വിശുദ്ധമായ ആചാരക്രമം അനുസരിച്ച്, ആദ്യം ശിവനെ ഒരു സ്ഥിരമായ സിംഹാസനത്തിൽ പാത്രത്തിന്മേൽ സ്ഥാപിക്കണം. ആയുധത്തിനായി നിശ്ചിതമായ സീറ്റ് ഒരുക്കി, മുമ്പ് ചെയ്തതുപോലെ പൂജ ചെയ്ത് ഉദ്ഭവമുദ്രയാൽ അതിനെ സ്പർശിക്കണം. “ഹേ ലോകനാഥാ, ഭക്തന്മാരോടുള്ള കാരുണ്യത്താൽ എന്റെ യജ്ഞത്തെ രക്ഷിക്കണമേ” എന്ന് സംരക്ഷണത്തിനായി ഈ മന്ത്രങ്ങൾ ചൊല്ലി, ഖഡ്ഗം അഥവാ വാളിനെ പാത്രത്തിൽ സ്ഥാപിക്കണം. ദീക്ഷയും പ്രതിഷ്ഠയും നടക്കുമ്പോൾ, പാത്രത്തിന്മേലോ, നിലത്തോ, മണ്ഡലത്തിലോ, ദേവന്മാരുടെ നാഥനായ ശിവനെ മണ്ഡലത്തിൽ പൂജിച്ച്, അഗ്നികുണ്ടിന്റെ അടുത്തേക്ക് പോകണം. അഗ്നികുണ്ടിന്റെ നാഭി മുൻവശത്ത് വച്ച്, പ്രതിഷ്ഠിച്ച പ്രതിമകളും ഒരുക്കി, ഗുരുവിന്റെ നിർദേശപ്രകാരം ഓരോരുത്തരും തങ്ങളുടെ അഗ്നികുണ്ടുകളിൽ കർമ്മങ്ങൾ നടത്തണം. മന്ത്രം ജപിക്കുന്നവർ എണ്ണമനുസരിച്ച് ജപിക്കണം; മറ്റ് ചിലർ സംഹിത ചൊല്ലണം; ഓരോ ബ്രാഹ്മണനും തങ്ങളുടെ ശാഖയിൽ പ്രാവീണ്യം നേടിയവർ ശാന്തി സൂക്തങ്ങൾ ചൊല്ലണം. ഋഗ്വേദപാരായണർ കിഴക്കോട്ട് ഇരുന്ന് ശ്രീസൂക്തം, പാവമാനീ, മൈത്രക, വൃഷാകപി എന്നീ സൂക്തങ്ങൾ ചേർത്ത് ചൊല്ലണം. സാമവേദപാരായണർ തെക്കോട്ട് ഇരുന്ന് ദേവവ്രത, ഭാരുണ്ഡ, ജ്യേഷ്ഠസാമൻ, രഥന്തര, പുരുഷ, ഗീതിസാമങ്ങൾ ചൊല്ലണം. യജുർവേദപാരായണർ പടിഞ്ഞാറോട്ട് ഇരുന്ന് രുദ്ര, പുരുഷസൂക്തം, ആദിമന്ത്രങ്ങൾ, ബ്രാഹ്മണ ഭാഗം എന്നിവ ചൊല്ലണം. ഉത്തരദിശയിൽ അഥർവവേദപാരായണർ നീലരുദ്രം, സൂക്ഷ്മം, അതിസൂക്ഷ്മം, അഥർവശീർഷം എന്നിവ ചൊല്ലണം. ഗുരു അഗ്നി തെളിച്ച് ഓരോരുത്തർക്കും വ്യത്യസ്തമായ അഗ്നികുണ്ടുകൾ നിർദേശിക്കണം. കിഴക്കോട്ട് നിന്ന് തുടങ്ങിയുള്ള അഗ്നികുണ്ടുകളിൽ ക്രമമായി ഹവിസുകൾ വിതരണം ചെയ്യണം. ധൂപം, ദീപം, പാചകനൈവേദ്യം അർപ്പിച്ച് അഗ്നി തെളിയിക്കണം; മുമ്പ് ചെയ്തതുപോലെ ശിവനെ പുഷ്പാദികളാൽ പൂജിച്ച്, അഗ്നിയിൽ ശിവനു ഹോമം നടത്തണം. ശുഭമായ സ്ഥലം, സമയമൊക്കെ അനുകൂലമായപ്പോൾ, ദോഷങ്ങൾ അകറ്റാൻ മന്ത്രജ്ഞൻ ഹോമം നടത്തണം; പിന്നെ പൂർണ്ണവും ശുഭവുമായ ഹവനം അർപ്പിക്കണം. മുമ്പ് ചെയ്തതുപോലെ പാചകനൈവേദ്യം ഒരുക്കി ഓരോ അഗ്നികുണ്ടിലും അർപ്പിക്കണം; യജമാനന്മാർ അലങ്കരിച്ച് സ്നാനമണ്ഡപത്തിലേക്ക് പോകണം. ശിവനെ ശുഭാസനത്തിൽ ഇരുത്തി, അല്പം തട്ടി മറച്ച്, മണ്ണ്, കുങ്കുമം കലർന്ന വെള്ളത്തിൽ സ്നാനം നടത്തണം. പശുവിന്റെ മൂത്രം, പശുവിന്റെ എരിവ്, വെള്ളം, ചൂട്, സുഗന്ധജലം, രക്ഷാമന്ത്രജലം എന്നിവയാൽ ക്രമമായി സ്നാനം നടത്തണം. ഗുരു, പ്രതിമകളുമായി ചേർന്ന്, ധർമമന്ത്രങ്ങൾ ജപിച്ചുകൊണ്ട് മഞ്ഞൾ നിറമുള്ള വസ്ത്രം അണിയിച്ച് ശുദ്ധീകരണം നടത്തണം. വെള്ള പുഷ്പങ്ങളാൽ പൂജിച്ച്, അവരെ വടക്കൻ വേദിയിൽ എത്തിച്ച്, ഇരിപ്പിടവും കിടക്കയും ഒരുക്കണം. കുങ്കുമം പുരട്ടിയ നൂൽ കൊണ്ട് ഭാഗങ്ങൾ വേർതിരിച്ച്, സ്വർണ്ണദണ്ഡംകൊണ്ട് കണ്ണുകൾക്ക് രേഖ വരയ്ക്കണം. ശേഷം കണ്ണിൽ അഞ്ജനം പുരട്ടണം; നിശ്ചിത ക്രമത്തിൽ പ്രാവീണ്യമുള്ള ശില്പി ശുഭചിഹ്നം ഉപകരണത്തോടെ ഉയർത്തണം. മൂന്നിലൊന്നു, അര, അഥവാ കാൽഭാഗത്തിന്റെ പാതി എന്നിങ്ങനെ, എല്ലാ അഭിലാഷങ്ങളും നിറവേറ്റാൻ ശുഭചിഹ്നം സ്ഥാപിക്കണം. ലിംഗത്തിന്റെ നീണ്ട ഭാഗം മൂന്നു ഭാഗം ആയി വിഭജിച്ച്, ശരീരാനുപാതത്തിൽ ശുഭചിഹ്നത്തിന്റെ വീതി അളക്കണം. ഒമ്പതിൽ എട്ടു യവം ഉപയോഗിച്ച്, കൈ ചുറ്റി, രേഖയുടെ ആഴവും വീതിയും അളക്കണം. ഇങ്ങനെ, ഓരോ എട്ടിൽ ഒരു ഭാഗം കൂട്ടിച്ചേർത്ത്, ഒരു മുക്കാൽ കൈ നീളമുള്ള ലിംഗത്തിൽ ഭൂമി എട്ടു യവം വീതിയും ആഴവുമുള്ളതാക്കണം. ശൈവലിംഗങ്ങളിൽ, ഉയരം അടി പ്രകാരം അളക്കുമ്പോൾ, വീതി യവം കൂട്ടിച്ചേർത്ത് നിശ്ചയിക്കണം. ആഴവും വീതിയും മൂന്നിലൊന്ന് കൂട്ടിച്ചേർത്ത് രേഖ വരയ്ക്കണം; അടിയിൽ നിന്ന് മുകളിലേക്ക് മുഴുവൻ ലിംഗം സൂക്ഷ്മമായി രൂപപ്പെടുത്തണം. ശുഭചിഹ്നത്തിന്റെ പ്രദേശം എട്ടു ഭാഗം ആയി വിഭജിച്ച്, മുകളിൽ രണ്ട് ഭാഗം, ഇടയിൽ ആറിൽ ഒരു ഭാഗം, രണ്ടഭാഗം താഴെ വിട്ട് രേഖ വരയ്ക്കണം. പിന്നിൽ മൂന്ന് രേഖകൾ ചേർത്ത് ചിഹ്നം വരയ്ക്കണം; രത്നലിംഗത്തിൽ സ്വർണ്ണത്തിൽ ചെയ്താൽ, ചിഹ്നം രണ്ട് യവം വീതിയുള്ളതാവണം. ഇവയുടെ യഥാർത്ഥ രൂപം ചിഹ്നങ്ങൾ കൊണ്ടാണ് അറിയപ്പെടുന്നത്; രത്നങ്ങളിൽ പ്രകാശം ശുദ്ധമാണ്. മുഖത്ത് കണ്ണ് തുറന്നു വരയ്ക്കുന്നത് സാന്നിധ്യത്തിന്റെ അടയാളമാണ്. രേഖകളും ചിഹ്നങ്ങളും എടുത്തെടുക്കാൻ നെയ്യും തേനും ഉപയോഗിച്ച്, മൃത്യുഞ്ജയമന്ത്രം ജപിച്ച്, ശില്പത്തിലെ ദോഷങ്ങൾ അകറ്റണം. മണ്ണ് മുതലായവയാൽ ലിംഗം സ്നാനമെടുത്ത് പൂജിച്ച്, ശില്പികളെ സന്തോഷിപ്പിച്ച്, ഗുരുക്കൾക്ക് പശുക്കൾ ദാനം ചെയ്യണം. ലിംഗത്തെ ധൂപം മുതലായവയാൽ ആദരിക്കണം; യജമാനന്റെ ഭാര്യകൾ വലത്തോ ഇടത്തോ നൂൽ, അല്ലെങ്കിൽ കുശഗ്രാസം ഉപയോഗിച്ച് പാടണം. വർണ്ണം ഓർത്തുകൊണ്ട്, അത് അർപ്പിച്ച് ശുദ്ധീകരണാദികർമ്മങ്ങൾ നടത്തണം; വെള്ളം, ഉപ്പ്, ധാന്യങ്ങൾ എന്നിവ ദാനം ചെയ്ത് അവരെ വിടവാങ്ങിക്കണം. ഗുരുവിന്റെ രൂപമുള്ളവർ കൂടെയോ, ഹൃദയത്തോടോ, പ്രണവമന്ത്രത്തോടോ, മണ്ണ്, പശുവിന്റെ എരിവ്, പശുവിന്റെ മൂത്രം, ചൂട്, മറ്റു ജലങ്ങൾ എന്നിവ ഉപയോഗിക്കണം. പഞ്ചഗവ്യത്തിൽ, അതിന് മുൻപായി അഞ്ചു അമൃതങ്ങളിൽ, അഥവാ ഔഷധകഷായങ്ങളാലോ, എല്ലാ ഔഷധജലങ്ങളാലോ ശുദ്ധീകരണം നടത്താം. വിശുദ്ധമായ പുഷ്പങ്ങൾ, പഴങ്ങൾ, പൊന്നു, രത്നങ്ങൾ, കൊമ്പ്, യവജലം, ആയിരം പ്രവാഹങ്ങൾ, ദിവ്യ ഔഷധജലം എന്നിവ ഉപയോഗിക്കണം. തീർഥജലം, ഗംഗാജലം, ചന്ദനജലം, ക്ഷീരസാഗരത്തിൽ നിന്നുള്ള കലശം, ശിവപാത്രത്തിൽ നിന്നുള്ള ജലം എന്നിവകൊണ്ടും ശുദ്ധീകരണം നടത്തണം. ചന്ദനാദിസുഗന്ധവസ്തുക്കളാൽ അഭിഷേകം ചെയ്യണം; ബ്രാഹ്മണന്മാരോടും, പുഷ്പങ്ങളോടും, കാവചത്തോടും, ചുവന്ന വസ്ത്രത്തോടും പൂജിക്കണം. ചുവന്ന രൂപത്തിൽ ദീപാരാധന നടത്തണം; കാവചചിഹ്നം ചെയ്ത ശേഷം, നെയ്യും വെള്ളവും പാലും കുശഗ്രാസം, നൂൽ മുതലായവ ഉപയോഗിച്ച് അർപ്പണം നടത്തണം. വസ്തുക്കളും, സൂക്തങ്ങളും, സ്തുതികളും ഉപയോഗിച്ച്, തൃപ്തനായ ലിംഗത്തെ പുരുഷമന്ത്രം ജപിച്ച് പൂജിക്കണം; ഹൃദയത്തിൽ ഭഗവാനെ നമസ്കരിച്ച്, “ഉത്തിഷ്ഠ ഭഗവൻ” എന്നുവിളിക്കണം.