প্রাচীন ঋষিদের নির্দেশ অনুসারে, মন্দির নির্মাণ ও প্রতিষ্ঠার পবিত্র ক্রমে, প্রথমে একটি শিলাখণ্ডকে চন্দনলেপন করে সুন্দর কাপড়ে আবৃত করা হয়। এরপর তাকে সোনার আসনে প্রতিষ্ঠিত করে, যজ্ঞস্থলের চারপাশে দক্ষিণাবর্তে পরিক্রমা করানো হয়। পরে, সেই শিলাখণ্ডকে হৃদয়ের অংশ দিয়ে কুশশয্যা বা আসনে স্থাপন করে, যথাযথভাবে পূজা করা হয়। জ্ঞান-বুদ্ধি দিয়ে পৃথিবী থেকে সর্বোচ্চ স্তর পর্যন্ত যাবতীয় তত্ত্বসমূহকে সুশৃঙ্খলভাবে সাজানো হয়। তিন ভাগে বিভক্ত যে ত্রিতত্ত্ব—বুদ্ধি থেকে মন পর্যন্ত—তাকে চিন্তা ও সূক্ষ্ম সত্তার সীমার মধ্যে সঠিকভাবে স্থাপন করা হয়। সূক্ষ্ম সত্তা থেকে পৃথিবী পর্যন্ত, যাঁদের স্বরূপ শিবজ্ঞানে প্রতিষ্ঠিত, তাঁদের উপস্থিতি মান্য করে, সেই তত্ত্ব ও তাদের অধীশ্বরদের হৃদয়ে স্বীয় মন্ত্রে পূজা করা হয়। যেখানে ফুলের মালা ও অন্যান্য চিহ্ন দ্বারা চিহ্নিত স্থান, সেখানে যথাক্রমে উচ্চারণ করা হয়—‘ওঁ হূঁ, শিবতত্ত্বায় নমঃ; ওঁ হূঁ, রুদ্রায়, শিবতত্ত্বাধিপতয়ে নমঃ; ওঁ হাঁ, বিদ্যাতত্ত্বায় নমঃ; ওঁ হাঁ, বিষ্ণু, বিদ্যাতত্ত্বাধিপতয়ে নমঃ; ওঁ হাঁ, আত্মতত্ত্বায় নমঃ; ওঁ হাঁ, ব্রহ্মা, আত্মতত্ত্বাধিপতয়ে নমঃ।’ এরপর পৃথিবী, অগ্নি, যজমান, সূর্য, জল, বায়ু, চন্দ্র ইত্যাদি দেবতাদেরও পূজা করা হয়। প্রত্যেক তত্ত্বের জন্য আটটি রূপ শিলায় নির্ধারণ করতে হয়—যাঁরা সকলেই পশুপতি, উগ্র রুদ্র, ভব ও ঈশ্বর। মহাদেব ও ভীম এবং তাঁদের রূপের অংশগুলি যথাযথভাবে—‘ওঁ, ভূমিরূপায় নমঃ; ওঁ, ভূম্যধিপতয়ে নমঃ’—এমন মন্ত্রে শুরু করে, বিশ্বপালকদের স্বীয় বীজাক্ষরে পূজা করা হয়। এরপর ঐসব শিলা স্থাপন করে, সেই মন্ত্র বা স্বীয় বীজাক্ষরে ঘটসমূহের পূজা করা হয়; ইন্দ্র প্রভৃতিদের বীজাক্ষর যথাক্রমে উচ্চারণ করা হয়—‘লুঁ, রুং, শুঁ, পূং, ভূং, ইউং, মূং, হুঁ, ক্ষুঁ’—এভাবে নয় শিলার বিন্যাস হয়। আবার, শিলা পাঁচ ভাগেও বিভক্ত; প্রত্যেক তত্ত্বের জন্য পাঁচটি রূপ সৃষ্টি করা হয়, ভূমি থেকে শুরু করে। ব্রহ্মা, বিষ্ণু, রুদ্র, ঈশ্বর ও সদাশিব—এই পাঁচ রূপাধিপতি পূর্বের মতোই নির্দিষ্ট স্থানে পূজিত হন। ‘ওঁ ভূমিরূপায় নমঃ; ওঁ, ব্রহ্মা, ভূমিরূপাধিপতয়ে নমঃ’—এমন মন্ত্রে শুরু করে, পাঁচটি ঘটকে স্বীয় নাম অনুযায়ী পূজা করে, কেন্দ্রীয় শিলা থেকে নিয়ম অনুযায়ী সীলিত করা হয়। এরপর কুশ ও তিল দিয়ে মন্ত্রপাঠে সীমানা নির্ধারণ করা হয়; অগ্নিকুণ্ডে শক্তি স্থাপন করে, পূজা ও হোম সম্পন্ন হয়। তত্ত্ব ও তাদের অধীশ্বরদের ঘৃত প্রভৃতি দ্বারা পূজা করে, ব্রহ্মাংশের শুদ্ধির জন্য মূল ও অঙ্গসমূহ ব্রহ্মমন্ত্রে অভিষিক্ত করা হয়। একশত বা ততোধিক পূর্ণ হলে, শান্তির জন্য শিলায় জল ছিটিয়ে, কুশ স্পর্শে প্রতিটি তত্ত্বকে যথাক্রমে পূজা করা হয়। এরপর প্রতিষ্ঠা ও সংযোগ স্থাপন করে, আবার শুদ্ধি ও অভিষেক করা হয়; এভাবে তিন ভাগ অতিক্রম করে বারংবার আচার সম্পন্ন হয়। ‘ওঁ আং ঈং, আত্মবিদ্যাতত্ত্বায় নমঃ’—এই মন্ত্রে তিনটি ব্রহ্মাঙ্গকে দর্ভমূল স্পর্শে, সংক্ষেপ ও বিস্তারে তত্ত্বচিন্তা করা হয়। ‘ওঁ হাঁ উং, বিদ্যা ও শিবতত্ত্বায় নমঃ’—এই মন্ত্রে ঘৃত ও মধু দিয়ে রত্নখচিত তাম্রঘট পূর্ণ করা হয়। বিশ্বপালকদের অধীশ্বরদের গো-জাত দ্রব্য ও অর্ঘ্য দ্বারা সিঞ্চন করা হয়। স্বীয় মন্ত্রে পূজা করে, তাঁদের সম্মুখে হোম করা হয়। এরপর সকল শিলার অধিষ্ঠাত্রী দেবতাদের স্মরণ করা হয়, যাঁরা বিদ্যার রূপ, সুবর্ণবর্ণ, রত্নখচিত, স্নাত, যাতে কোন ত্রুটি বা অতি-অধিক দোষ দূরীভূত হয় এবং ভূমি ও স্থান বিশুদ্ধ হয়। এরপর ঈশ্বর বলেন—মন্দিরের পরিমাপ নির্ধারণ করে, প্রধান মণ্ডপ ও অঙ্গন চিহ্নিত করতে হবে। চৌষট্টি ভাণ্ডার নির্মাণ করতে হবে, যেখানে বেদি সমভাবে স্থাপিত হবে। কোণে কোণে স্তম্ভ স্থাপন করে, আটটি দড়ি তির্যক কোণে বিস্তার করতে হবে; সেখানে দুইপদ ও ছয়পদ প্রাণীদের নিয়মমাফিক পূজা করতে হবে। দেওয়াল ও অন্যান্য স্থাপনা স্থাপনের সময়, উল্টানো চুলে, রাক্ষসরূপে শুয়ে থাকা, উত্তরমুখী মুখবিশিষ্ট বাস্তুপুরুষকে স্মরণ করতে হবে। তাঁর হাঁটু ও কনুই দক্ষিণ-পশ্চিম ও দক্ষিণ-পূর্বে, পূর্বপুরুষের দিকে পদতল, উগ্রদিকে মস্তক, হৃদয়ে করজোড়ে পূজা করা হয়। তাঁর দেহে পূজিত শুভদেবতারা প্রতিষ্ঠিত; সেখানে আট দিকের অধিপতিরা অর্ধদিকগুলোতে বিরাজমান। ছয়পদ দেবতা, মারীচি থেকে শুরু করে, পূর্ব থেকে ক্রমানুসারে, কেন্দ্রে চতুষ্পদ ব্রহ্মা এবং বাকিদের একপদ বলা হয়েছে। যেখানে সকল স্রোত মিলিত হয়েছে, সেটিই বৃহৎ প্রাণকেন্দ্র, যা নিজ ফলদায়ক; সেখানে ত্রিশূল, স্বস্তিক, বজ্র, এবং বেষ্টিত মহাস্বস্তিক বিদ্যমান। ত্রিশৃঙ্গ, মণিবন্ধ, ও সম্পূর্ণ শুদ্ধ স্থান—এভাবে বারোটি প্রাণকেন্দ্র, যেগুলি দেওয়াল বা স্থাপনার অংশে এড়িয়ে চলতে হয়। ঈশ্বরকে ঘৃত ও অক্ষত চাল, পার্জন্যকে পদ্মজল, এবং জয়ন্তকে উজ্জ্বল কেশরপতাকা নিবেদন করতে হয়। মহেন্দ্রকে রত্নজল, সূর্যকে ধূসর ছাতা, সত্য ও ভৃশকে ঘৃত, গম ও পিঠে নিবেদন করতে হয়। অন্তরীক্ষকে অপরিষ্কৃত মাংস, শক্তিকে অস্ত্র, পূর্বদিকে অগ্নিকে মধু, দুধ, দই ও ঘৃতপূর্ণ চামচ নিবেদন করতে হয়। ভিতথাকে ভাজা চাল ও স্বর্ণপাত্রে বিশুদ্ধ জল, গৃহপালকে মধু, যমরাজকে ডালসহ সিদ্ধ ভাত নিবেদন করতে হয়। গন্ধর্বপতিকে সুগন্ধি, ভৃঙ্গকে পক্ষীর জিহ্বা, হরিণকে পদ্মপত্র, এবং দক্ষিণদিকে আট দেবতাকে যথাযথ নিবেদন করতে হয়। পিতৃগণের জন্য তিলজল, দুধ ও দন্তবৃক্ষের টুকরো, দেবদ্বাররক্ষককে চিহ্নিত গাভী নিবেদন করতে হয়। সুগ্রীবকে পিঠে, পুষ্পদন্তকে কুশ, প্রচেতাকে রক্তকমল, অসুরকে মদ্য নিবেদন করতে হয়। শেষকে ঘৃত ও গুড়ভাত, রোগাকে ঘৃতপিঠে, অথবা পশ্চিমদিকে ভাজা চাল, এইভাবে আট দেবতাকে নিবেদন করতে হয়। মারুতকে হলুদ পতাকা, নাগকে নাগকেশর ফুল, ভল্লাট প্রধানকে উৎকৃষ্ট ডাল ও অন্যান্য আহার নিবেদন করতে হয়। চন্দ্রকে ঘৃতসহ ক্ষীর, শালুক ও মূষাকেও তদ্রূপ, লোপী, মদিতি ও দিতিকে উত্তর অষ্টকে নগর নিবেদন করতে হয়। পূর্বদিকে ব্রহ্মাকে মিষ্টান্ন, মারীচিকে ষড়দল, সভিতৃকে অগ্নির নিচে লালপুষ্প, কোণকক্ষে নিবেদন করতে হয়। তার নিচে, কক্ষে, সাভিত্রীকে কুশজল, দক্ষিণদিকে ছয়দলাসনে অবস্থানকারী বিবস্বানকে লালচন্দন নিবেদন করতে হয়। রক্ষসকোণের নিচের কক্ষে ইন্দ্রকে হলুদভাত, ইন্দ্রজয়কে ইন্দ্রের নিচে মিশ্র আহার নিবেদন করতে হয়। এভাবে প্রত্যেক দেবতাকে যথাযথভাবে পূজা করে, মন্দির প্রতিষ্ঠার মহৎ আচার সম্পন্ন হয়।