चारों कोनों में विधिपूर्वक संस्कार करते हुए, सबसे पहले मंडप का शुद्धिकरण किया गया। इसके लिए कुशा घास और अन्य आवश्यक सामग्रियाँ बिखेरी और फिर एकत्रित की गईं। इसके पश्चात्, वहाँ उग आई पवित्र घास पर आसन बनाए गए और पूर्ववत् स्थल तथा अन्य देवताओं का पूजन किया गया। स्थिर आसनों पर शिव-पात्र और वृद्धि-पात्र की भी पूजा की गई। अब, विश्व के दिक्पालों को, उनकी-उनकी दिशाओं में पात्रों पर स्थित कल्पना की गई। इन्द्र, सहस्त्र नेत्रों वाले, वज्र धारण किए हुए, ऐरावत हाथी पर आरूढ़, स्वर्ण मुकुट से विभूषित रूप में ध्यान किए गए। अग्नि देव को सात ज्वालाओं से युक्त, हाथ में जपमाला और कमंडलु, अग्नि की माला से सुशोभित, लाल वर्ण, भाला धारण किए और बकरे पर विराजमान रूप में स्मरण किया गया। यमराज को भैंसे पर खड़े, दंड धारण किए, कालाग्नि स्वरूप में और नैऋत्य को लाल नेत्रों वाले, गधे पर आरूढ़, तलवार लिए हुए रूप में स्मरण किया गया। वरुण को श्वेत वर्ण, मगर पर बैठे, नागपाश धारण किए; वायु को नील वर्ण, मृग पर आरूढ़ तथा कुबेर को मेघ पर स्थित रूप में ध्यान किया गया। शिवजी को त्रिशूलधारी, वृषभ पर विराजमान; विष्णु को चक्रधारी, कच्छप और अनन्त पर स्थित; तथा ब्रह्मा को चार मुख, चार भुजाओं वाले, हंस पर सवार रूप में मन में स्थापित किया गया। स्तंभों के मूल, पात्रों और वेदिका पर धर्म आदि देवताओं की पूजा की गई; दिशाओं में, कुछ लोग अनन्त आदि का भी पात्रों पर पूजन करते हैं। फिर, शिव के आदेश का उच्चारण किया गया। पात्र को अपनी पीठ के चारों ओर घुमाया गया और पूर्ववत् पहले पात्र, फिर वृद्धि-पात्र को स्थापित किया गया। शिव को स्थिर आसन पर प्रतिष्ठित किया गया, शस्त्र के लिए भी निश्चित आसन बनाया गया; पूजन के पश्चात् उसे उत्पत्ति-मुद्रा से स्पर्श किया गया। तत्पश्चात्, प्रार्थना की गई—"हे जगन्नाथ! भक्तों पर दया करके मेरे यज्ञ की रक्षा करो।" यह रक्षा-मंत्र उच्चारित करके, तलवार को पात्र में स्थापित किया गया। दीक्षा और प्रतिष्ठा के समय, पात्र, भूमि या मंडल में, देवाधिदेव की पूजा कर, वेदी के समीप जाने का विधान किया गया। अग्निकुंड का नाभि भाग आगे रखते हुए, प्रतिमाएँ स्थापित की गईं। आचार्य के आदेश पर, सबने अपने-अपने अग्निकुंड में कृत्य किए। जो पाठक थे, वे गिनती के अनुसार मंत्रों का जप करने लगे; अन्य लोग संहिता का पाठ करने लगे; वेदों में पारंगत ब्राह्मणों ने शांति-पाठ किया। ऋग्वेदी पूर्व दिशा में श्रीसूक्त, पावमानी, मैत्रक, वृषाकपि आदि ऋचाओं का पाठ करते हैं। सामवेदी दक्षिण दिशा में देवव्रत, भारुंड, ज्येष्ठसामन, रथंतर, पुरुष और गीति स्तोत्रों का पाठ करते हैं। यजुर्वेदी, विशेषतः पश्चिम दिशा में, रुद्र, पुरुषसूक्त, प्रारंभिक मंत्र और ब्राह्मण का पाठ करते हैं। उत्तर दिशा में अथर्ववेदी, नीलरुद्र, सूक्ष्म और अति-सूक्ष्म स्तोत्र तथा अथर्वशीर्ष का पाठ करते हैं। गुरु अग्नि प्रज्वलित करते हैं और प्रत्येक के लिए पृथक् अग्निकुंड निश्चित करते हैं। पूर्व दिशा से आरंभ कर, क्रमशः भाग वितरित किए जाते हैं। धूप, दीप और पक्व नैवेद्य अर्पित किया जाता है, फिर अग्नि प्रज्वलित कर, पूर्ववत् शिव का पूजन और मंत्रों सहित पवित्र अग्नि में शिव को हवि समर्पित की जाती है। शुभ स्थान, समय आदि सुनिश्चित कर, अशुभ शकुनों की शांति के लिए, मंत्रवेत्ता होम करते हैं और पूर्ण, शुभ नैवेद्य अर्पित करते हैं। फिर, पूर्ववत् पक्व नैवेद्य बनाकर, प्रत्येक अग्निकुंड में अर्पित किया जाता है। यजमान, अलंकरण से युक्त होकर, स्नान-मंडप की ओर जाते हैं। भगवान् को शुभ आसन पर प्रतिष्ठित कर, स्पर्श कर आवरण दिया जाता है, फिर मिट्टी और केसर जल से स्नान कराते हुए पूजन किया जाता है। गौमूत्र, गोबर, जल, भस्म, सुगंधित जल और रक्षा-मंत्र से अभिमंत्रित जल से स्नान कराया जाता है। गुरु, प्रतिमाओं सहित, विधिपूर्वक शुद्धिकरण करते हैं; धर्म-मंत्रों के जप से पवित्र पीले वस्त्र से उन्हें आवृत करते हैं। श्वेत पुष्पों से पूजन कर, उन्हें उत्तर वेदी की ओर ले जाते हैं; वहाँ आसन और शय्या देकर प्रतिष्ठित करते हैं। गुरु केसर-लेपित सूत्र से विभाजन करते हैं और स्वर्ण-दंड से विधिपूर्वक नेत्रों का अंकन करते हैं। फिर, नेत्रों में अंजन लगाते हैं; योग्य शिल्पी विधिपूर्वक शुभ चिह्न को यंत्र से उठाते हैं। एक-तिहाई, आधा, चतुर्थांश का अर्धांश या उसका भी अर्धांश लेकर, सभी इच्छाओं की पूर्ति के लिए शुभ चिह्न स्थापित किया जाता है। लिंग के दीर्घ भाग को तीन भागों में विभाजित कर, जहाँ-जहाँ आवश्यक, लिंग के अनुसार शुभ चिह्न की चौड़ाई मापी जाती है। नौ भाग में से आठ जौ लेकर, हाथ घेरते हुए, शुभ रेखा की गहराई और चौड़ाई मापी जाती है। इस प्रकार, एक-आठांश बढ़ाते हुए, डेढ़ हाथ के लिंग में पृथ्वी आठ जौ चौड़ी और गहरी होनी चाहिए। इसी तरह, एक-आठांश बढ़ाकर, नौ हाथ पर भी यही अनुपात रहता है। शैव लिंगों में, पाद से ऊँचाई मापते हुए, जौ के बढ़ते अनुपात से हर जगह शुभ चिह्न की चौड़ाई निश्चित की जाती है। एक-तिहाई बढ़ाकर, गहराई और चौड़ाई में रेखा बनाई जाती है; कुल मिलाकर, मूल से शिखर तक लिंग सूक्ष्म होना चाहिए। शुभ चिह्न के क्षेत्र को आठ भागों में विभाजित कर, ऊपर दो शुभ भागों में, बीच में छठा भाग रखते हुए, नीचे दो भाग छोड़ना चाहिए। पीछे तीन रेखाएँ जोड़कर चिह्न बनाना चाहिए; रत्नमय लिंग में, यदि वह स्वर्ण का हो, तो चिह्न दो जौ चौड़ा होना चाहिए। इन चिह्नों से ही उनका सत्य रूप जाना जाता है; रत्नों में तेजस्विता शुद्ध मानी जाती है। प्रतिमा के मुख पर नेत्रों का उद्घाटन ही उसकी उपस्थिति का संकेत है। चिह्न और रेखाएँ निकालने के लिए घी और शहद का प्रयोग किया जाता है; फिर मृत्युंजय मंत्र से पूजन कर, शिल्प की दोष-शुद्धि की जाती है।