आचार्य को चाहिए कि वे मंदिर के मध्य भाग में पुरुष शक्ति का ध्यान करें, उसकी पूजा करें, और फिर उस मूर्ति में हरि का प्रतिष्ठापन करें। इसके पश्चात वहाँ उपस्थित देवताओं की विधिपूर्वक पूजा करें। वे सुगंध, पुष्प आदि से, अंगों और मंडलों के अनुसार, बारह अक्षरी बीज मंत्रों के साथ केशव आदि की पूजा करें। बारह-आरे वाले मंडल में वे लोकपालों और अन्य देवताओं की क्रमशः पूजा करें; फिर मूर्ति की भी सुगंध, पुष्प आदि से पूजा करें। पौरुष सूक्त और श्री सूक्त के साथ वे पीठिका (आसन) की पूजा करें और उत्पत्ति से प्रारंभ कर पंचविधि से वैष्णव अग्नि का प्रज्वलन करें। वैष्णव मंत्रों के साथ अग्नि में आहुति देकर, विद्वान को शांति जल की क्रिया करनी चाहिए; उस जल को मूर्ति के शीर्ष पर छिड़ककर वे अग्नि लाने की विधि आगे बढ़ाएं। दक्षिण वेदी से अग्नि लाते समय 'अग्नि अर्पित किया गया' कहें; पूर्व में वेदी से लाते समय 'हम अग्नि का आह्वान करते हैं' कहें। उत्तर दिशा में भी अग्नि लाते हुए 'हम अग्नि का आह्वान करते हैं' का उच्चारण करें; अग्नि लाने की प्रक्रिया में मंत्र कहता है, 'हे अग्नि, तुम्हें ही अग्नि कहा जाता है।' प्रत्येक वेदी में एक हजार आठ पलाश की लकड़ियाँ ईंधन के रूप में अर्पित करें, और वेद मंत्रों के साथ चावल तथा अन्य अन्न भी चढ़ाएं। व्याहृति और मूल मंत्र के साथ तिल मिश्रित घृत की आहुति दें; फिर तीन मधुर द्रव्यों से शांति की आहुति करें। बारह पवित्र मंत्रों से वे मूर्ति के चरण, नाभि, हृदय और शिरोभाग को स्पर्श करें; घृत, दही और दूध अर्पित कर, पुनः शिरोभाग को स्पर्श करें। इसके बाद सिर, नाभि और चरण स्पर्श कर, गंगा, यमुना, गोदावरी और सरस्वती—इन चार नदियों का क्रमशः प्रतिष्ठापन करें। विष्णु-गायत्री मंत्र से अग्नि में आहुति दें, पकाए हुए चावल को गायत्री मंत्र के साथ अर्पित करें, बलि दें, और उत्तर दिशा में द्विजों को भोजन कराएं। दिशाओं के रक्षकों की तृप्ति हेतु आचार्य को सुवर्ण और गौ दान करें; दिशाओं के देवताओं को बलि देकर रात्रि में जागरण करें। 'ब्रह्म-गीता' और अन्य गीतों के गान से समस्त अंश पवित्र हो जाते हैं। भगवान ने कहा—पीठिका की स्थापना के लिए गर्भगृह को सात भागों में विभाजित करें; ब्रह्मा के भाग में ही बुद्धिमान मूर्ति की स्थापना करें। कभी भी देवताओं, मनुष्यों या पितरों के भाग में मूर्ति न रखें; ब्रह्मा के भाग को छोड़ना, चाहे थोड़ा भी, वर्जित है। देवताओं और मनुष्यों के भाग में पीठिका सावधानी से स्थापित करें; यदि मूर्ति नपुंसक पत्थर की हो, तो उसमें रत्न आदि का प्रतिष्ठापन करें। नरसिंह मंत्र से आहुति देकर, रत्न, चावल, सूत्र, तीन धातुएँ, लोहा आदि और चंदन, इन सबका समावेश करें। पूर्व से प्रारंभ कर नौ गड्ढों में तथा इच्छानुसार मध्य में इन्हें रखें; फिर इंद्रादि मंत्रों से गड्ढे को गुग्गुल से ढँक दें। रत्न प्रतिष्ठा के अनुष्ठान के बाद आचार्य को कुश के डंठल से मूर्ति को, देवताओं और उनके गणों सहित, स्पर्श करना चाहिए। भीतर-बाहर से शुद्ध कर, पंचगव्य से स्नान कराएँ; कुश के जल और तीर्थ के जल से छिड़काव करें। अनुष्ठान के लिए चारों ओर आधी हाथ चौकोर, सुंदर रेत का वेदी बनाएं। आठों दिशाओं में पात्रों की उचित व्यवस्था करें, आठ अक्षरी मंत्र से पूरब से अग्नि लाकर वेदी पर स्थापित करें। 'त्वम अग्ने द्यु' मंत्र को गायत्री छंद में जपते हुए अग्नि में समिधाएँ अर्पित करें; आठ अक्षरी मंत्र से घृत की एक सौ आठ आहुति दें। सौ मंत्रों से अभिमंत्रित जल को आम्र पत्रों से मूर्ति के सिर पर छिड़कें, 'श्रीश्च ते' मंत्र का उच्चारण करें। ब्रह्म मंत्र से मूर्ति को उठाकर कहें, 'हे वाणी के स्वामी, उठो', और 'तद् विष्णोः' मंत्र के साथ मंदिर की ओर ले जाएँ। हरि को पालकी में बिठाकर, नगर में भजन, वेदपाठ और अन्य मंगल ध्वनियों के साथ भ्रमण कराएँ, फिर मंदिर के द्वार पर स्थापित करें। स्त्रियों और ब्राह्मणों के साथ आठ मंगल घटों से हरि का अभिषेक करें; चंदन आदि से पूजा कर, आचार्य मूल मंत्र का जप करें। 'अतो देवे' मंत्र के साथ वस्त्र और आठ प्रकार के अर्घ्य अर्पित करें; शुभ मुहूर्त में 'देवस्य त्वा' मंत्र बोलते हुए देवता को पीठिका पर स्थापित करें। 'ॐ त्रिविक्रमाय नमः' मंत्र से देवता को दृढ़ता से पीठिका पर प्रतिष्ठित करें। 'ध्रुवा द्यौर्' और 'विश्वतश्चक्षुर्' मंत्रों से पंचगव्य स्नान कराएँ, फिर सुगंधित जल से शुद्धि करें। पूजा पूर्ण कर, हरि के समस्त अंगों और गणों की वंदना करें; अपने स्वरूप का ध्यान हरि के रूप में करें और पृथ्वी को उनका आसन मानें। हरि के लिए तेजोमय परमाणुओं से बना एक दूसरा दिव्य स्वरूप कल्पित करें, उसमें पंचविंशतितत्त्वयुक्त जीवप्रवेश कराएँ। वह स्वरूप चैतन्य, परम आनंदमय, जाग्रत और स्वप्न से रहित, देह, इंद्रिय, मन, बुद्धि, प्राण और अहंकार से रहित है। ब्रह्मा से लेकर तृण तक, जो सबके हृदयों में स्थित है, वही हृदय से मूर्ति में प्रवेश करे—हे परमेश्वर, आप दृढ़ता से प्रतिष्ठित रहें। मूर्ति में प्राण प्रतिष्ठा करें; आप अद्वितीय ब्रह्म हैं। प्राण प्रतिष्ठा के बाद प्रणव मंत्र से उपदेश दें। प्रकाश, ज्ञान, परम ब्रह्म—अद्वितीय—इनका स्मरण कर प्राण प्रतिष्ठा पूर्ण करें और प्रणव से उपदेश दें। 'संनिधापन' नामक विधि में हृदय पर स्पर्श कर, पुरुष सूक्त का ध्यान करते हुए यह गुप्त मंत्र बोलें: 'देवों के देव, संतोष और समृद्धि के स्रोत, ज्ञान और विवेक के साकार, ब्रह्म तेज के अनुयायी, आपको नमस्कार।' 'गुणातीत स्वरूप वाले, परम पुरुष, महात्मा, अविनाशी, सनातन—हे विष्णु, आप यहाँ विराजमान हों।