विधिपूर्वक शिवलिंग प्रतिष्ठा के इस पावन अनुष्ठान में, आचार्य सबसे पहले प्रत्येक द्वार, दिशाओं के रक्षकों, कलश आदि के लिए अलग-अलग पवित्र सूत्र निर्धारित करते हैं। लिंग के लिए यह यज्ञोपवीत हाथ से लेकर नौ हाथ तक की लंबाई का होता है। जब संख्या अट्ठाईस से अधिक हो जाए, तो सूत्र की लंबाई क्रमशः दस-दस अंगुल बढ़ाई जाती है। सूत्रों के बीच की दूरी दो अंगुल होती है, और आगे-आगे एक-एक अंगुल की बढ़ोतरी की जाती है। सूत्र में बाँधे जाने वाले गांठें लिंग की चौड़ाई के अनुसार बनाई जाती हैं। सप्तमी या त्रयोदशी तिथि को, जब आचार्य अपने नित्यकर्म शुद्धता से संपन्न कर लेते हैं, तब संध्या के समय यज्ञशाला को सुंदर पुष्पों और वस्त्रों से सजाते हैं। संध्या-वंदन और विशेष रूप से जलार्पण करते हैं। फिर वे पवित्र भूमि को यज्ञोपवीत से घेरकर सूर्य की पूजा करते हैं, आचमन कर पूर्वकृत क्रियाएँ पूरी करते हैं, और प्रपाठक प्रणव एवं अर्घ्य समर्पित करता है। इसके बाद, वे शस्त्र-मंत्र से द्वारों का छिड़काव करते हुए पूर्व दिशा से पूजा आरंभ करते हैं। शांति के द्वार पर, प्रत्येक प्रवेश द्वार पर दो-दो द्वारपालों की पूजा करते हैं। निवृत्ति के द्वार पर, जो कलारूप प्रतिष्ठा का स्थान है, वहाँ भी प्रत्येक द्वार पर दो-दो द्वारपालों की पूजा की जाती है। लिंग के जन्मदिवस पर महाकाल, भृंगी, गण, वृषभ, स्कंद, देवी, चंडा और चक्रमाता का पूजन होता है। द्वारपालों को पार कर, पश्चिमी द्वार पर पहुँचकर, स्थल को शुद्ध करते हैं और विशेष अर्घ्य शिव को अर्पित करते हैं। प्रारंभिक छिड़काव के बाद, वे यज्ञ सामग्री तैयार करते हैं—दर्भा, दूर्वा, पुष्प और अन्य मंत्रों के साथ। फिर वे शिव के हस्त-मुद्रा का निर्माण कर अपने मस्तक पर रखते हैं, यह भावना करते हुए—‘मैं ही शिव हूँ, आदिश्वर, सर्वज्ञ, और मेरा यज्ञ सर्वोपरि है।’ गुरु ज्ञान-खड्ग धारण कर, देवता का गहन ध्यान करता है, उत्तर की ओर मुख कर, दक्षिण-पश्चिम दिशा की ओर बढ़ता है और वहाँ मंत्रित वस्तु का विसर्जन करता है। फिर अर्घ्य जल, पंचगव्य और अन्य सब कुछ मंडप में छिड़कता है, चारों चौराहों पर यथाविधि ध्यान और सावधानी से कार्य करता है। जहाँ सामग्री बिखेरी गई थी, वहाँ से कुशा एकत्र करता है और उत्तर-पूर्व में उनके लिए आसन बनाता है। नैरृत्य (दक्षिण-पश्चिम) और वास्तु (उत्तर-पश्चिम) के द्वारों पर लक्ष्मी की पूजा की जाती है। कलश को सदा अन्य सभी से ऊपर, पश्चिमाभिमुख रखता है। प्रणव मंत्र से वृषभारूढ़ देवता, सिंहासीन देवी वर्द्धनी की पूजा करता है, फिर कलश में धनुषधारी शिव की, वर्द्धनी मंत्र से अर्चना करता है। दिशाओं में इंद्रादि दिक्पाल, विष्णु, ब्रह्मा, शिव आदि देवताओं की यथाविधि पूजा करता है और वर्द्धनी को, जो कलश के साथ आठों दिक्पालों के पीछे है, स्थापित करता है। पूर्व से ईशान दिशा तक, पुरोहित शिव की आज्ञा का उद्घोष करता है, मूल मंत्र का उच्चारण करते हुए जलधारा प्रवाहित करता है। सुरक्षा के लिए वर्द्धनी को चारों ओर घुमाता है, शस्त्र रूप में; पहले कलश रखते हैं, शस्त्र बाईं ओर रहता है। फिर कलश में स्थित देवता की, पूर्ण आसन पर स्थित, वर्द्धनी में प्रणव स्थान पर, और शस्त्र के बीच में पूजा करता है। लिंग की भगा के साथ एकता लिंग-मुद्रा द्वारा स्थापित करता है, उसे कलश में अर्पित करता है, ज्ञान का जागरण करता है और मूल मंत्र का जप करता है। वर्द्धनी के दशमांश भाग में सुरक्षा की घोषणा करता है, गणेश और वायु की पूजा करता है, हर की पंचामृत आदि से पूजा करता है। पूर्ववत शिव का अभिषेक, पूजा और अग्निकुंड में शिवाग्नि की पूजा करता है। हवन की सामग्री शुद्ध कर समर्पित करता है। चम्मच से उसे तीन भागों में विभाजित करता है—देवता, अग्नि और आत्मा के लिए; शिव और अग्नि को भाग देता है, शेष अपने लिए रखता है। दंतकाष्ठ और कवच के साथ, पहले पूर्व में अर्पण करता है; फिर दक्षिण और पश्चिम में तीक्ष्ण ज्वाला के साथ मिट्टी अर्पित करता है। सद्योजात के हृदय से, उत्तर में वाममार्ग से अर्पण करता है; बाएँ हाथ से सिर पर जल डालता है, ईश को सुगंधित जल अर्पित करता है। पंचगव्य और पलाश पत्र की पोटली चारों ओर देता है; उत्तर-पूर्व में पुष्प, दक्षिण-पूर्व में रोचना अर्पित करता है। दक्षिण-पश्चिम में अगरु, उत्तर-पश्चिम में चार प्रकार से, और सभी हवन सामग्री सद्योजात के कुश से अर्पित करता है। रूप को दंड, रुद्राक्ष, यज्ञोपवीत, कौपीन और भिक्षापात्र, काजल, केसर-तेल, दंड और केश-शोधन उपकरण अर्पित करता है। पान, दर्पण, उत्तर में रोचना, आसन, पादुका, पात्र, योगपट्टा और छत्र भी अर्पित करता है। उत्तर-पूर्व में ईश मंत्र से, ईशान की तुष्टि के लिए अर्पण करता है; पूर्व में घी से चर्व्य, नवीन, सुगंधित सामग्री देता है। शुद्धिकारक वस्तुएँ, अर्घ्य जल से पवित्र कर, संकलित मंत्रों से पवित्र कर, अग्नि के सम्मुख लाता है। कृष्णमृगचर्म से ढँककर, वर्षरूप की स्मृति करता है, जो सब कर्मों का प्रत्यक्ष रक्षक, मंगलमय और अविनाशी है। फिर ‘स्वेति हेति’ मंत्र से, मंत्रों के संग्रह के साथ, यज्ञोपवीत को इक्कीस बार जल से शुद्ध करता है। गृह आदि वस्तुओं को सूत्र से लपेटता है, सूर्य को सुगंधित वस्तु अर्पित करता है, पूजा और आचमन कर, न्यास और अर्घ्य की विधि पूरी करता है। फिर नंदी आदि, गंधदेवता, गृह-प्रवेश के बाद शस्त्र, दिक्पाल और स्वयं के नाम से शुभ कलश में पूजा करता है। वर्द्धनी, विघ्नेश्वर, गुरु और आत्मा की पूजा करता है; फिर सभी औषधियों से अभिषेक, पुष्प और कुश से धूप देता है। उस पवित्र सूत्र को हाथ जोड़कर मध्य में रखकर, विधिपूर्वक, यदि कोई त्रुटि रह गई हो तो उसकी पूर्ति के लिए आह्वान करता है। ‘हे शक्तिशाली, जो इच्छाओं की पूर्ति करते हो, तुम्हें आह्वान करता हूँ; जो पूजक है, उसे सिद्धि दो, हे चेतन-अचेतन के स्वामी।’ हे शंभु, सदा और सर्वत्र तुम्हें नमस्कार है; मुझ पर कृपा करो। हे देवेश, देवी और गणनायकों सहित तुम्हें आह्वान करता हूँ। इस प्रकार विधिवत् यह पूजन सम्पन्न होता है, जिसमें प्रत्येक चरण, प्रत्येक देवता और प्रत्येक सामग्री का स्थान, मंत्र और भावना के साथ आदरपूर्वक पालन किया जाता है।