जब वह मछली फिर से करुण स्वर में पुकार उठी—“मुझे बचाइए, मुझे बचाइए! मैंने आपकी शरण ली है”—तो सूर्यवंशी मनु ने उसकी रक्षा करने के लिए उसे एक कुएँ में डाल दिया। किंतु वहाँ भी जब वह समा नहीं सकी, तो मनु ने उसे एक झील में पहुँचा दिया। झील में डालते ही वह मछली एक योजन लंबी हो गई और फिर संकट में पड़कर पुकार उठी—“राजाओं में श्रेष्ठ, मुझे बचाइए, मुझे बचाइए!” इसके बाद मनु ने उसे गंगा में प्रवाहित किया, पर वहाँ भी वह बढ़ती ही गई। तब पृथ्वी के स्वामी मनु ने उसे समुद्र में पहुँचा दिया। जब मछली ने पूरे समुद्र को भर लिया और वहाँ प्रकट हुई, तब मनु भयभीत होकर बोले—“हे असुरों के स्वामी, आप कौन हैं? अथवा आप वासुदेव ही हैं, क्योंकि ऐसा रूप और कौन धारण कर सकता है, जिसकी काया बीस हजार योजन तक फैली हो?” मनु ने आगे कहा—“हे केशव, मैंने आपको पहचान लिया है। आप मुझे मछली के रूप में चकित कर रहे हैं। हे हृषीकेश, विश्व के स्वामी, जगत के आधार, आपको मेरा प्रणाम है।” तब मछली के रूप में प्रकट हुए भगवान जनार्दन ने कहा—“बहुत अच्छा, बहुत अच्छा! हे निष्पाप मनु, तुमने मुझे सही पहचाना है।” इसके बाद भगवान ने मनु से कहा—“हे पृथ्वी के राजा, शीघ्र ही यह पृथ्वी अपने पर्वतों, वनों और उपवनों सहित जल में डूब जाएगी। यह नौका समस्त देवताओं द्वारा जीवों की रक्षा के लिए बनाई गई है। जो भी जीव पसीने, अंडों, अंकुरों या गर्भ से उत्पन्न होते हैं—उन सभी असहाय प्राणियों को इसमें रखो और उनकी रक्षा करो, हे धर्मात्मा। जब युगांत के समय प्रचंड वायु से नौका विचलित हो, तब इसे मेरी सींग से बाँध देना। जब चर-अचर सबका प्रलय होगा, तब तुम पुनः सृष्टि के प्रवर्तक बनोगे।” भगवान ने आगे कहा—“कृत युग के प्रारंभ में, हे सर्वज्ञ और धैर्यवान मनु, तुम मन्वंतर के स्वामी और देवताओं द्वारा पूज्य बनोगे।” यह सुनकर मनु ने मधुसूदन से पूछा—“हे भगवन्, कितने वर्षों में यह प्रलय आएगा? और मैं जीवों की रक्षा कैसे करूँगा? पुनः मैं आपके साथ कैसे मिलूँगा?” भगवान ने उत्तर दिया—“आज से सौ वर्षों और उससे अधिक समय तक पृथ्वी पर वर्षा नहीं होगी, दुर्भिक्ष फैलेगा। जब जीव बहुत कम और नष्ट होने लगेंगे, तब सातों सूर्य की सात भयंकर किरणें प्रकट होंगी और अंगारों की वर्षा करेंगी। युग के अंत में और्व अग्नि प्रचंड हो जाएगी, पाताल में शेषनाग के मुख से विषाग्नि निकलेगी और भव के ललाट से तीसरी आँख की अग्नि प्रकट होगी। ये अग्नियाँ तीनों लोकों को जलाकर विक्षोभ मचा देंगी। जब संपूर्ण पृथ्वी भस्म हो जाएगी, आकाश भी अत्यंत तप्त हो जाएगा, तब देवताओं और तारों सहित संसार का संहार होगा।” “संवर्त, भीमनाद, द्रोण, चंड, बलाहक, विद्युत्पताक और शोण—ये सात प्रलय मेघ अग्नि के पसीने से उत्पन्न होंगे और पृथ्वी को जलमग्न कर देंगे। समुद्र उफनकर एक हो जाएगा और तीनों लोकों को एक ही जलराशि बना देगा। वेदों की नौका और समस्त जीवों के बीजों को लेकर, तुम मेरी दी हुई नागरज्जु से नौका को मेरी सींग से बाँध देना। मेरी मछली रूपी रक्षा में तुम सुरक्षित रहोगे।” “हे शत्रुओं का दमन करने वाले, जब सब देवता भी जल जाएँगे, तब भी तुम ब्रह्मा, सूर्य-चंद्र को धारण करने वाले, चारों लोकों सहित जीवित रहोगे। पवित्र नर्मदा नदी, महान ऋषि मार्कंडेय, भव, वेद, पुराण और समस्त विद्याएँ—ये सब तुम्हारे साथ रहेंगी। इस प्रकार यह सारा जगत मध्य-प्रलय में भी तुम्हारे साथ सुरक्षित रहेगा। जब चाक्षुष मन्वंतर का प्रलय होगा और एकमात्र महासागर रह जाएगा, तब तुम्हारी सृष्टि के प्रारंभ में मैं वेदों की स्थापना करूँगा।” इतना कहकर भगवान वहीं अदृश्य हो गए। मनु भी वासुदेव की कृपा से प्राप्त योग में निरंतर लगे रहे, जब तक कि भविष्यवाणी के अनुसार महाप्रलय नहीं आ गया। नियत समय पर वासुदेव के मुख से सींगधारी मछली-रूप में जनार्दन प्रकट हुए। एक नागरज्जु के रूप में सर्प मनु के समीप आया। धर्मज्ञ मनु ने योगबल से समस्त जीवों को एकत्र कर नौका पर चढ़ा दिया। सर्परज्जु से नौका को मछली की सींग से बाँध दिया और ऊपर खड़े होकर जनार्दन को प्रणाम किया। जब महाप्रलय बीत गया, तब मनु ने योगनिद्रा में स्थित मत्स्यरूपी भगवान से प्राचीन ज्ञान के विषय में प्रश्न किया। अब मैं वही कथा सुनाता हूँ, हे श्रेष्ठ द्विज। जिस सृष्टि के आदि, प्रलय आदि के विषय में तुमने मुझसे पूछा था, वही प्रश्न मनु ने आदिकालीन समुद्र में केशव से किया था। उन्होंने सृष्टि और प्रलय, वंशों और मनुओं, उनके वंशजों के कर्म, लोकों की विस्तार, दान और धर्म के नियम, पितरों के शाश्वत श्राद्ध, वर्ण और आश्रमों के विभाग, यज्ञ और पुण्य कर्मों के विषय में पूछा। देवताओं की स्थापना और पृथ्वी पर जो कुछ भी है, उसके विषय में भी मनु ने जानना चाहा। प्रलय के अंत में सब कुछ अंधकार से आच्छादित था—अवर्णनीय, अप्रकट और लक्षणरहित, मानो गहन निद्रा में हो। चर-अचर सारा संसार अज्ञेय और अज्ञात था; तभी स्वयंभू, समस्त पुण्यकर्मों के अप्रकट आदि कारण, प्रकट हुए।