मंदिरातील प्रतिष्ठा विधी अत्यंत पवित्र आणि शास्त्रबद्ध रीतीने पार पाडायची असते. या कार्याची सुरुवात गुरुने गर्भगृहाच्या मध्यभागी ध्यानधारणा करून करावी. तेथे पुरुषशक्तीचे ध्यान करावे, तिची पूजा करावी आणि प्रतिमेत भगवान हरि यांची स्थापना करावी, नंतर त्या ठिकाणी सर्व देवतांची विधिपूर्वक पूजा करावी. फुलं, गंध, इतर पूजनसामग्री यांचा उपयोग करीत, प्रत्येक अंग व आवरणांची योग्य क्रमाने पूजा करावी. द्वादशाक्षरी बीजमंत्रांनी केशव व इतर देवतांची पूजा केली पाहिजे. बारा तिरकस भागांच्या मंडलामध्ये, लोकपाल व इतर देवतांची पूजा करावी. नंतर प्रतिमेची गंध, फुलं इत्यादींनी पुनःपूजा करावी. पौरुषसूक्त व श्रीसूक्त यांच्या पठणाने पादपीठाची पूजा करावी. मूळापासून क्रमाने, वैष्णव अग्नी पाच प्रकारांनी जागृत करावा. वैष्णव मंत्रांनी अग्नीत होम करून, शांतीजल विधी करावी. ते जल प्रतिमेच्या शिखरावर शिंपडून, पुढील अग्नी आणण्याची क्रिया करावी. दक्षिण वेदीवरून "अग्नी अर्पण केला" असे म्हणत अग्नी आणावा. पूर्वी "अग्नी आह्वान करतो" असे म्हणत अग्नी आणावा. उत्तर दिशेकडेही "अग्नी आह्वान करतो" असे म्हणत अग्नी आणावा. अग्नी आणताना, "अग्ने, तूच खरा अग्नी आहेस" असा मंत्र उच्चारावा. प्रत्येक वेदीमध्ये एक हजार आठ पळसाच्या काड्या समिधा म्हणून अर्पण कराव्यात. तसेच, तांदूळ व इतर धान्य वेदमंत्रांनी अर्पण करावे. व्याहृती आणि बीजमंत्रांनी तिळमिश्रित तुपाचे आहुती द्याव्यात. नंतर तिन्ही मधुर पदार्थांनी शांतीहोम करावा. द्वादश मंत्रांनी पाय, नाभी, हृदय व शिर यांना स्पर्श करावा. तुप, दही व दूध अर्पण केल्यावर पुन्हा शिरास स्पर्श करावा. मग शिर, नाभी व पाय स्पर्श करून, गंगा, यमुना, गोदावरी व सरस्वती या चार नद्यांची स्थापना करावी. विष्णु गायत्रीने होम करावा, शिजवलेला तांदूळ गायत्री मंत्राने अर्पण करावा, बलि द्यावा आणि उत्तर दिशेला द्विजांना भोजन द्यावे. दिशांच्या पालकांना संतुष्ट करण्यासाठी गुरुजींना सोनं व गाय द्यावी. दिशा पालकांना बलि दिल्यावर रात्रभर जागरण करावे. "ब्रह्मगीता" व इतर स्तोत्रांच्या गजराने सर्व विधी पवित्र होतात. भगवान पुढे सांगतात—पादपीठ स्थापनेसाठी गर्भगृह सात भागांत विभाजित करावे. ब्रह्मा भागातच बुद्धिमानाने प्रतिमा स्थापावी. देव, मानव किंवा पिशाच्चांच्या भागात कधीही प्रतिमा ठेवू नये. ब्रह्मा भागाचा थोडाही त्याग टाळावा. पादपीठ देव व मानव भागात काळजीपूर्वक स्थापित करावे. नपुंसक शिलेसाठी रत्नांची स्थापना करावी. नृसिंह मंत्रांनी होम करून, नंतर रत्न, तांदूळ, दोरे, तीन धातू, लोखंड व चंदन इत्यादी पदार्थ ठेवावेत. पूर्व दिशेपासून नव खड्ड्यात व मध्यभागी इच्छेनुसार हे पदार्थ ठेवावेत. इंद्रादी मंत्रांनी खड्ड्यावर गूगुळ ठेवून आच्छादित करावे. रत्नस्थापनेच्या विधीनंतर गुरुने कुशांच्या काड्यांनी, देव व त्यांच्या गणांसह प्रतिमेला स्पर्श करावा. आतून व बाहेरून शुद्ध करून, पंचगव्याने स्नान घालावे. कुशांच्या पाण्याने व नदीच्या तीरावरील पाण्याने शिंपडावे. होमासाठी अर्ध हातभर, चौकोनी व सुंदर वाळूचे वेदी तयार करावे. आठ दिशांना कलश मांडावेत. "पूर्व" पासून सुरू होणाऱ्या आठाक्षरी मंत्राने अग्नी आणावा व प्रतिष्ठित करावा. "त्वमग्ने द्यु" या गायत्री छंदातील मंत्राने समिधा अर्पण करावी. आठाक्षरी मंत्राने एकशेआठ वेळा तुप अर्पण करावे. एकशे मंत्रांनी पवित्र जल आंब्याच्या पानांनी व डहाळ्यांनी देवतेच्या शिरावर शिंपडावे. "श्रीश्च ते" या मंत्राने हे करावे. ब्रह्ममंत्राने उचलून "उठ, वाणीच्या अधिपती" असे म्हणावे. "तद् विष्णोः" मंत्राने देवतेला मंदिराकडे नेताना मुख पूर्वेकडे असावे. हरि यांना पालखीत बसवून, गाणे, वेदपठण व विविध वाद्यांच्या गजरात नगरप्रदक्षिणा करावी. नंतर मंदिराच्या प्रवेशद्वारी स्थापन करावे. स्त्रिया व ब्राह्मणांसह आठ मंगलकलशांनी हरि यांचे अभिषेक करावे. नंतर चंदन व इतर द्रव्यांनी पूजा करून, गुरुने बीजमंत्राचा जप करावा. "अतो देवे" म्हणत वस्त्र व इतर आठ प्रकारचे अर्घ्य अर्पण करावे. शुभमुहूर्तावर "देवस्य त्वा" म्हणत देवतेला पादपीठावर स्थापित करावे. "ॐ, त्रिविक्रमाला, जो त्रिलोकांमध्ये विहार करतो, नमस्कार" असे म्हणत बुद्धिमानाने देवतेला पादपीठावर दृढपणे स्थापित करावे. "ध्रुवा द्यौर्" व "विश्वतश्चक्षुर्" या मंत्रांनी पंचगव्याने स्नान करावे, नंतर सुगंधित पाण्याने शुद्धी करावी. पूजा पूर्ण केल्यावर, सर्व अंग व गणांसह हरि यांचा सन्मान करावा. स्वतःच्या रूपाला हरि रूप समजावे आणि पृथ्वीला त्यांचे आसन मानावे. हरि यांचे दुसरे तेजस्वी अणुरूप मनात कल्पावे आणि पंचवीस तत्त्वांनी युक्त जीवतत्त्वाचा आह्वान करावे. हे तत्त्व म्हणजे चैतन्य, परमानंद, जागृती व स्वप्नरहित, देह, इंद्रिये, मन, बुद्धी, प्राण व अहंकार यांचा अभाव असलेले. ब्रह्मापासून गवताच्या काडीपर्यंत सर्वांच्या हृदयात वास करणारे, हृदयातून प्रतिमेत प्रवेश करणारे—हे परमेश्वरा, तू येथे दृढ हो. प्रतिमेला प्राणप्रतिष्ठा दे, तूच अद्वितीय ब्रह्म आहेस. प्राणप्रतिष्ठा करून प्रणव मंत्राने उपदेश करावा. प्रकाश, ज्ञान, सर्वोच्च ब्रह्म—हे अद्वितीय! प्राणप्रतिष्ठा करून प्रणवाने उपदेश करावा. "संनिधापन" या विधीसाठी हृदयाला स्पर्श करत, पुरुषसूक्ताचा ध्यानपूर्वक जप करावा व हा गुप्त मंत्र उच्चारावा— "देवताधिपतीस वंदन, समाधान व समृद्धीचे मूळ, ज्ञानस्वरूप, ब्रह्मतेजाचा अनुयायी." "गुणांपलीकडील, परमपुरुष, महान आत्मा, अविनाशी, सनातन—हे विष्णो, येथे साक्षात्कारी हो." अशा पवित्र विधीने, श्रद्धा व भक्तीने देवतेची प्रतिष्ठा पूर्ण होते.