদ্যা। যেসব মন্ত্র ‘তারা’, ‘রেফ’ বা ‘স্বাহা’ শব্দে শেষ হয়, তাদের অগ্নিতত্ত্ব বলে ঘোষণা করা হয়। এভাবেই মন্ত্রকে জ্ঞানীরা অগ্নি ও সোম—এই দুই প্রকৃতির বলে মনে করেন। কিছু মন্ত্র চন্দ্রতত্ত্বে উদ্দীপ্ত হয়, আবার কিছু বাঁদিকে প্রবাহিত বায়ুর দ্বারা জাগ্রত হয়। যদি কেউ তন্দ্রাচ্ছন্ন অবস্থায় মন্ত্র উচ্চারণ করে, তবে তা ফলপ্রসূ হয় না। যখন শ্বাস স্বাভাবিকভাবে প্রবাহিত হয়, তখন বিন্দুযুক্ত মন্ত্র ব্যবহার করতে হয়; আর যখন শ্বাসের গতি ব্যাহত হয়, তখন সৃষ্টি-সংক্রান্ত মন্ত্র প্রয়োগ করা হয়। বিশেষ মালার দ্বারা পাঠ করা হলে, ভুলত্রুটিপূর্ণ মন্ত্রও সিদ্ধি লাভ করে। এই মালার স্বভাব শান্ত, জ্ঞানময়, ক্রোধহীন ও প্রশান্ত। তবে, যেসব মন্ত্র ভগ্ন বা দোষে দুষ্ট, তারা সাধককে রক্ষা করে না। যেগুলো নিয়মবিহীন, চক্ষুহীন, আবদ্ধ বা স্থবির, সেগুলোও ফলপ্রদ নয়। ভগ্ন, সুপ্ত, মত্ত, উন্মাদ বা অচৈতন্য মন্ত্র—এগুলোও তেমন ফল দেয় না। আবার, বালক, কিশোর, প্রৌঢ়, বৃদ্ধ বা অসস্ত্রধারী মন্ত্রেরও ফলপ্রদতা কম। যেসব মন্ত্র প্রাণহীন, কর্কশ, বীজহীন বা কাঁপছে, সেগুলোও ফলপ্রদ নয়। অঙ্গহীন, অতিশয় ক্রুদ্ধ, অত্যন্ত নিষ্ঠুর বা লজ্জিত মন্ত্রও তেমনি। অতিরিক্ত বৃদ্ধ, স্নেহশূন্য বা পুনরায় দোষগ্রস্ত মন্ত্রও ফলপ্রদ নয়। মন্ত্র যদি যুক্ত, বিচ্ছিন্ন বা ত্রিগুণ হয়, আবার শব্দসহ হয়, তবে তা ভগ্ন হতে পারে। চার বা পাঁচভাবে বিভক্ত হলেও মন্ত্রকে ভগ্ন বলে গণ্য করা হয়। যেসব মন্ত্র বাধাগ্রস্ত, তারা কষ্টসাধ্য সিদ্ধি দেয়। শক্তিহীন মন্ত্র দীর্ঘকাল পরে ফল দেয়। যেসব মন্ত্র বিমুখ, তারা দীর্ঘ সময় পরে পূজকের সিদ্ধি দেয়। যেসব মন্ত্র বধির, তারা সামান্য ফল দেয় এবং তা-ও কষ্টে। চক্ষুহীন মন্ত্র কোনোভাবেই সিদ্ধি দেয় না। হংস, ইন্দু, ‘স’ বা ‘ফ’ যুক্ত, আবার কবচসহ মন্ত্রও আছে। মাঝে, শীর্ষে—যেসব মন্ত্রে ‘ল’ ও ‘ক’ নেই, সেগুলোও বিশেষভাবে চিহ্নিত। অগ্নি ও বায়ুর সংযোগ মন্ত্রের শীর্ষে থাকে, যা মনুকে নির্দেশ করে। দুই, তিন, ছয় বা আট অক্ষরে ছেদ বা ‘ফাটা’ দেখা যায়। ‘হ’ অক্ষর শক্তি; তা না থাকলে মন্ত্র ভয়ংকর হয়—এটাই সত্য। অপবিত্র মন্ত্রকে অপবিত্র জ্ঞান করতে হবে; তারা কষ্টে সিদ্ধি দেয়। যদি মন্ত্রে ছেদ থাকে, তবে তা গোপনে উচ্চারণ করা হয়। ভগ্ন মন্ত্র ত্যাগ করা উচিত, কারণ তা কেবল দুঃখজনক ফল দেয়। বিদ্যা বা মন্ত্র উভয়ই কখনো সতেরো অক্ষরের হতে পারে। মাঝখানে ছেদ থাকলে মন্ত্রকে ক্ষীণ বলে গণ্য করা হয়। মন্ত্রের শুরু, মাঝে ও শীর্ষে চারটি ছেদ থাকতে পারে। আবার, বিশ অক্ষরের মন্ত্র কামনা-সহযোগে বর্ণিত হয়। সাত অক্ষরের মন্ত্র বালক-মন্ত্র, আট অক্ষরে কিশোর মন্ত্র বলে। ত্রিশ, চৌষট্টি বা একশো অক্ষরের মন্ত্রও আছে। নব অক্ষরের মন্ত্র, ‘ত’ যুক্ত হলে, তা ত্রিশগুণ হয়। শেষে কিরীট, কবচ, চক্ষু ও ছেদ দেখা যায়। শুরু, শেষে ও মাঝে—মন্ত্রে ছয়বার ‘ফট্’ অক্ষরও থাকে। এভাবেই মন্ত্রের প্রকৃতি, তাদের গঠন, শক্তি ও ফল সম্পর্কে ঋষিরা বিশদভাবে ব্যাখ্যা করেছেন।