मंदिर निर्माण की पवित्र प्रक्रिया में, प्रथम चरण में लिंग के लिए प्रयुक्त पत्थरों की व्यवस्था अत्यंत विधिपूर्वक की जाती है। ये पत्थर, जो चरण आदि अंगों के नाम से अभिहित होते हैं, आठ अंगुल चौड़े, वर्गाकार और सुंदरता से तराशे हुए होने चाहिए। यदि मंदिर पत्थर का है तो पत्थर की सिलाएँ उपयोग में लाई जाती हैं, और यदि ईंट का मंदिर हो तो ईंटें ली जाती हैं—इनकी ऊँचाई पत्थर की अपेक्षा आधी होती है। इन पत्थरों पर नौ मुखों और अन्य चिह्नों के साथ कमल की आकृतियाँ बनाई जाती हैं। नंदा, भद्रा, जया, रिक्ता और पूर्णा, ये पाँच प्रधान माने जाते हैं। कमल, महाकमल, शंख, मकर और समुद्र—ये पाँच रत्न-कुंभ कहलाते हैं, जिन्हें नीचे क्रम से स्थापित किया जाता है। नंदा, भद्रा, जया, पूर्णा, अजिता, अपराजिता, विजय, मंगला और धरणी—ये नौ पत्थर माने गए हैं। इनके अतिरिक्त सुभद्रा, विभद्रा, सुनंदा, पुष्पनंदक, जया, विजय, कुंभ, पूर्ण और उत्तर—ये भी अन्य नव कुंभ हैं। ये सभी नौ रत्न-कुंभ विधिपूर्वक, आसन स्थापित कर चिह्नित किए जाते हैं और तीर से स्पर्शित किए जाते हैं। इन सभी को तीन वस्त्रों से ढंकना चाहिए, फिर मिट्टी, गोबर, गोमूत्र, काढ़ा और सुगंधित जल से शुद्ध किया जाता है। 'हूं फट्' अस्त्र-मंत्र से स्नान कराते हुए पंचगव्य और पंचामृत से अभिषेक किया जाता है। इसके बाद सुगंधित जल से आंतरिक स्नान कर, प्रत्येक को उनके नाम से चिह्नित किया जाता है, फिर फलों, रत्नों, स्वर्ण और गौ-श्रृंग के जल से स्नान कराया जाता है। स्नान के पश्चात पत्थर को चंदन से अभिषिक्त कर वस्त्रों से ढंकते हैं और स्वर्ण के आसन की स्थापना कर उसे यज्ञ-मंडप में दक्षिणावर्त घुमाते हैं। फिर उसे हृदय सहित कुशा के पलंग या आसन पर स्थापित कर पूजन करते हैं, और विवेकपूर्वक पृथ्वी से लेकर परम तत्त्व तक के तत्त्वों की संग्रह-व्यवस्था करते हैं। तीन विभागों में व्याप्त त्रैतीय तत्त्वों की क्रमबद्ध व्यवस्था की जाती है—बुद्धि से मन तक, विचार और सूक्ष्म तत्त्वों की मर्यादा में। सूक्ष्म तत्त्व से लेकर पृथ्वी तक, जिनका स्वरूप शिव-ज्ञानमय है, उनकी उपस्थिति स्थापित कर हृदय में अपने-अपने मंत्र से तत्त्वों और उनके अधिपतियों का पूजन किया जाता है। फूलों की मालाओं और अन्य चिह्नों से युक्त स्थानों पर क्रम से—'ॐ हूं, शिवतत्त्व को नमः; ॐ हूं, रुद्र को, जो शिवतत्त्व के अधिपति हैं, नमः; ॐ हां, ज्ञानतत्त्व को नमः; ॐ हां, विष्णु को, जो ज्ञानतत्त्व के अधिपति हैं, नमः; ॐ हां, आत्मतत्त्व को नमः; ॐ हां, ब्रह्मा को, जो आत्मतत्त्व के अधिपति हैं, नमः'—इत्यादि मंत्रों से पूजन किया जाता है। फिर पृथ्वी, अग्नि, यजमान, सूर्य, जल, वायु, चंद्र आदि का स्मरण होता है। प्रत्येक तत्त्व के लिए आठ-आठ रूप पत्थरों में स्थापित किए जाते हैं—ये सभी पशुपति, उग्र रुद्र, भव और ईश्वर के रूप हैं। महादेव, भीम और उनके रूपों के विभागों को क्रम से—'ॐ, पृथ्वी रूप को नमः; ॐ, पृथ्वी के अधिपति को नमः'—इन मंत्रों से लोकपालों का पूजन किया जाता है। स्थापना के उपरांत उन्हीं मंत्रों या अपने बीजाक्षरों से कुंभों का पूजन किया जाता है। इन्द्र आदि के लिए 'लूं, रूं, शूं, पूं, वूं, यूं, मूं, हूं, क्षूं'—ये नव-पत्थर व्यवस्था है। पत्थर की पांच भेद भी होती है, प्रत्येक तत्त्व में सृष्टि के क्रम से पांच रूपों की व्यवस्था की जाती है—पृथ्वी से प्रारंभ कर ब्रह्मा, विष्णु, रुद्र, ईश्वर और सदाशिव—इन पांच रूपाधिपतियों का पूजन किया जाता है। 'ॐ, पृथ्वी रूप को नमः; ॐ, ब्रह्मा को, जो पृथ्वी रूप के अधिपति हैं, नमः'—इन मंत्रों द्वारा पांचों कुंभों का नामानुसार पूजन कर, मध्यस्थ पत्थर से प्रारंभ कर विधिपूर्वक उन्हें सील किया जाता है। फिर मंत्र द्वारा, कुश और तिल से सीमा रेखा बनाई जाती है, अग्निकुंडों में शक्ति स्थापित कर, पूजन और हवन किया जाता है। तत्त्वों और उनके अधिपतियों का घृत आदि से पूजन कर, ब्रह्मा भाग की शुद्धि हेतु ब्रह्मा मंत्रों से मूल और अंगों का क्रमशः अभिषेक किया जाता है। सौ या अधिक संख्या तक पूर्ति कर, शांति के लिए जल से पत्थरों का छिड़काव होता है, फिर कुश से स्पर्श कर प्रत्येक तत्त्व का क्रम से पूजन किया जाता है। स्थिरता और संबंध स्थापित कर, पुनः शुद्धि और अभिषेक किया जाता है; इस प्रकार तीन विभागों में यह अनुष्ठान बार-बार संपन्न किया जाता है। 'ॐ आं ईं, आत्म और ज्ञान तत्त्व को नमः'—इन मंत्रों से कुश के मूल से तीन ब्रह्मा-अंगों का स्पर्श कर, तत्त्वों का संक्षिप्त और विस्तारपूर्वक ध्यान किया जाता है। 'ॐ हां उम, ज्ञान और शिव तत्त्व को नमः'—इन मंत्रों से घृत और मधु से रत्नजटित ताम्रपात्रों को भरकर, लोकपालों के अधिपतियों का पंचगव्य और अर्घ्य से छिड़काव किया जाता है। अपने-अपने मंत्रों से पूजन कर, उनके समक्ष हवन किया जाता है। फिर, सभी पत्थरों के अधिपतियों—जो ज्ञानस्वरूप, सुवर्णवर्ण, रत्नाभूषित और स्नान किए हुए हैं—का स्मरण कर, स्थल और भूमि की शुद्धि तथा दोषों की निवृत्ति के लिए प्रार्थना की जाती है। इसके पश्चात, ईश्वर कहते हैं, जब मंदिर का माप लिया जाए, तो सभा-मंडप और अंतराल को चिह्नित किया जाए। चौसठ भंडारों का निर्माण किया जाए और वेदी को सम पर रखा जाए। कोनों में स्तंभ स्थापित किए जाएं, और आठ डोरियाँ विकर्ण कोनों तक फैलाई जाएं; वहाँ द्विपद और षट्पद जीवों का नियमानुसार पूजन किया जाए। वास्तु-पुरुष का ध्यान किया जाए—जो जटा-बद्ध, दैत्यरूप में उत्तरमुखी लेटा है—जब पूजन, दीवारों और अन्य संरचनाओं की रचना की जाए। उसके घुटने और कोहनी वायु और अग्नि की दिशा में हैं; पितृदिशा में तलवे, उग्रदिशा में सिर, और हृदय में हाथ जोड़कर विराजमान हैं। उसके शरीर पर शुभ देवताओं की स्थापना की जाती है, जिनका पूजन हुआ है; आठ कोनों के स्वामी आठ उपकोणों में स्थित होते हैं। मरिचि आदि षट्पद देवता पूर्व से आरंभ कर दिशाओं में क्रमशः स्थित हैं; केंद्र में चतुष्पद ब्रह्मा हैं, शेष एकपद कहे गए हैं। जहाँ सभी नाड़ियाँ मिलती हैं, वह महान प्राणकेंद्र है, जो अपना फल देता है; वहाँ त्रिशूल, स्वस्तिक, वज्र और परिखा सहित महा-स्वस्तिक चिह्न हैं। तीन शिखर, कलाई का जोड़ और परम पवित्र स्थान—ये बारह प्राणकेंद्र स्थल दीवारों और अन्य भागों में त्याज्य माने गए हैं। फिर, ईश्वर को घृत और अक्षत मिश्रित नैवेद्य अर्पित किया जाता है, पर्जन्य को कमलजल, और जयंत को उज्ज्वल केसरिया ध्वज। महेन्द्र को रत्नजल, सूर्य को धूसर छत्र, सत्य और भृश को घृत, गेहूँ और पिष्टक अर्पित किए जाते हैं। अंतरिक्ष को कच्चा मांस, शक्ति को शस्त्र, और पूर्व दिशा में अग्नि को शहद, दूध, दही और घृत से भरी अर्घ्य-चमचा अर्पित की जाती है। इस प्रकार, शास्त्रों के अनुसार, मंदिर निर्माण और पूजन की यह पावन परंपरा विधिपूर्वक संपन्न होती है, जिससे स्थल, पत्थर, देवता और समस्त तत्त्व पवित्र और संतुष्ट होते हैं।