पवित्र सूत्र में ‘नमः शिवाय’ मंत्र विद्यमान है; उसकी सूक्ष्मता में छंद और अन्य मंत्र भी स्थापित हैं। जैसे वटवृक्ष अपने बीज में समाहित रहता है, वैसे ही, हे शुभे, महान ब्रह्म भी उस सूत्र में सूक्ष्म रूप में स्थित है, भले ही वह महान हो। पूजा स्थल को चंदन-युक्त जल से छिड़ककर शुद्ध करना चाहिए, फिर पूजा की सामग्रियों को धोकर, छिड़ककर और अन्य विधियों से शुद्ध करना चाहिए। यह धोना और छिड़कना ‘ॐ’ अक्षर के साथ किया जाना चाहिए; छिड़कने का पात्र, अर्घ्य देने का पात्र और पाद्य (पैर धोने का जल) के पात्र को क्रम से व्यवस्थित करना चाहिए। पान के लिए जल का पात्र भी विधि अनुसार उचित स्थान पर रखना चाहिए, उसे यथोचित ढककर रखना चाहिए। इन पात्रों को कुशा घास से ढंककर शुद्ध जल से छिड़कें, फिर उनमें शीतल जल भर दें। ‘ॐ’ के उच्चारण के साथ, बुद्धिमान व्यक्ति सामग्रियों को जांचकर उनमें रखें; पाद्य के जल में वेटिवर और चंदन मिलाएं। पान के जल के पात्र में जायफल, कंकोल, कपूर, बहुमूल और तमाल—इन सबको पीसकर डालें। सभी पात्रों में चंदन, उचित मात्रा में कपूर और विविध पुष्प रखें। अर्घ्य के पात्र में कुशा के अग्रभाग, अखंडित चावल, जौ, तिल, घी, सरसों, फूल और विभूति रखें। छिड़कने के पात्र में कुशा पुष्प, जौ, चावल, बहुमूल, तमाल और विभूति डालें, ‘ॐ’ के साथ। इन पात्रों में पंचाक्षरी मंत्र, गायत्री, रुद्र देवता या केवल ‘ॐ’—जो वेद का परम सार है—स्थापित करें। फिर छिड़कने के पात्र से ‘ॐ’ और ईशान आदि पांच मंत्रों के साथ सामग्रियों पर छिड़काव करें। देवों के स्वामी के समीप, नंदिन की पूजा करें, जो अग्नि के समान तेजस्वी, त्रिनेत्रधारी और देवों के स्वामी हैं। उनके सिर पर चंद्र का मुकुट है, मुख हरि का है, चार भुजाएँ हैं, पुष्पों की माला से सुशोभित हैं, सौम्य हैं और सभी आभूषणों से अलंकृत हैं। अपने उत्तर दिशा में अपनी पुण्यशालिनी पत्नी की पूजा करें, जो मरुतों में शुभ है, उत्तम यशस्विनी, उत्तम व्रतधारिणी, माता, और चरणों को सजाने में निष्ठावान है। इस प्रकार पूजा करके, परमेश्वर के अंतरगृह में प्रवेश करें, और श्रद्धा से पंचमुखी पुष्पों की अंजलि अर्पित करें। चंदन, पुष्प और विविध धूप से शंकर, स्कंद, विनायक, देवी की पूजा करें और लिंग का शुद्धिकरण करें। ‘ॐ’ से आरंभ और ‘नमः’ से समाप्त होने वाले सभी मंत्रों का पाठ कर, ‘ॐ’ के साथ कमल-आसन तैयार करें। उसके पूर्वी दल में ‘अणिमा’ शक्ति है, दक्षिणी में ‘लघिमा’, पश्चिमी में ‘महिमा’। पूर्वी दल ‘प्राप्ति’ है, दक्षिणी दल अग्नि का ‘इच्छा’ है; पश्चिमी दल निरृति का ‘ईश्वरत्व’ है, और उत्तरी दल वायु का ‘वशित्व’ है। उत्तर-पूर्व में ‘सर्वज्ञता’ है, और मध्य में ‘सोम’ है; सोम के नीचे सूर्य, और उसके नीचे अग्नि है। धर्म और अन्य गुण मध्य दिशाओं में हैं; अनिर्दिष्ट से आरंभ कर, चार मुख्य और चार मध्य दिशाओं में क्रम से अनंत का चिंतन करें; सोम के अंत में तीन गुण हैं। उसके ऊपर आत्मा के तीन स्वरूप हैं, और उनके अंत में शिव का आसन है। ‘सद्योजात’ मंत्र से परमेश्वर का आवाहन करें, फिर वामदेव मंत्र से उन्हें आसन पर स्थापित करें, रुद्र गायत्री से आवाहन करें, और अघोर मंत्र से स्थिर करें। ‘ईशानः सर्वविद्यानाम’ मंत्र के साथ भगवान को पाद्य, आचमन और अर्घ्य अर्पित करें। रुद्र की पूजा विधि अनुसार चंदन और अन्य सुगंधित जल से करें, गौ के पंचगव्य को पात्र में लेकर शुद्ध करें। प्रणव मंत्र के साथ पंचगव्य से स्नान कराएँ, फिर घी, शहद और गन्ने के रस से भी स्नान करें। शुभ पदार्थों से प्रणव मंत्र के साथ महादेव का अभिषेक करें; फिर शुद्ध पात्रों और शुद्धिकारक मंत्रों से जल अर्पित करें। विधि अनुसार शुद्धिकरण कर, साधक श्वेत वस्त्र पहनकर कुशा, अपामार्ग, कपूर, जती पुष्प और चंपक पुष्प का उपयोग करें। श्वेत कनेर, चमेली, कमल और नील जलकुंभी से सुंदर पुष्पों और चंदन से वह जल भरें। उस जल में ‘सद्योजात’ आदि मंत्रों को रखें, सोने या चाँदी के पात्र में। या तांबे के पात्र, कमल पत्र, पलाश पत्र, शंख या शुद्ध मिट्टी के पात्र, या अन्य शुभ पात्र में भी कर सकते हैं। कुशा और पुष्पों के साथ उचित मंत्रों से स्नान कराएँ; अब मैं वे मंत्र बताता हूँ—सुनो, सब उद्देश्यों की सिद्धि के लिए। इन मंत्रों से लिंग का एक बार स्नान करने पर ही व्यक्ति मुक्त हो जाता है; पवमाना मंत्र और वामीयक मंत्र से भी। रुद्र, नीलरुद्र, शुभ श्रीसूक्त, रजनीसूक्त और शुभ चमक मंत्र से स्नान करें। होतार, सिरसा, शुभ अथर्व, शांति, फिर शांति, भारुंड और अरुण मंत्र से भी स्नान करें। वारुण, ज्येष्ठ, वेदव्रत और अन्य शुभ सूक्त, पुरुष सूक्त से भी स्नान करें। तब शीघ्र, जटाजुटधारी रुद्र, वानरमुखी के साथ, विष्णु बृहच्चंद्र के रूप में, सामन के साथ आवाहित होकर कहते हैं—‘स्थापन हो।’ विरूपाक्ष, स्कंद, अनेक शिव, पांच ब्रह्म, सूत्र और शुद्ध प्रणव के साथ भी आवाहित किए गए। इस प्रकार, विधि-विधान से पूजा का क्रम संपन्न होता है, जिसमें हर चरण में मंत्र, सामग्रियों और देवताओं का आदरपूर्वक स्मरण और पूजन किया जाता है।