जब उपासक स्वयं को विष्णु से व्याप्त कर लेता है, तब वह विधिवत पूजा का आरंभ करता है, जैसे शरीर में सभी तत्त्व एकत्रित होते हैं, वैसे ही सभी तत्त्वों को देवता में एकीकृत करता है। इसके बाद, जैसा शास्त्र में बताया गया है, ‘ॐ’ प्रणव और ‘फट्’ से समापन वाली छिड़काव विधि करता है, जिससे सभी विघ्न दूर होते हैं और शुभता आती है। अब साधक सूर्य, चंद्र और अग्नि के मंडलों का ध्यान करता है, और कमल के मध्य में वायु और आकाश सहित भगवान विष्णु की प्रतिष्ठा करता है। फिर वह अपने हृदय को ‘ॐ’ के रूप में, तेजस्वी, सदा प्रकाशित, और परिपक्व कमल के भीतर स्थित, शाश्वत परमात्मा के रूप में ध्यान करता है। इसके बाद आठ अक्षरों वाले मंत्र को क्रम से स्थापित करता है; इसके पृथक और संयुक्त रूपों के साथ परम पूजा संपन्न होती है। फिर बारह अक्षर वाले मंत्र से शाश्वत प्रभु की पूजा करता है, और उस मंत्र को हृदय के भीतर स्थिर कर, बाहर भी प्रतिष्ठित करता है। अब वह चित्त में, कल्पना से परे, चित्त की गहराई में, चार भुजाओं वाले, अत्यंत शक्तिशाली, करोड़ों सूर्य के समान देदीप्यमान, महान योगी, शाश्वत और तेजस्वी स्वरूप वाले भगवान का ध्यान करता है, और मंत्र का क्रमशः आवाहन करता है। फिर, हृदय कमल के उत्तम आसन पर, कमल के आकार के सिंहासन पर, वह भगवान मधुसूदन से प्रार्थना करता है—“सभी प्राणियों के कल्याण के लिए, हे माधुसूदन! आप यहाँ विराजमान रहें।” अब वह श्रद्धा से प्रार्थना करता है—“ॐ, हे प्रभु! पद्मनाभ, शाश्वत विष्णु, कमलनयन मधुसूदन, आपके चरणों की पाद्य जल अर्पित करता हूँ, स्वीकार करें।” फिर कहता है—“हे महादेव! ब्रह्मा आदि देवताओं द्वारा तैयार किया गया मधुपर्क मैं भक्ति से आपको अर्पित करता हूँ, हे परम पुरुष, इसे स्वीकार कीजिए।” वह फिर कहता है—“मंदाकिनी की यह शुद्ध, पाप-नाशिनी, मंगलमयी जल मैं आपको आचमन के लिए भक्ति से अर्पित करता हूँ, स्वीकार करें।” और—“आप ही जल, पृथ्वी, प्रकाश और वायु हैं; हे जगन्नाथ! मैं आपको विधिपूर्वक स्नान कराता हूँ।” फिर वह प्रार्थना करता है—“हे केशव! आपके वस्त्र स्वर्ण के समान दमकते हैं, दिव्यता और यज्ञ चिह्नों से युक्त हैं।” “हे केशव! मैं आपके शरीर या आपके गमन को नहीं जानता; मैं आपको गंध अर्पित करता हूँ, कृपया इसे स्वीकार करें और धारण करें।” ऋग्वेद, यजुर्वेद और सामवेद के मंत्रों द्वारा, त्रैविध्य रूप में, ब्रह्मा से उत्पन्न, सावित्री के ग्रंथि से संयुक्त, वह आपको यज्ञोपवीत अर्पित करता है। “हे माधव! आपके अंग दिव्य रत्नों और अलंकारों से सुसज्जित हैं, जो अग्नि और सूर्य के समान प्रकाशमान हैं।” अब वह दिव्य, वनवृक्षों की सुगंध से युक्त, उत्तम धूप भक्ति से अर्पित करता है—“इसे स्वीकार करें।” फिर कहता है—“आपका प्रकाश सूर्य, चंद्र, बिजली और अग्नि के समान है; आप सभी प्रकाशों के भी प्रकाशस्वरूप हैं—यह दीप स्वीकार करें।” इसके पश्चात वह केशव को छह रसों से युक्त, चार प्रकार के अन्न भक्ति से अर्पित करता है। फिर मंडल के पूर्वी दल पर वासुदेव, दक्षिणी पर संकर्षण, पश्चिमी पर प्रद्युम्न और उत्तरी पर अनिरुद्ध की प्रतिष्ठा करता है। दक्षिण-पूर्व में वराह, दक्षिण-पश्चिम में नरसिंह, उत्तर-पश्चिम में माधव और उत्तर-पूर्व में त्रिविक्रम को स्थापित करता है। आठ अक्षरों वाले देवता के आगे गरुड़, बाईं ओर चक्र और दाईं ओर शंख रखते हैं। दाईं ओर गदा, और बाईं ओर शारंग धनुष को प्रतिष्ठित करते हैं। दाईं ओर दिव्य तरकश, बाईं ओर तलवार, दाईं ओर श्री तथा उत्तर में पुष्टि को स्थापित करते हैं। आगे वनमाला, फिर श्रीवत्स और कौस्तुभ, और हृदय व अन्य चिह्नों को चारों दिशाओं में सजाते हैं। फिर भगवान के दिव्य अस्त्रों को कोनों में, इंद्र, अग्नि, यम, निरृति और वरुण को भी स्थापित करते हैं। वायु, कुबेर, ईशान, अनंत तथा ब्रह्मा को तांत्रिक मंत्रों से ऊपर-नीचे प्रतिष्ठित करते हैं। इस प्रकार मंडल में स्थित देवाधिदेव जनार्दन की पूजा करके, मनुष्य अपनी मनोकामनाएँ अवश्य पूर्ण करता है—इसमें कोई संदेह नहीं। जो कोई जनार्दन को इस विधि से मंडल में पूजित देखता है, वह अविनाशी विष्णु में प्रवेश करता है। जो इस विधि से केशव की एक बार भी पूजा करता है, वह जन्म, मृत्यु और जरा से पार पाकर विष्णु के धाम को प्राप्त करता है। जो निरंतर अचल भक्ति से नारायण का स्मरण करता है, उसके लिए प्रतिदिन श्वेतद्वीप धाम निवास हेतु सुसज्जित होता है। वह नाम, जो ‘ॐ’ से प्रारंभ और नमस्कार से समाप्त होता है, ‘नमः’ से प्रकाशित है—वह सभी तत्त्वों का महामंत्र कहा गया है। इसी विधि से, एक-एक के लिए गंध और पुष्प आदि अर्पित करें, जैसा विधान है, उसी क्रम में। फिर, जैसा शास्त्र में बताया गया है, उसी क्रम से मुद्रा बनाएं, और मंत्रद्रष्टा मूल मंत्र का जप करें। एकाग्रचित्त होकर, अपनी शक्ति के अनुसार, २८, ८, १०८ बार या इच्छानुसार मंत्र का जप करें। कमल, शंख, श्रीवत्स, गदा, गरुड़, चक्र, तलवार और शारंग—ये आठ मुद्राएँ प्रसिद्ध हैं। अब वह प्रार्थना करता है—“जाओ, जाओ, हे प्राचीन परम पुरुष! उस परम धाम को प्राप्त करो, जहाँ ब्रह्मा आदि देवता भी पहुँचने की आकांक्षा करते हैं।” जो लोग मंत्रानुसार हरि की पूजा नहीं जानते, वे यहाँ मूल मंत्र से अच्युत की सदा पूजा करें। इस प्रकार, जब कोई भक्तिपूर्वक उस परम पुरुष की विधिपूर्वक पूजा कर लेता है, तो सिर झुकाकर समुद्र को भी संतुष्ट करता है। वह प्रार्थना करता है—“आप सभी प्राणियों के जीवन हैं, समस्त नदियों के स्रोत हैं, हे जलों के अधिपति, तीर्थराज! आपको नमस्कार, अच्युत के प्रिय, मेरी रक्षा करें।