મંત્રસ્થાપન અને પૂજાની વિધિ આરંભે, સાધક પહેલા પોતાના મધ્યમાં બે બીજાક્ષરો સ્થાપે છે, અને પછી એ જ બીજાક્ષરો શરીરના અંગો પર પણ મૂકે છે. હાથ, બાહુ, ઘૂંટણ અને પગ પર પણ આ બીજાક્ષરોની સ્થાપના કરવી કહેવામાં આવે છે. એ પછી, સર્વના સ્વામી, સર્વોચ્ચ અને નિર્મલ તત્ત્વરૂપ ભગવાનનું ધ્યાન કરવું જોઈએ. આ વિધિમાં પછી માથા, આંખો, સાંધા, ગળું અને હૃદય પર પણ બીજાક્ષરોની સ્થાપના થાય છે. છ પ્રકારના બીજાક્ષરો હાથ પર મૂકવા, પછી આખા શરીર પર તેનો સંચાર કરવો. હાથના મધ્યમાં આંખ માટેનું બીજાક્ષર મુકવું—આ limbs પર સ્થાપનાનો ક્રમ છે. પછી શિખા (ટોપી) માથાના શિખર પર અને કવચ આખા શરીર પર ધારણ કરવું. આથી દિશાઓનું બંધન કરવું અને વિધિ પ્રમાણે પૂજા શરૂ કરવી. ધર્મ, જ્ઞાન, વૈરાગ્ય અને ઐશ્વર્ય—આ ચાર ગુણોને યોગ્ય ક્રમમાં પોતાના શરીર પર આવરી લેવું, જેથી શરીર જ પૂજાનું આસન અને તત્ત્વ બની જાય. પછી સાધક આઠ પાંખડીઓવાળું કમળ, જે દિશાઓને અનુરૂપ છે, તેનું ધ્યાન કરે છે. વેદ અને અન્ય ગ્રંથોના મંત્રો સાથે, સૂર્ય, ચંદ્ર અને અગ્નિ તત્ત્વોના ધ્યાનમાં પ્રવેશ કરે છે. પછી પૂર્વ અને અન્ય દિશાઓમાં સ્થાપિત શક્તિઓનું ધ્યાન, જે કેશવના ક્ષેત્રમાં છે, તેનું ધ્યાન કરે છે. આ રીતે ધ્યાન અને પૂજા પછી, યોગાસનનું સ્થાન આવે છે. હૃદયથી શરૂ કરીને, પૂર્વ દિશા સહિત ચાર દિશાઓમાં, પાંખડીઓ સાથે જોડાયેલું ધ્યાન કરવું. સંકર્ષણ અને અન્ય દેવોના બીજાક્ષરો પણ પૂર્વથી ક્રમશઃ સ્થાપિત કરવાં. દક્ષિણ દ્વાર પર સુદર્શન ચક્ર, જે હજાર કિરણોવાળું છે, તેને સ્થાપવું. ઉત્તર દ્વાર પર ગદા અને ખૂણાઓ પર શંખની સ્થાપના કરવી. તેવી જ રીતે, તલવાર અને ચક્ર બંને બાજુઓ પર રાખવા. અન્ય શસ્ત્રો, જેમ કે વજ્ર, પણ એ જ રીતે ગોઠવવા. આ બધું ધ્યાન અને પૂજા કર્યા પછી, મુદ્રાઓ દર્શાવવી. ભક્તિભાવથી, હૃદય જોડીને, જમણો હાથ ઉંચો કરીને આ મુદ્રા કરવી. ડાબા હાથના અંગૂઠાને સીધો રાખવો કહેવામાં આવ્યું છે. નાની આંગળીથી શરૂ કરી, આઠ મુદ્રાઓ યોગ્ય ક્રમમાં બનાવવી. અંગૂઠાથી નાની આંગળી સુધી ત્રણ આંગળીઓ વાળી લેવી. પછી ડાબો હાથ ઉપર ઉંચો કરીને હળવે ફેરવવો. પછી બંને મુઠ્ઠીઓ આગળ લંબાવીને, એક પછી એક સીધી રેખામાં છોડી દેવી. પછી બંને મુઠ્ઠીઓને બંધ કરીને પણ એ જ રીતે કરવું. પહેલો, બીજો, પહેલાથી છેલ્લો અને છેલ્લો અક્ષર—આ પ્રમાણે મંત્રો છે: પ્રણવ, તત્, સત્, હું, ક્ષૌં, અને ભૂઃ. એના રંગ ક્રમશઃ સફેદ, લાલ, પીળો, વાદળી, શ્યામ અને ગુલાબી છે. કં, ટં, પં, શં, ગરુડ, સ્ય, જં, ખં, વં અને સુદર્શન—આ બીજાક્ષરો. ઘં, ઢં, ભં, ઙં, શ્રી, ગં, જં, વં, શં અને પુષ્ટિકા. છં, ઢં, પં, યં, કૌસ્તુભ, અનંત અને સ્વયં હું. ગરુડ કમળ જેવો દેખાય છે, ગદા શ્યામવર્ણની છે. શંખ પૂર્ણચંદ્ર જેવો છે, કૌસ્તુભ લાલિમા સાથે તેજસ્વી છે. માળા પાંચ રંગની છે, અનંત મેઘ જેવો છે. પછી, કમળને અક્ષિ ધરાવતાં ભગવાનના મંત્રથી અર્જ્ય, પાદ્ય વગેરે અર્પણ કરવું. પૂજાની ક્રમસૂચના માટે હવે પૂજાનું યોગ્ય ક્રમ જણાવવામાં આવે છે. યં, રં, વં, લં—આ રીતે શરીરનું શદ્ધિકરણ કરવું. આ રીતે, શાસ્ત્રોક્ત ક્રમમાં બીજાક્ષરોની સ્થાપના, દેહ-શુદ્ધિ, દિવ્ય શસ્ત્રો અને મુદ્રાઓ સાથે ભગવાનની પૂજા પૂર્ણ થાય છે.