एक विशाल मंडप में, द्वार-पूजन और अन्य आवश्यक विधियों के संपन्न होने के बाद, मंत्रों के साथ यज्ञ की पूर्णता की जाती है। फिर, विधिपूर्वक अघोरास्त्र द्वारा हज़ार आहुतियाँ दी जाती हैं। भूमि को समतल और लिपकर, दिशाओं का शुद्धिकरण किया जाता है। स्वर्ण, दही और अखंडित अन्न के साथ दक्षिणावर्त रेखाएँ बनाई जाती हैं। मंडप के केंद्र में, उत्तर-पूर्व कोने में एक पूर्ण कलश स्थापित कर, शिव का पूजन किया जाता है। आचार्य का सम्मान कर, उसी जल से खुदाई के उपकरणों का अभिषेक किया जाता है। बाहर के दैत्यगणों को शांत करने के लिए विशेष क्रियाएँ की जाती हैं, फिर दिशाओं में आहुति दी जाती है। भूमि पर जल छिड़ककर, स्नान कराकर खुदाई के उपकरणों आदि का पूजन किया जाता है। फिर, एक अन्य कलश, दो वस्त्रों से ढका हुआ, किसी द्विज के कंधे पर रखा जाता है। इस समय गान, वाद्य और ब्राह्मणों के स्वरों के साथ वातावरण पवित्र होता है। कलश-पूजन के बाद जब अग्निकुंड की खुदाई का शुभ समय आता है, तब शहद से अभिषिक्त पवित्र फावड़े से खुदाई आरंभ होती है। खोदी गई मिट्टी को दक्षिण-पश्चिम दिशा में रखा जाता है और कलश का जल अग्निकुंड में उड़ेला जाता है, फिर उसे इच्छित स्थल की पूर्वी सीमा तक ले जाया जाता है। वहां कुछ समय ठहरकर, पूरे स्थल की परिक्रमा की जाती है और सीमा-चिन्हों पर जल छिड़का जाता है, विशेषकर उत्तर-पूर्व तक। इस प्रकार कलश की परिक्रमा के बाद अर्घ्य अर्पित कर भूमि का अधिकार ग्रहण किया जाता है। यदि भूमि कंकरीली या जलयुक्त हो, तो दोष या मलिनता दूर करने के लिए खुदाई की जाती है। यदि कोई बाहरी वस्तु मिले, तो नियमपूर्वक किसी कन्या द्वारा उसे हटवाया जाता है। यदि पुरुष बिना बाल, दाँत या दूध के हो, तो अग्नि आदि के ध्वज से गिरने वाले अक्षर उस स्थान पर किसी बाहरी वस्तु की उपस्थिति का संकेत देते हैं। शारीरिक विकृति, पशुओं के प्रवेश, उनकी गति और ध्वनि से भी दिशा का संकेत मिलता है। आठ मातृगणों का चिन्ह पट्टिका या भूमि पर अंकित किया जाता है; कांटे का ज्ञान इस गण के अनुसार, पूर्व से सभी दिशाओं तक क्रम से निर्धारित होता है। जहाँ गण न हो, वहाँ लोहा; ‘क’ गण में अग्नि की राख; ‘च’ गण में भस्म; ‘ट’ गण में दक्षिण-पश्चिम में अस्थि; ‘त’ गण में ईंट; ‘प’ गण में खोपड़ी; ‘य’ गण में कीड़ा या समान वस्तु; ‘श’ गण में धातु और ‘ह’ गण में चाँदी का उपयोग किया जाता है। अन्य गणों में भी हानिकारक वस्तुएँ प्रयुक्त होती हैं। जल छिड़ककर, आठ अंगुल गहराई तक मिट्टी से भर दिया जाता है। एक फुट से कम गहरा गड्ढा खोदकर, उसमें गीली मिट्टी भरकर मूसल से दबाया जाता है। फिर भूमि को लीपकर और समतल कर, आचार्य आगे की विधि आरंभ करते हैं। वे सामान्य अर्पण लेकर उस मंडप की ओर जाते हैं जिसका आगे वर्णन होगा। द्वार पर पूजन कर, पश्चिमी द्वार से प्रवेश करते हैं। मंडप में आत्मशुद्धि और अन्य संस्कार, अग्निकुंड और मंडप का अभिषेक, कलश का वृध्दिकुंभ से संयोग, दिशाओं के रक्षकों और शिव का पूजन किया जाता है। फिर, पूर्ववत् अग्नि के जन्म और पूजन की सभी विधियाँ संपन्न कर, यजमान के साथ शिलाओं के स्नान के लिए मंडप में जाते हैं। मंदिर के लिंग के लिए जो शिलाएँ होती हैं—पद आदि नामों वाली—वे आठ अंगुल ऊँची, चौकोर और सुंदर रूप से गढ़ी जाती हैं। ये शिलाएँ पत्थर की होती हैं, और यदि ईंट का मंदिर हो, तो आधी ऊँचाई की ईंटें ली जाती हैं। पत्थर के मंदिर में पत्थर की पट्टिकाएँ, और ईंट के मंदिर में ईंटें ही प्रयुक्त होती हैं। इन शिलाओं पर नौ मुख और अन्य चिन्ह अंकित किए जाते हैं। कमल के चिन्हों से भी इन्हें चिह्नित किया जाता है। नंदा, भद्रा, जया, रिक्ता और पूर्णा—ये पाँच माने जाते हैं। कमल, महाकमल, शंख, मकर और समुद्र—ये पाँच रत्नघट हैं, जिन्हें क्रम से नीचे स्थापित किया जाता है। नंदा, भद्रा, जया, पूर्णा, अजिता, अपराजिता, विजय, मंगल और धरणी—ये नौ शिलाएँ हैं। शुभद्रा, विभद्रा, सुनंदा, पुष्पनंदक, जया, विजय, कुम्भ, पूर्ण और उत्तर—ये अन्य नाम हैं। इन नौ रत्नघटों को क्रम से स्थापित किया जाता है। पहले आसन रखकर, उन पर चिह्न बनाकर, तीर से स्पर्श किया जाता है। इन सभी को बिना भेद किए तीन वस्त्रों, मिट्टी, गोबर, गोमूत्र, क्वाथ और सुगंधित जल से ढँक दिया जाता है। ‘हूं फट्’ अस्त्र-मंत्र से शुद्धि-स्नान कराया जाता है, फिर विधिपूर्वक पंचगव्य और पंचामृत से स्नान किया जाता है। इसके बाद भीतरी सुगंधित जल से स्नान कर, प्रत्येक को उसके नाम से चिह्नित किया जाता है, फिर फलों, रत्नों, स्वर्ण और गौ के सींग के जल से स्नान कराया जाता है। फिर शिला को चंदन से अभिषिक्त कर, वस्त्रों से ढँककर, स्वर्ण का आसन अर्पित किया जाता है। इसके बाद उसे यज्ञस्थल की दक्षिणावर्त परिक्रमा कराई जाती है। फिर उसे कुशा से बने पलंग या शय्या पर हृदय के साथ स्थापित कर, पूजन किया जाता है। इसके बाद विवेकपूर्वक, पृथ्वी से लेकर परम तक के तत्त्वों का समूह वहाँ व्यवस्थित किया जाता है। तीन विभागों में व्याप्त तीन प्रकार के तत्त्वों को क्रम से—बुद्धि से मन तक, विचार और सूक्ष्म तत्त्व की सीमा में—स्थापित किया जाता है। सूक्ष्म तत्त्व से लेकर पृथ्वी तक, जिनका स्वरूप शिव-ज्ञान है, उनकी उपस्थिति स्थापित की जाती है। अपने-अपने मंत्र से तत्त्वों और उनके अधिपतियों का हृदय में पूजन किया जाता है। जहाँ पुष्पमालाओं और अन्य चिह्नों से चिह्नित स्थान हों, वहाँ क्रम से—‘ॐ हूं, शिवतत्त्व को नमः; ॐ हूं, रुद्र, शिवतत्त्व के अधिपति को नमः; ॐ हां, ज्ञानतत्त्व को नमः; ॐ हां, विष्णु, ज्ञानतत्त्व के अधिपति को नमः; ॐ हां, आत्मतत्त्व को नमः; ॐ हां, ब्रह्मा, आत्मतत्त्व के अधिपति को नमः’—ऐसा उच्चारण होता है। फिर पृथ्वी, अग्नि, यजमान, सूर्य, जल, वायु, चंद्रमा आदि का पूजन किया जाता है। प्रत्येक तत्त्व के लिए, आठ रूपों का विभाजन प्रत्येक शिला पर किया जाता है—सभी पशुपति, उग्र रुद्र, भव और ईश्वर के रूप में पूजे जाते हैं। महादेव और भीम तथा उनके रूपों के अंश क्रम से—‘ॐ, पृथ्वी-रूप को नमः; ॐ, पृथ्वी के अधिपति को नमः’—इन मंत्रों से लोकपालों का पूजन क्रम से अपने-अपने बीजाक्षरों द्वारा किया जाता है। स्थापना के बाद, उन्हीं मंत्रों या अपने बीजाक्षर से घटों का पूजन किया जाता है। इंद्र आदि के लिए बीजाक्षर क्रम से बताए जाते हैं—‘लूं, रुं, शूं, पूं, वूं, यूं, मूं, हूं, क्षूं’—इस प्रकार नौ शिलाओं की व्यवस्था होती है। शिला का पंचविध स्वरूप भी होता है। प्रत्येक तत्त्व के लिए, सृष्टि के प्रारंभ में, पृथ्वी से आरंभ कर, पाँच रूपों की स्थापना की जाती है। ब्रह्मा, विष्णु, रुद्र, ईश्वर और सदाशिव—इन पाँच स्वरूपों के अधिपतियों का पूजन पूर्ववत् उन स्थानों पर विधिपूर्वक किया जाता है। इस प्रकार, शास्त्र की आज्ञा के अनुसार, मंदिर निर्माण और प्रतिष्ठा की पावन प्रक्रिया संपन्न होती है, जिसमें प्रत्येक क्रिया, पूजन और स्थापना में श्रद्धा, विधि और दिव्यता का समावेश होता है।