वेदविधान, वामदेव, ज्येष्ठसाम और रथंतर—इन सभी का पालन करते हुए आचार्य यज्ञ की विधि आरंभ करते हैं। फिर अथर्वशीर्ष और अथर्ववेद के कुंभसूक्त का भी प्रयोग किया जाता है। आचार्य विशेष रूप से वेपन-मंत्र से वेदी का छिड़काव करते हैं। तत्पश्चात वे जाटवेदस् अग्नि को प्रकट कर वेदी के अग्रभाग में स्थापित करते हैं। अब आचार्य, समस्त मंत्रों के साथ अग्नि को अमृत के समान पवित्र करते हैं। वैष्णव योगपद्धति से वे परम तेज का संचार करते हैं। वे सामान्य मंत्र से, या अपनी परंपरा के निर्दिष्ट मंत्र से, ब्रह्मा, विष्णु, हर और ईशान की पूजा करते हैं। यदि किसी के पास मंत्र न हो तो भी कुशा और जल से स्पर्श करने पर वह शुद्ध हो जाता है। जब अग्नि के चारों ओर कुशा बिछा दी जाती है, तब अग्नि स्वयं प्रकट हो जाती है। कुछ आचार्य तो जन्मसंस्कार के तुरंत बाद ही यह विधि करने की इच्छा रखते हैं। फिर आचार्य घी को मंत्रों द्वारा संस्कारित करते हैं और पाँच-पाँच की पाँच आहुति देते हैं। अपने शास्त्र के अनुसार मंत्रों और प्रणव के साथ वे आहुति समर्पित करते हैं। इस प्रकार उत्पन्न अग्नि सभी कर्मों में सफलता प्रदान करती है। इंद्र आदि देवताओं को उनके-उनके मंत्रों से सौ-सौ आहुति दी जाती है। फिर यजमान अपनी आहुति घी के पात्र में रखता है और एकाग्रचित्त होकर पूर्ण आहुति देता है। यह देवताओं, प्राणियों और नागों के लिए, विधानानुसार किया जाता है। घी दोनों के लिए सहायक है, और जब वह उनके पात्र में हो तो प्रधान भी है। फिर ज्येष्ठसाम और भारुंड को पश्चिम दिशा की ओर ले जाया जाता है। प्रत्येक देवता को हजार-हजार आहुति देकर उन्हें सिर पर प्रतिष्ठित किया जाता है। सिर के विभिन्न स्थानों पर आहुति देकर, आचार्य क्रम से उनमें प्रवेश करते हैं। वे अपनी परंपरा के मंत्र या गायत्री मंत्र का भी प्रयोग कर सकते हैं। इस प्रकार आहुति की विधि पूर्ण कर, आचार्य मंत्रों का स्थापन करते हैं—‘अग्नि, आओ!’—दोनों जंघाओं पर; ‘देवता हमें कल्याण दें’—घुटनों पर; ‘तुम्हें दीर्घायु मिले’—हृदय पर; ‘तुम्हें तेज मिले’—कंठ पर; ‘सिर बनो’—सिर पर स्थापित करते हैं। इसके बाद वे होम करते हैं। ‘वेद’, ‘शुभ दिवस’ इत्यादि उच्चारण कर वे मंदिर की परिक्रमा करते हैं। दिशाओं के रक्षकों का, रत्नों, धातुओं और औषधियों सहित सम्मान करते हैं। वे न तो देवता का गर्भ में प्रतिष्ठापन करते हैं, न ही गर्भ का त्याग करते हैं। उत्तर दिशा से तिल की थोड़ी भूसी लाकर आचार्य देवता के लिए सविता के षडक्षरी मंत्र का स्थापन करते हैं। इसके बाद सिद्धि और स्थिरता के मंत्रों से प्रतिष्ठा करते हैं। दीप, धूप, सुगंधित द्रव्यों और नैवेद्य से पूजा करते हैं। पात्र, वस्त्रों की जोड़ी, छत्र और दिव्य अंगूठी भी अर्पित करते हैं। फिर यजमान एकाग्रचित्त होकर चौथी आहुति समर्पित करता है। आचार्य बाहर जाकर दिशाओं के रक्षकों को बलि अर्पित करते हैं। यज्ञ के अंत में, यजमान आचार्य को गौ और चामर दान करता है। साथ में पंखा, ग्रामवस्त्र, अन्य उपकरण और सुंदर मंडप भी देता है। प्रतिष्ठापक की कृपा से यजमान बंधनों से मुक्त हो जाता है।