আচার্য তখন পূজার প্রস্তুতি নিতে শুরু করলেন। প্রথমেই তিনি "ঔষধি" মন্ত্র উচ্চারণ করে পূজার পাত্রকে পবিত্র করলেন। এরপর সমুদ্রের জল দিয়ে দেববিগ্রহকে অভিষেক করে আবার অর্ঘ্য অর্পণ করলেন। শাস্ত্রবিধি অনুযায়ী সংগৃহীত বস্ত্র নিয়ে, "তুমি কিশোরী" এই বাক্য উচ্চারণ করে, "শম্ভুর জন্য" মন্ত্র বলে সেই বস্ত্রগুলি শয্যায় সাজিয়ে রাখলেন। এরপর আচার্য সর্বোচ্চ তত্ত্বে স্থিত থেকে মন্ত্র স্থাপন করলেন। দেবমূর্তিকে বস্ত্রে আবৃত করে স্বাভাবিকভাবে পূজা সম্পন্ন করলেন। এরপর ওঁকারসহ একজোড়া বস্ত্র দিয়ে দেবতাকে আবৃত করলেন। মণ্ডপের কাছে দাঁড়িয়ে তিনি অগ্নি প্রতিষ্ঠা করলেন। এরপর তিনি শ্রীসূক্ত, পবমান্য, বাসদাম্য ও অসবজিন স্তোত্র পাঠ করলেন। রুদ্র, পুরুষসূক্ত এবং শুক্তিয় স্তোত্র পাঠ করলেন, যথাযথ অধ্যায় ও ঋকের মাধ্যমে। বৈদিক ব্রত, বামদেব, জ্যেষ্ঠসামন ও রথন্তর স্তোত্র পাঠ করলেন। এছাড়াও, অথর্বশিরস এবং অথর্ববেদের কুম্ভসূক্ত পাঠ করলেন। এরপর আচার্য বিশেষভাবে অস্ত্রমন্ত্র দ্বারা বেদীকে ছিটিয়ে দিলেন। তিনি জাঠবেদস অগ্নিকে সামনে স্থাপন করলেন। তারপর সমস্ত মন্ত্রে অগ্নিকে অমৃতসম করে তুললেন। বৈষ্ণব যোগপদ্ধতিতে তিনি সর্বোচ্চ তেজ নিক্ষেপ করলেন। সাধারণ মন্ত্রে অথবা নিজ শাস্ত্রবিধিতে নির্ধারিত মন্ত্রে ব্রহ্মা, বিষ্ণু, হর ও ঈশান—এই দেবতাদের পূজা করলেন। এমনকি যাঁর মন্ত্র নেই, তিনিও কুশদূর্বা ও জল স্পর্শে পবিত্র হয়ে উঠলেন। যখন অগ্নিকে কুশদূর্বা দিয়ে বেষ্টিত করা হয়, তখন অগ্নি নিজেই সেখানে উপস্থিত হয়। কিছু আচার্য জন্মসংস্কার ইত্যাদির পরেই এই অগ্নি স্থাপন কামনা করেন। এরপর আচার্য মন্ত্রোচ্চারণে ঘৃতকে সংস্কারিত করলেন। তারপর পাঁচবার করে পাঁচবার—মোট পঁচিশবার ঘৃতাহুতি দিলেন, নিজ শাস্ত্র ও ওঁকারে নির্ধারিত মন্ত্রে। এভাবে উৎপন্ন অগ্নি সমস্ত কর্মে সিদ্ধি দানকারী হয়। ইন্দ্র ও অন্যান্য দেবতাদের জন্যও নিজ নিজ মন্ত্রে একশত করে আহুতি দিলেন। এরপর আচার্য নিজ আহুতি ঘৃতপাত্রে অর্পণ করলেন। একাগ্রচিত্তে পূর্ণ আহুতি প্রদান করলেন—এটি জীব, দেবতা ও নাগদের জন্য, যথাবিধি রীতিতে। ঘৃত—উভয়েরই অনুষঙ্গী এবং নিজ নিজ পাত্রে প্রধান উপাদান। এরপর জ্যেষ্ঠসামন ও ভারুণ্ড স্তোত্র পশ্চিমদিকে পরিচালিত করলেন। প্রতিটি দেবতাকে হাজার আহুতি দিয়ে তাঁদের মস্তকে প্রতিষ্ঠা করলেন। মস্তকের নির্দিষ্ট স্থানে আহুতি দিলেন এবং যথাক্রমে প্রবেশ করালেন। অথবা, দ্বিজগণ, তিনি নিজ শাস্ত্রবিধিতে নির্ধারিত মন্ত্র বা গায়ত্রী মন্ত্রও ব্যবহার করতে পারেন। এইভাবে আহুতি সম্পন্ন করে আচার্য মন্ত্র স্থাপন করলেন—"অগ্নি, এসো" দুই ঊরুতে; "দেবতারা আমাদের মঙ্গল করুন"—উরুতে; "দীর্ঘায়ু হও"—হৃদয়ে; "তোমার দীপ্তি হোক"—কণ্ঠে স্থাপন করলেন। "তুমি মস্তক হও"—মস্তকে স্থাপন করে হোম সম্পন্ন করলেন। "বেদ", "শুভদিন" এই শব্দ উচ্চারণ করে মন্দিরের চারিদিকে প্রদক্ষিণ করলেন। এরপর দিকপালদেবতা, রত্ন, ধাতু ও ঔষধিগুলিকেও যথাযথভাবে সম্মান জানালেন।